Sequenziato il genoma del batterio killer

L’istituto di genomica cinese BGI ha annunciato di aver sequenziato il genoma del ceppo patogeno di Escherichia coli che sta terrorizzando l’Europa. Il sequenziamento è avvenuto in tre giorni di lavoro, utilizzando la tecnologia di terza generazione di Ion Torrent, e i dati sono disponibili per il download a questo indirizzo FTP. Al sequenziamento hanno partecipato anche i ricercatori dell’University Medical Center Hamburg-Eppendorf di Amburgo.

In base alle prime analisi, il genoma del batterio killer risulta essere lungo 5,2 milioni di paia di basi. Si tratterebbe di un sierotipo EHEC O104 nuovo, mai coinvolto in precedenti epidemie di E. coli. Analisi comparative hanno rivelato una similarità di sequenza pari al 93% con il sierotipo EAEC 55989 isolato nella Repubblica Centrafricana e noto per essere causa di una grave forma di diarrea. Il nuovo ceppo di E. coli avrebbe acquisito, probabilmente tramite trasferimento orizzontale, delle mutazioni simili a quelle della colite emorragica e della sindrome emolitico-uremica. Le analisi hanno inoltre mostrato che questo ceppo possiede geni di resistenza a diversi antibiotici (amminoglicosidi, macrolidi e beta-lattamici).

Gli scienziati del BGI proseguiranno il lavoro studiando meglio i geni della virulenza, i loro profili di espressione e la resistenza ai farmaci. Si sta inoltre lavorando per sviluppare un kit diagnostico che possa essere utile per arginare la diffusione dell’epidemia. Per ricevere in tempo reale gli aggiornamenti sulle analisi, seguite l’account Twitter @BGI_events.

Fonte: BGI Sequences Genome of the Deadly E. Coli in Germany and Reveals New Super-Toxic Strain