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	<title>my GenomiX</title>
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		<title>Analisi di sequenze biologiche I (videolezioni dagli USA)</title>
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		<pubDate>Sun, 29 Jan 2012 21:11:35 +0000</pubDate>
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		<description><![CDATA[Come promesso, vi tengo aggiornati sul corso di genomica organizzato dal NHGRI americano. Nella seconda lezione, Andy Baxevanis spiega tutti i segreti del BLAST, il programma che tutti i biologi usano ma che pochi capiscono veramente. Utile per ripassare qualche concetto basilare come la differenza tra similarità e omologia di sequenza. Per scaricare le slides [...]<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4772&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify">Come promesso, vi tengo aggiornati sul <a href="http://www.genome.gov/12514288">corso di genomica</a> organizzato dal NHGRI americano. Nella seconda lezione, Andy Baxevanis spiega tutti i segreti del BLAST, il programma che tutti i biologi usano ma che pochi capiscono veramente. Utile per ripassare qualche concetto basilare come la differenza tra similarità e omologia di sequenza.</p>
<span style="text-align:center; display: block;"><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2012/01/29/analisi-di-sequenze-biologiche-i-videolezioni-dagli-usa/"><img src="http://img.youtube.com/vi/Ud_6VpX5AgI/2.jpg" alt="" /></a></span>
<p align="justify">Per scaricare le slides <a href="http://www.genome.gov/Pages/Research/IntramuralResearch/DIRCalendar/CTGA2012/CTGA2012_Lec02_color.pdf">clicca qui</a> (26 Mb).</p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4772/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4772/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4772/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4772/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4772/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4772/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4772/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4772/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4772/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4772/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4772/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4772/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4772/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4772/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4772&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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		<title>Il panorama della genomica nel 2012 (videolezioni dagli USA)</title>
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		<pubDate>Thu, 26 Jan 2012 07:59:12 +0000</pubDate>
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		<description><![CDATA[Da un paio di settimane è iniziato negli USA un corso organizzato dal National Human Genome Research Institute, dal titolo &#8220;Current Topics in Genome Analysis&#8221; (CGTA, come le basi del DNA). La prima lezione è stata tenuta dal direttore Eric Green, che ha fatto una panoramica dello stato attuale della genomica umana, ricordando le scoperte [...]<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4769&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify">Da un paio di settimane è iniziato negli USA un corso organizzato dal National Human Genome Research Institute, dal titolo <a href="http://www.genome.gov/12514288">&#8220;Current Topics in Genome Analysis&#8221;</a> (CGTA, come le basi del DNA). La prima lezione è stata tenuta dal direttore Eric Green, che ha fatto una panoramica dello stato attuale della genomica umana, ricordando le scoperte degli ultimi anni e le sfide che attendono questo settore. I seminari si terranno quasi ogni settimana da Gennaio ad Aprile, e tutte le slides e i video del corso saranno pubblicati sul sito internet. A giudicare dai titoli saranno lezioni molto interessanti, perciò pubblicherò i video anche qui sul mio blog.</p>
<span style="text-align:center; display: block;"><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2012/01/26/il-panorama-della-genomica-nel-2012-videolezioni-dagli-usa/"><img src="http://img.youtube.com/vi/GLwCs370IGI/2.jpg" alt="" /></a></span>
<p align="justify">Per scaricare le slides <a href="http://www.genome.gov/Pages/Research/IntramuralResearch/DIRCalendar/CTGA2012/CTGA2012_Lec01_color.pdf">clicca qui</a> (47 MB).</p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4769/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4769/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4769/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4769/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4769/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4769/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4769/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4769/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4769/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4769/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4769/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4769/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4769/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4769/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4769&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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	</item>
		<item>
		<title>Errata corrige</title>
		<link>http://mygenomix.wordpress.com/2012/01/23/errata-corrige/</link>
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		<pubDate>Mon, 23 Jan 2012 08:00:12 +0000</pubDate>
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		<description><![CDATA[La settimana scorsa sono stato invitato dal prof. Mandrioli (Università di Modena) per un seminario. L&#8217;argomento principale era la genomica vegetale, corredata da una panoramica sulle tecnologie di sequenziamento, ma non ho potuto fare a meno di accennare ai cambiamenti epocali che sta vivendo la ricerca scientifica grazie alla diffusione dei social media. Parlando di [...]<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4757&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify">La settimana scorsa sono stato invitato dal prof. Mandrioli (Università di Modena) per un <a href="http://www.pikaia.eu/EasyNe2/Notizie/Come_evolvono_animali_e_piante_Una_risposta_dalla_genomica.aspx">seminario</a>. L&#8217;argomento principale era la genomica vegetale, corredata da una panoramica sulle tecnologie di sequenziamento, ma non ho potuto fare a meno di accennare ai cambiamenti epocali che sta vivendo la ricerca scientifica grazie alla diffusione dei <strong>social media</strong>. Parlando di come internet possa essere utilizzato per discutere le pubblicazioni scientifiche al di fuori dei canali tradizionali (vedi peer-review), ho fatto due esempi che mi sono sembrati particolarmente significativi: il primo era l&#8217;articolo sui <a href="http://mygenomix.wordpress.com/2010/07/01/i-geni-speciali-dei-centenari/">geni dei centenari</a> pubblicato su <em>Science</em> da Paola Sebastiani, il secondo era quello sul <a href="http://www.lescienze.it/news/2012/01/20/news/longevit_genetica_mutazioni_ultracentenari-803140/">DNA a base di arsenico</a> pubblicato da Felisa Wolfe-Simon sempre su <em>Science</em>. In entrambi i casi, i due lavori passarono il filtro severo della peer-review, ma furono istantaneamente sommersi di critiche da parte di blog specializzati (vedi <a href="http://mygenomix.wordpress.com/2010/07/04/piovono-critiche-sulla-scoperta-del-dna-dei-centenari-chi-avra-ragione/">qui</a> e <a href="http://mygenomix.wordpress.com/2010/12/08/cera-una-volta-science/">qui</a>). Nel caso dei geni dei centenari, il paper è stato addirittura ritirato l&#8217;estate scorsa.</p>
<p align="justify"><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2012/01/508239-dtyhumb-ruth-frith.jpg?w=300&#038;h=225" alt="" title="Ruth Frith" width="300" height="225" class="alignright size-medium wp-image-4761" />Neanche a farlo apposta, subito dopo il mio seminario i due studi hanno catturato di nuovo l&#8217;attenzione della comunità scientifica. Paola Sebastiani e colleghi hanno infatti ripubblicato il <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0029848">lavoro riveduto e corretto</a> su <em>PLoS One</em>: i geni dei centenari insomma esistono, anche se il loro potere predittivo è inferiore rispetto a quello dichiarato nell&#8217;articolo originale. Il modello bayesiano messo a punto dagli autori comprende ben <strong>281 SNP</strong>, a dimostrazione del fatto che molto spesso è la copresenza di più fattori genetici insieme a determinare un particolare effetto fenotipico, a maggior ragione quando il fenotipo è molto raro (come nel caso della longevità estrema). Un altro risultato interessante emerso dal &#8220;nuovo&#8221; studio è il fatto che il contributo dei fattori genetici cresce all&#8217;aumentare dell&#8217;età dei soggetti.</p>
<p align="justify">Per quanto riguarda l&#8217;articolo sul DNA a base di arsenico, invece, pare che la microbiologa Rosie Redfield <a href="http://www.nature.com/news/study-challenges-existence-of-arsenic-based-life-1.9861">ne abbia confutato il risultato principale</a>: come è nel suo stile, i <a href="http://rrresearch.fieldofscience.com/2012/01/csclmass-spectrometry-data.html">risultati degli esperimenti</a> sono pubblicati sul suo blog personale. L&#8217;autrice dello studio originale, Felisa Wolfe-Simon, è venuta a conoscenza della replica della Redfield, ma ha dichiarato a sua volta che gli esperimenti della collega non sono stati condotti nel modo ottimale. Non so voi, ma se dovessi scommettere dei soldi io punterei sulla Redfield.</p>
<p align="justify"><i>Altri link:</p>
<ul>
<li><a href="http://www.lescienze.it/news/2012/01/20/news/longevit_genetica_mutazioni_ultracentenari-803140/">Longevità, confermata l&#8217;importanza della genetica (Le Scienze)</a></li>
</ul>
<p></i></p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4757/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4757/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4757/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4757/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4757/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4757/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4757/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4757/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4757/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4757/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4757/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4757/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4757/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4757/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4757&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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			<media:title type="html">Ruth Frith</media:title>
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	</item>
		<item>
		<title>Mille dollari per un genoma: forse ci siamo!</title>
		<link>http://mygenomix.wordpress.com/2012/01/11/mille-dollari-per-un-genoma-forse-ci-siamo/</link>
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		<pubDate>Wed, 11 Jan 2012 08:24:34 +0000</pubDate>
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		<description><![CDATA[Life Technologies ha appena annunciato di aver lanciato sul mercato un nuovo sequenziatore in grado di leggere un genoma umano in 24 ore, al prezzo di soli 1000 dollari. Si tratta di una notizia sensazionale, perché quello dei mille dollari era visto da molti come il grande traguardo della genomica, lo spartiacque che ci separava [...]<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4749&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify"><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2012/01/ionproton.jpg?w=645" alt="" title="ionproton"   class="alignright size-full wp-image-4750" />Life Technologies ha appena <a href="http://www.lifetechnologies.com/global/en/home/about-us/news-gallery/press-releases/2012/life-techologies-itroduces-the-bechtop-io-proto.html">annunciato</a> di aver lanciato sul mercato un nuovo sequenziatore in grado di <strong>leggere un genoma umano in 24 ore, al prezzo di soli 1000 dollari</strong>. Si tratta di una notizia sensazionale, perché quello dei mille dollari era visto da molti come il grande traguardo della genomica, lo spartiacque che ci separava dall&#8217;era in cui l&#8217;analisi di un genoma in un contesto clinico sarebbe diventata una pratica di routine.</p>
<p align="justify">L&#8217;<a href="http://www.lifetechnologies.com/proton">Ion Proton</a> &#8211; questo il nome della nuova macchina &#8211; è il successore della Personal Genome Machine, di cui avevo <a href="http://mygenomix.wordpress.com/2010/12/12/2090/">parlato</a> un anno fa. E&#8217; grande come una stampante e costa 149mila dollari, una cifra molto bassa se la confrontiamo con i 700mila richiesti per altri sequenziatori figli della tecnologia precedente. L&#8217;Ion Proton non utilizza infatti sistemi ottici per leggere le basi di DNA, misurando invece le <strong>variazioni di pH</strong> durante la reazione di sequenziamento. I primi clienti ad acquistare questo gioiellino sono stati il Baylor College of Medicine, la School of Medicine di Yale e il Broad Institute: saranno loro a testare le capacità del nuovo nato in casa Life Technologies.</p>
<p align="justify">Gli addetti ai lavori si interrogano su quali siano le <strong>specifiche tecniche</strong> della macchina, domandandosi cosa sia realmente possibile ottenere con i 1000 dollari proclamati con tanta enfasi nel comunicato stampa. Che qualità avrà la sequenza ottenuta? Di quale copertura stiamo parlando, quando si dice &#8220;sequenziare un genoma umano&#8221;? Vi ricordo che la copertura è un numero che rappresenta quante volte viene letta in media una sequenza di DNA: una copertura di 2X o di 30X fanno una bella differenza in termini di accuratezza!</p>
<p align="justify">In attesa che la faccenda sia più chiara, io mi limito a dire che se anche fossimo realmente di fronte al tanto atteso traguardo dei mille dollari, l&#8217;uso che possiamo fare di una intera sequenza genomica è al momento piuttosto limitato. Se dunque stavate già pensando di farvi sequenziare per scoprire chissà quali arcani misteri nascosti nel vostro genoma, rilassatevi. Anche volendo, non potreste farlo: l&#8217;Ion Proton è attualmente in vendita solo per <strong>scopi di ricerca</strong>. E in effetti è proprio nella ricerca che il nuovo sequenziatore sarà fondamentale: le conoscenze che oggi ci mancano sul nostro genoma arriveranno solo da lì, e l&#8217;Ion Proton consentirà di arrivarci molto più in fretta.</p>
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		<title>Integratori vitaminici: fanno bene o fanno male?</title>
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		<pubDate>Thu, 05 Jan 2012 09:00:56 +0000</pubDate>
		<dc:creator>emmecola</dc:creator>
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		<description><![CDATA[Per un blog di genomica questo potrebbe sembrare un argomento off-topic, ma credo sia importante parlarne comunque, perché la genomica personale e la nutrigenetica sono inevitabilmente legate alla prevenzione delle malattie. Anzi, è proprio questo l&#8217;obiettivo finale: conoscere i propri geni per abbassare il rischio di ammalarsi, introducendo modifiche all&#8217;alimentazione e allo stile di vita. [...]<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4717&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify"><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2012/01/multivitamin.jpg?w=199&#038;h=300" alt="" title="multivitamin" width="199" height="300" class="alignleft size-medium wp-image-4728" />Per un blog di genomica questo potrebbe sembrare un argomento <em>off-topic</em>, ma credo sia importante parlarne comunque, perché la genomica personale e la nutrigenetica sono inevitabilmente legate alla prevenzione delle malattie. Anzi, è proprio questo l&#8217;obiettivo finale: conoscere i propri geni per abbassare il rischio di ammalarsi, introducendo modifiche all&#8217;alimentazione e allo stile di vita. Tuttavia, mentre praticamente tutti i medici consigliano di non fumare, fare sport e mangiare frutta e verdura, raramente ci viene consigliato di assumere ogni giorno un integratore multivitaminico. La ragione sta nel fatto che non tutti gli studi scientifici sono concordi nell&#8217;attribuire una reale utilità agli integratori, e anzi secondo alcune ricerche potrebbero essere addirittura dannosi per la salute. Qual è dunque la verità? A questa domanda risponde molto bene un <a href="http://www.hsph.harvard.edu/nutritionsource/what-should-you-eat/multivitamin/index.html">articolo</a> pubblicato su <a href="http://www.hsph.harvard.edu/nutritionsource/index.html">The Nutrition Source</a>, un sito internet specializzato curato dall&#8217;università di Harvard. La fonte è certamente affidabile e <em>super partes</em>: non credo che l&#8217;università più prestigiosa al mondo abbia interesse a scrivere sciocchezze, perciò ho deciso di sintetizzare qui i concetti principali.</p>
<p align="justify"><b>Una lunga storia</b> &#8211; Il fabbisogno giornaliero di vitamine è oggetto di dibattito fin dalla loro scoperta agli inizi del secolo scorso. A quei tempi si raccomandava di assumere vitamine per evitare l&#8217;insorgenza di malattie come lo <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Scorbuto">scorbuto</a> (vitamina C), il <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Beriberi">beriberi</a> (vitamina B1), la <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Pellagra">pellagra</a> (vitamina B3) o il <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Rachitismo">rachitismo</a> (vitamina D). Oggi si sa che le vitamine sono importanti anche per altri motivi: diversi studi hanno dimostrato che la carenza in micronutrienti può portare a danni del DNA, e causare o accelerare molte patologie (come il cancro e le patologie cardiache). <em>[<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12209158">Ames et al, 2004</a> - <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17101959">Ames et al, 2006</a>]</em></p>
<p align="justify"><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2012/01/healthy-food.jpg?w=300&#038;h=191" alt="" title="healthy-food" width="300" height="191" class="alignright size-medium wp-image-4730" /><b>Quando il cibo non basta</b> &#8211; Le vitamine le assumiamo principalmente attraverso l&#8217;alimentazione: per un apporto vitaminico adeguato, sarebbe sufficiente in linea teorica seguire una dieta sana, ricca di frutta, verdura, farine integrali e grassi buoni. Il problema è che non tutti ci riescono, anzi in realtà quasi nessuno: il 90% degli americani, ad esempio, assume meno vitamina D di quanto dovrebbe, e lo stesso discorso vale per la vitamina E. <em>[<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21865568">Fulgoni et al, 2011</a>]</em> Quando non riusciamo a introdurre sufficienti quantità di vitamine attraverso il cibo, diventa quindi utile un integratore di vitamine e sali minerali.</p>
<p align="justify"><b>Gli integratori uccidono?</b> &#8211; Uno studio recente pubblicato negli <em>Archives of Internal Medicine</em> ha scoperto che le donne over 55 che assumono integratori multivitaminici hanno un maggiore rischio di morte rispetto alle donne che non prendono integratori <em>[<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21987192">Mursu et al, 2011</a>]</em>. In realtà, questa ricerca ha dei punti deboli che rendono inaffidabili i risultati ottenuti. Come spiega il sito dell&#8217;università di Harvard, gli autori dello studio non hanno preso in considerazione lo stato di salute dei partecipanti: la maggior parte delle persone muoiono dopo una lunga malattia, e a volte iniziano ad assumere integratori soltanto dopo che la malattia si è manifestata. Senza considerare questo aspetto, non è possibile escludere che quelle donne siano morte non a causa del multivitaminico, ma a causa della malattia di cui soffrivano già prima di iniziare ad assumerlo. Anche altri studi pubblicati in passato hanno difetti molto simili: un&#8217;analisi del 2007, che viene spesso citata a dimostrazione dell&#8217;effetto dannoso degli integratori, soffre dello stesso problema <em>[<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17327526">Bjelakovic et al, 2007</a>]</em>. Gli studi esaminati in quella circostanza suggerivano che gli integratori di beta-carotene e vitamina A ed E fossero associati a un aumentato rischio di morte, peccato che nella maggior parte di essi i partecipanti fossero malati! E gli integratori multivitaminici difficilmente possono guarire una persona già malata. Era inoltre impossibile fare un&#8217;analisi corretta, perché ogni studio considerava diversi tipi di integratori, diverse dosi e diversi periodi di utilizzo. Le prove che gli integratori facciano male quindi non sono sufficientemente robuste, e al contrario ci sono molti studi che dimostrano il loro effetto benefico.</p>
<p><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2012/01/vitamins.jpg?w=300" alt="" title="Plate with Pills" class="alignright size-medium wp-image-4732" /></p>
<p align="justify"><b>Basta non esagerare</b> &#8211; Le ricerche scientifiche che supportano l&#8217;effetto protettivo degli integratori sono numerose. Ad esempio, le donne che assumono per almeno 15 anni un integratore multivitaminico hanno un rischio ridotto di sviluppare cancro al colon-retto e adenomi nell&#8217;intestino crasso <em>[<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21270374">Lee et al, 2011</a>]</em>. L&#8217;acido folico, invece, protegge le arterie coronarie, e nelle donne che bevono alcolici sembra abbassare il rischio di cancro al seno <em>[<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9459468">Rimm et al, 1998</a> - <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10235158">Zhang et al, 1999</a>]</em> . L&#8217;importante è non esagerare con le dosi: qualsiasi integratore, se consumato in quantità eccessive, può provocare danni. Troppo ferro può danneggiare gli organi, e troppo zinco può aumentare il rischio di cancro alla prostata <em>[<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12837837">Leitzmann et al, 2003</a>]</em>.</p>
<p align="justify"><b>In conclusione&#8230;</b> &#8211; Molti medici si astengono dal raccomandare integratori multivitaminici, perché non esistono dati sufficienti ottenuti con studi controllati randomizzati che ne dimostrino l&#8217;efficacia nel prevenire le malattie. E&#8217; un punto di vista ragionevole, ma c&#8217;è un problema: per condurre questi studi occorrono tempi molto lunghi, soprattutto quando si vogliono studiare malattie che appaiono in età avanzata, come l&#8217;Alzheimer. Non è affatto semplice realizzare studi tanto lunghi, e forse i dati che i medici chiedono potremmo non averli mai. &#8220;Considerando tutte le evidenze scientifiche attualmente disponibili &#8211; conclude l&#8217;articolo dell&#8217;università di Harvard &#8211; i potenziali benefici derivanti dall&#8217;assunzione quotidiana di un multivitaminico superano i potenziali rischi per la salute, almeno per la maggior parte delle persone.&#8221; <em>[<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17684228">Ames et al, 2007</a>]</em></p>
<p align="justify">Gli esperti di nutrizione di Harvard suggeriscono di porsi sempre <a href="http://www.hsph.harvard.edu/nutritionsource/what-should-you-eat/supplement-studies/index.html">quattro domande</a> quando esce un nuovo studio sugli integratori. Le domande sono:</p>
<ul>
<li><b>Quali dosi di vitamine hanno assunto i partecipanti? E per quanto tempo?</b> &#8211; Uno studio di breve durata potrebbe non cogliere gli effetti delle vitamine semplicemente perché la malattia necessita di più tempo per svilupparsi, o perché le vitamine hanno un effetto solo sul lungo termine.</li>
<li><b>Chi sono i partecipanti?</b> &#8211; Lo stile di vita può influenzare il modo in cui il nostro corpo risponde alle vitamine. Inoltre, gli integratori sono utili solo per quelle persone che ne hanno bisogno: chi segue già una dieta sana probabilmente non godrà di nessun beneficio dall&#8217;uso di un multivitaminico.</li>
<li><b>Quando i partecipanti hanno assunto l&#8217;integratore?</b> &#8211; Studi diversi possono dare risultati differenti a seconda del momento in cui i partecipanti hanno assunto l&#8217;integratore. Ad esempio, la carenza di acido folico in gravidanza può provocare la <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Spina_bifida">spina bifida</a> nel neonato, ma gli integratori sono utili solo se presi nelle prime settimane.</li>
<li><b>Come è stata misurata l&#8217;efficacia dell&#8217;integratore?</b> &#8211; Le malattie cardiocircolatorie coprono un&#8217;ampia gamma di patologie, e un multivitaminico può avere un effetto protettivo soltanto su una di esse. Uno studio che considera le malattie cardiovascolari in modo generico potrebbe non cogliere l&#8217;efficacia dell&#8217;integratore nel prevenire ad esempio gli <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Infarto_miocardico_acuto">infarti</a>, ma non gli <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Ictus">ictus</a>).</li>
</ul>
<p align="justify">Fonte: <a href="http://www.hsph.harvard.edu/nutritionsource/index.html">The Nutrition Source</a></p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4717/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4717/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4717/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4717/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4717/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4717/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4717/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4717/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4717/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4717/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4717/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4717/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4717/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4717/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4717&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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	</item>
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		<title>2011, un anno di&#8230;</title>
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		<pubDate>Tue, 03 Jan 2012 08:39:59 +0000</pubDate>
		<dc:creator>emmecola</dc:creator>
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		<description><![CDATA[&#8230;GENOMICA Molti saranno d&#8217;accordo con me sul fatto che quello appena trascorso è stato l&#8217;anno della fisica, con i bosoni, i neutrini e i gelmini. La genomica è rimasta un po&#8217; in sordina, specie se facciamo il confronto con le notizie sensazionali del 2010 (vedi la &#8220;vita artificiale&#8221; di Craig Venter e il genoma dell&#8217;uomo [...]<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4695&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify"><b>&#8230;GENOMICA</b> Molti saranno d&#8217;accordo con me sul fatto che quello appena trascorso è stato l&#8217;anno della fisica, con i bosoni, i neutrini e i gelmini. La genomica è rimasta un po&#8217; in sordina, specie se facciamo il confronto con le notizie sensazionali del 2010 (vedi la &#8220;vita artificiale&#8221; di Craig Venter e il genoma dell&#8217;uomo di Neanderthal). Nel 2011 dobbiamo accontentarci &#8211; per modo di dire &#8211; del <a href="http://www.lescienze.it/news/2011/10/13/news/ricostruito_il_genoma_della_morte_nera-567591/">genoma della Peste Nera</a>, il batterio che mise in ginocchio l&#8217;Europa nel 14° secolo: è questo il risultato che più mi ha colpito in questi dodici mesi. Gli scienziati sono riusciti a risalire alla sequenza genomica dell&#8217;antico ceppo di <i>Yersinia pestis</i> analizzando campioni appartenenti a vittime dell&#8217;epidemia, localizzati in un cimitero di Londra: è la prima volta che si sequenzia il genoma di un agente patogeno antico. Importante per altri motivi è stato anche il sequenziamento del <a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/06/02/sequenziato-il-genoma-del-batterio-killer/">genoma del batterio-killer</a>, il ceppo di <i>Escherichia coli</i> che ha terrorizzato l&#8217;Italia e l&#8217;Europa nel giugno scorso: l&#8217;impresa è stata portata a termine dall&#8217;istituto di genomica cinese BGI, che ha prodotto la sequenza a tempo record (appena 3 giorni di lavoro). Infine, ricordo che nel 2011 sono stati celebrati i dieci anni di genoma umano: nel febbraio 2001 Nature e Science pubblicavano gli articoli relativi a quella che è giustamente considerata una pietra miliare nella storia della scienza. Le due riviste ne hanno ricordato il decimo anniversario con numeri speciali, così come ho fatto io con <a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/02/21/leredita-del-genoma-umano/">questo post</a>.</p>
<p align="justify"><b>&#8230;myGenomiX</b> Il 2011 di myGenomiX è stato sicuramente positivo: ho conosciuto nuove persone e ricevuto persino delle proposte di lavoro, tutto grazie a questo blog, che oggi credo di poter considerare una scommessa vinta. Spero che la ruota continui a girare nel verso giusto! Tra i post che ho scritto nel 2011, i più letti sono stati:</p>
<ul>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/06/02/sequenziato-il-genoma-del-batterio-killer/">Sequenziato il genoma del batterio killer</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/05/07/sei-geni-determinano-il-colore-degli-occhi/">Sei geni determinano il colore degli occhi</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/05/23/cambiare-la-medicina-con-la-nutrigenomica-intervista-al-dottor-filippo-ongaro-medico-degli-astronauti-e-autore-del-libro-mangia-che-ti-passa/">Cambiare la medicina con la nutrigenomica – Intervista al dottor Filippo Ongaro, medico degli astronauti e autore del libro “Mangia che ti passa”</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/02/15/la-chimica-del-sequenziamento-passato-presente-e-futuro/">La chimica del sequenziamento: passato, presente e futuro</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/03/22/la-grande-famiglia-dei-primati/">La grande famiglia dei primati</a></li>
<p>.</ul>
<p align="justify"><b>I dieci post da ricordare:</b></p>
<ul>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/01/21/genetica-a-tavola-cosi-il-dna-influisce-sui-nostri-gusti-e-le-nostre-abitudini-alimentari/">Genetica a tavola: così il DNA influisce sui nostri gusti e le nostre abitudini alimentari</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/01/25/sconfiggere-la-malattie-genetiche-con-lo-screening-prenatale-arriva-il-test-per-400-malattie-ereditarie/">Sconfiggere le malattie genetiche con lo screening prenatale: arriva il test per 400 malattie ereditarie</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/02/15/la-chimica-del-sequenziamento-passato-presente-e-futuro/">La chimica del sequenziamento: passato, presente e futuro</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/02/21/leredita-del-genoma-umano/">L&#8217;eredità del genoma umano</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/03/04/test-genetici-23andme-ecco-i-commenti-di-chi-li-ha-provati/">Test genetici 23andMe: ecco i commenti di chi li ha provati</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/03/30/non-leggete-quel-dna/">Non leggete quel DNA</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/04/12/il-dna-altruista-salamandre-gigli-e-retrotrasposoni/">Il DNA altruista: salamandre, gigli e retrotrasposoni</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/05/07/sei-geni-determinano-il-colore-degli-occhi/">Sei geni determinano il colore degli occhi</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/05/17/vita-morte-e-miracoli-di-un-mitocondrio/">Vita, morte e miracoli di un mitocondrio</a></li>
<li><a href="http://mygenomix.wordpress.com/2011/11/18/i-parassiti-hanno-guidato-la-nostra-evoluzione/">I parassiti hanno guidato la nostra evoluzione</a></li>
</ul>
<p align="center"><b>Buon 2012 a tutti voi, Moreno</b></p>
<p><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2012/01/2012.jpg?w=645" alt="" title="2012"   class="aligncenter size-full wp-image-4712" /></p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4695/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4695/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4695/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4695/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4695/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4695/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4695/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4695/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4695/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4695/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4695/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4695/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4695/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4695/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4695&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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	</item>
		<item>
		<title>GenoMIX #20 &#8211; Dicembre 2011</title>
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		<pubDate>Fri, 30 Dec 2011 18:01:02 +0000</pubDate>
		<dc:creator>emmecola</dc:creator>
				<category><![CDATA[GenoMIX]]></category>
		<category><![CDATA[caenorhabditis elegans]]></category>
		<category><![CDATA[darwin]]></category>
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		<description><![CDATA[Una ricerca pubblicata su Cell questo mese ha rischiato di mettere in discussione niente meno che la teoria di Darwin, facendo scrivere ad alcuni commentatori che era giunto il momento di rispolverare le idee del caro vecchio Lamarck. Si parla in effetti di una scoperta abbastanza sconvolgente: pare che i vermi Caenorhabditis elegans, utilizzatissimi nei [...]<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4693&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify"><img alt="" src="http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f0/Jean-baptiste_lamarck2.jpg" title="Lamarck" class="alignright" width="300" />Una ricerca pubblicata su <a href="http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(11)01341-9">Cell</a> questo mese ha rischiato di mettere in discussione niente meno che la teoria di Darwin, facendo scrivere ad <a href="http://www.pikaia.eu/EasyNe2/Notizie/Non_e_stata_ancora_detta_l%E2%80%99ultima_parola_Lamarck.aspx">alcuni commentatori</a> che era giunto il momento di rispolverare le idee del caro vecchio Lamarck. Si parla in effetti di una scoperta abbastanza sconvolgente: pare che i vermi <em>Caenorhabditis elegans</em>, utilizzatissimi nei laboratori di tutto il mondo, abbiano la capacità di trasmettere alla progenie, e per centinaia di generazioni, un tratto acquisito (la resistenza a un virus). Il fatto che questo avvenga senza coinvolgere il DNA ha sorpreso molti, ma qualcun&#8217;altro invece cerca di raffreddare i toni: in <a href="http://www.sibe-iseb.it/blog/?p=17">questo post</a> il prof. Mandrioli spiega perché non ha senso rimettere in gioco Lamarck.</p>
<p align="justify">Il secondo grande risultato scientifico di Dicembre è stato quello conseguito da uno <a href="http://www.molecularlab.it/news/view.asp?n=7423">studio</a> con un&#8217;ampia partecipazione italiana, che è stato in grado di individuare 68 regioni genomiche coinvolte nel volume e nel numero delle piastrine. I ricercatori ci sono arrivati studiando 70mila individui e utilizzando sofisticate tecniche bioinformatiche, e ora possono vedere il proprio nome sulla <a href="http://www.nature.com/nature/journal/v480/n7376/full/nature10659.html">Nature</a>.</p>
<p align="justify">Merita una segnalazione anche una notizia che riguarda in realtà soltanto gli Stati Uniti, ma che dà un&#8217;idea di quanto si stia puntando sulla medicina personalizzata. L&#8217;NIH ha infatti <a href="http://www.nature.com/news/funds-dedicated-to-personalized-genetics-1.9565">annunciato</a> di voler investire 461 milioni di dollari su questo settore, suddividendo l&#8217;investimento in progetti già avviati e progetti nuovi, come quello del Clinical Sequencing Exploratory Research Project, che si occuperà di studiare l&#8217;impatto delle nuove tecnologie di sequenziamento genomico nella pratica clinica.</p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4693/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4693/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4693/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4693/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4693/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4693/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4693/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4693/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4693/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4693/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4693/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4693/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4693/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4693/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4693&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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			<media:title type="html">Lamarck</media:title>
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	</item>
		<item>
		<title>Buon Natale da myGenomiX!</title>
		<link>http://mygenomix.wordpress.com/2011/12/24/buon-natale-da-mygenomix/</link>
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		<pubDate>Sat, 24 Dec 2011 09:10:19 +0000</pubDate>
		<dc:creator>emmecola</dc:creator>
				<category><![CDATA[Varie]]></category>

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		<description><![CDATA[<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4689&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2011/12/merry-christmas.jpg?w=645" alt="" title="merry-christmas"   class="aligncenter size-full wp-image-4690" /></p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4689/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4689/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4689/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4689/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4689/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4689/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4689/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4689/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4689/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4689/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4689/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4689/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4689/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4689/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4689&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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			<media:title type="html">merry-christmas</media:title>
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	</item>
		<item>
		<title>L&#8217;unione fa la forza &#8211; Intervista a Boinc Italy, la regina del calcolo distribuito</title>
		<link>http://mygenomix.wordpress.com/2011/12/23/lunione-fa-la-forza-intervista-a-boinc-italy-la-regina-del-calcolo-distribuito/</link>
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		<pubDate>Fri, 23 Dec 2011 06:59:44 +0000</pubDate>
		<dc:creator>emmecola</dc:creator>
				<category><![CDATA[Salute]]></category>
		<category><![CDATA[Scienza]]></category>
		<category><![CDATA[Tecnologia]]></category>
		<category><![CDATA[boinc]]></category>
		<category><![CDATA[boinc italy]]></category>
		<category><![CDATA[calcolo distribuito]]></category>
		<category><![CDATA[foldit]]></category>
		<category><![CDATA[seti@home]]></category>

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			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify"><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2011/12/boinc.gif?w=645" alt="" title="boinc"   class="alignright size-full wp-image-4681" />Se c&#8217;è una cosa su cui tutti gli scienziati concordano al giorno d&#8217;oggi è il fatto che la bioinformatica sia ormai una strada obbligata per qualsiasi biologo o biotecnologo che voglia arrivare a un risultato scientifico. Che si tratti di un allineamento di sequenze o di strutture proteiche, tutti prima o poi si imbattono in questa disciplina sempre più necessaria. Lo studio dei fenomeni biologici mediante l&#8217;uso del computer (questa, in soldoni, è la definizione di &#8220;bioinformatica&#8221;) è tuttavia possibile soltanto quando si hanno a disposizione risorse computazionali adeguate, e queste sono tanto più imponenti quanto gli obiettivi sono ambiziosi. Fortunatamente esistono servizi come <a href="http://boinc.berkeley.edu/">Boinc</a>, una piattaforma internazionale di calcolo distribuito che mette a disposizione della ricerca scientifica la potenza di calcolo (in larga parte inutilizzata) di migliaia di personal computer sparsi nel mondo. Ho intervistato Stefano Bologna, referente italiano di uno dei tanti progetti attivi su <a href="http://www.boincitaly.org/index.php">Boinc Italy</a>.</p>
<p align="justify"><b>Che cos&#8217;è Boinc? Puoi illustrarci il suo funzionamento?</b></p>
<p align="justify">Per rispondere a questa domanda bisogna tornare un po’ indietro nel tempo: nel 1999 nasceva il progetto <a href="http://setiathome.ssl.berkeley.edu/">SETI@Home</a> per la ricerca di segnali radio extraterrestri attraverso la distribuzione del lavoro via internet a volontari che mettevano a disposizione il proprio computer. L’idea alla base era quella che i pc di casa vengono utilizzati, mediamente, per il 10-15% della loro potenza, mentre il resto viene “sprecato”. Nel 2002 il direttore di Seti, David Anderson, e il suo team decisero di creare una piattaforma neutra che permettesse anche ad altri ricercatori di utilizzare il calcolo distribuito su desktop; così nel 2004 nasce ufficialmente la piattaforma BOINC, che a tutt’oggi è in grado di erogare quotidianamente un totale di circa 5,3 PetaFlops di potenza di calcolo, ovvero la metà del più potente supercomputer al mondo.  Il funzionamento è molto semplice: è sufficiente scaricare dal sito di Boinc il programma (il nostro team lo ha tradotto in italiano) e installarlo. A questo punto bisogna scegliere il progetto a cui si vuole partecipare, iscriversi ad esso (basta una email ed una password) e poi collegarsi. Il progetto valuterà l’harware presente e comincerà a scaricare il lavoro da svolgere. Il nostro gruppo, ovviamente, è sempre a disposizione per aiutare chi si avvicina per la prima volta al mondo del calcolo distribuito.</p>
<p align="justify"><b>Quanti progetti avete attivi al momento? E quali settori riguardano principalmente?</b></p>
<p align="justify">I progetti attivi, attualmente, sono circa una cinquantina e spaziano nei più diversi settori della ricerca scientifica, dalla bioinformatica (simulazioni proteiche/docking/folding, aiuto nella cristallografia a raggi-x, ecc) alla matematica (ricerca di numeri primi, congetture matematiche, ecc), dalle ricerche sul clima a quelle sull’astronomia/astrofisica, fino a progetti più “particolari”, come per esempio <a href="http://www.boincitaly.org/progetti/progetti-boinc/climatologia-e-studio-della-terra/virtual-prairie-main.html">Virtual Prairie</a>, che simula la crescita di erba in zone aride cercando soluzioni di irrigazione migliori oppure Clean Energy Project, che studia nuovi materiali per le celle solari. Una delle caratteristiche per cui il team Boinc Italy considera i progetti è il fatto che i progetti devono essere no-profit e che i risultati devono essere a disposizione di tutti. I progetti di ricerca provengono da moltissime nazioni (USA, Germania, Giappone, Spagna, ecc), ma al momento attuale non ci sono progetti italiani attivi e noi del gruppo Boinc Italy stiamo cercando di “stimolare” la ricerca italiana in tal senso.</p>
<p align="justify"><b>Andando nel dettaglio dei progetti di biologia e medicina, quali sono i progetti che vanno per la maggiore?</b></p>
<p align="justify">I progetti di bioinformatica che vanno per la maggiore sono prevalentemente quelli “storici” del gruppo, come <a href="http://www.boincitaly.org/progetti/progetti-boinc/biologia-e-medicina/rosettahome.html">Rosetta@Home</a>, <a href="http://www.boincitaly.org/progetti/progetti-boinc/biologia-e-medicina/poemhome.html">Poem@Home</a> e quelli biologici di WCG (Help Conquer Cancer, Help Fight Childhood Cancer, ecc), anche se nuovi progetti, come <a href="http://www.boincitaly.org/progetti/progetti-boinc/biologia-e-medicina/correlizer.html">Correlizer</a> e <a href="http://www.boincitaly.org/progetti/progetti-boinc/biologia-e-medicina/dnahome.html">DNA@Home</a> sono tenuti in considerazione. Alcuni dei nostri volontari, poi, sono referenti italiani per i progetti, occupandosi quindi della traduzione dei contenuti dall’inglese, dell’aggiornamento sulle novità dei progetti e della partecipazione ai forum dei progetti, dove possono entrare in contatto diretto con i ricercatori. Tutte le ricerche in campo bioinformatico, d’altro canto, non intendono sostituire la ricerca in laboratorio, che è quella “finale”, ma vogliono aiutarla in tutti i modi possibili.</p>
<p align="justify"><b>Per quanto riguarda i progetti già conclusi, ce n&#8217;è qualcuno in particolare che ha dato risultati particolarmente importanti e del quale siete orgogliosi?</b></p>
<p align="justify"><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2011/12/sheetoutofplace.png?w=300&#038;h=176" alt="" title="sheetoutofplace" width="300" height="176" class="alignright size-medium wp-image-4684" />I progetti principali e più “famosi” non sono stati ancora chiusi e, probabilmente non lo saranno a breve, vista la mole di lavoro da compiere. Questo non significa che non siano stati raggiunti risultati importanti e lo dimostra il fatto che su tutti i siti dei progetti è presente una pagina in cui sono elencate le pubblicazioni scientificamente accettate (peer-review). Uno dei risultati che ci rende più orgogliosi è accaduto poco tempo fa e ci rende orgogliosi per le modalità con cui è stato raggiunto: il progetto Rosetta@home ha rilasciato, alcuni anni fa, un gioco (<a href="http://fold.it/portal/">Fold.it</a>) in cui i partecipanti (ricordiamolo, non sono ricercatori, ma gente comune) si cimentano nella simulazione di proteine e delle loro conformazioni. Un gruppo di scienziati alle prese da circa 10 anni con un particolare enzima coinvolto nell’AIDS non riuscivano a venirne a capo, e si sono rivolti alla comunità di Fold.it per avere un aiuto. In poco  meno di 3 settimane i volontari sono riusciti a risolvere il “puzzle” proteico e a restituire risultati utilizzabili al gruppo di ricerca. Tutta la storia è narrata <a href="http://oggiscienza.wordpress.com/2011/09/19/aids-giocando-si-impara/">qui</a>.</p>
<p align="justify"><b>Quanti sono i partecipanti di Boinc che mettono a disposizione il proprio computer per la scienza? E come vengono ricompensati?</b></p>
<p align="justify">I partecipanti al gruppo Boinc Italy sono circa 9000, (di cui un terzo partecipa anche al sito e al forum di discussione), mentre a livello mondiale i partecipanti sono poco meno di 300000. Come già detto i progetti sono no-profit quindi non è prevista nessuna ricompensa monetaria, ma i progetti rilasciano dei punti per ogni unità di lavoro calcolata, e questi punteggi vengono poi usati, per esempio, per delle sfide simboliche tra gruppi di volontari. Il gruppo Boinc Italy considera le sue attività come un “volontariato” del terzo millennio.</p>
<p align="justify"><b>Se un gruppo di ricerca volesse utilizzare le risorse di Boinc, cosa deve fare? Quali sono i requisiti per proporre un nuovo progetto?</b></p>
<p align="justify">Il team di Boinc ha pensato anche a questo: oltre all’ampia documentazione comprensiva di esempi presente sul sito, è anche possibile scaricare gratuitamente una macchina virtuale già configurata e pronta all’uso. I requisiti lato harware per cominciare un nuovo progetto sono, quindi, abbastanza accessibili: un server con connessione ad internet (se poi il progetto prendesse piede, è sempre possibile scalare verso l’alto l’infrastruttura informatica). Dal lato software, inoltre, la piattaforma Boinc supporta una vasta gamma di linguaggi di programmazione, dal Fortran al C++ fino al più recente OpenCL, linguaggio in rapida ascesa vista la possibilità di usare le schede video per il calcolo.</p>
<p align="justify">Quindi che state aspettando? Se volete pubblicare un <a href="http://www.pnas.org/content/108/47/18949">articolo su PNAS</a> come hanno fatto i giocatori di Foldit non dovete fare altro che collegarvi a <a href="http://www.boincitaly.org/index.php">Boinc</a>, scaricare il <a href="http://boinc.berkeley.edu/download.php">software</a> e iniziare a dare un aiuto concreto alla ricerca scientifica.</p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4676/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4676/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4676/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4676/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4676/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4676/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4676/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4676/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4676/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4676/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4676/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4676/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4676/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4676/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4676&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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		<title>Le videochat di Oil Project: Informatica Medica con il prof. Bevilacqua</title>
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		<pubDate>Tue, 20 Dec 2011 12:51:06 +0000</pubDate>
		<dc:creator>emmecola</dc:creator>
				<category><![CDATA[Educational]]></category>
		<category><![CDATA[Medicina]]></category>
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		<category><![CDATA[Scienza]]></category>
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		<category><![CDATA[oil project]]></category>
		<category><![CDATA[vitoantonio bevilacqua]]></category>

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		<description><![CDATA[COMUNICATO STAMPA &#8211; Medicina e Informatica: dalla diagnostica per immagini all&#8217;analisi di patologie tumorali Nuova diretta interattiva su Oilproject, piattaforma free dedicata alla formazione online. Martedì 20 dicembre, dalle 20:50 alle 21:50, parleremo di Informatica medica con Vitoantonio Bevilacqua , docente di Elaborazione delle Immagini presso il Politecnico di Bari. Quale supporto è in grado [...]<img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4670&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p align="justify"><img src="http://mygenomix.files.wordpress.com/2011/12/medicinainformatica.jpg?w=300&#038;h=235" alt="" title="medicinainformatica" width="300" height="235" class="alignright size-medium wp-image-4672" />COMUNICATO STAMPA &#8211; <b>Medicina e Informatica: dalla diagnostica per immagini all&#8217;analisi di patologie tumorali</b></p>
<p align="justify">Nuova diretta interattiva su <a href="http://www.oilproject.org">Oilproject</a>, piattaforma free dedicata alla formazione online. Martedì 20 dicembre, dalle 20:50 alle 21:50, parleremo di Informatica medica con <strong>Vitoantonio Bevilacqua</strong> , docente di Elaborazione delle Immagini presso il Politecnico di Bari.</p>
<p align="justify">Quale supporto è in grado di fornire oggi l&#8217;informatica al lavoro medico, e quali sviluppi si prevedono per il prossimo futuro? In che modo l&#8217;introduzione di strumenti come la tomografia assiale computerizzata (meglio nota come TAC) ha rivoluzionato metodi e cure? Ricostruendo il percorso di questa disciplina, dai sistemi sanitari per l&#8217;elaborazione dei dati clinici fino alle ultime applicazioni della bioinformatica, cercheremo di illustrarne obiettivi e potenzialità.</p>
<p align="justify">La videochat è aperta a tutti e gratuita: chiunque potrà inviare domande, votare quelle altrui e discutere in chat. <a href="http://www.oilproject.org/inclasse/medicina-e-informatica-dalla-diagnostica-per-immagini-allanalisi-di-patologie-tumorali-36.html">Questo</a> il link per seguire l&#8217;evento.</p>
<br />  <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gocomments/mygenomix.wordpress.com/4670/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/comments/mygenomix.wordpress.com/4670/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godelicious/mygenomix.wordpress.com/4670/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/delicious/mygenomix.wordpress.com/4670/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gofacebook/mygenomix.wordpress.com/4670/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/facebook/mygenomix.wordpress.com/4670/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gotwitter/mygenomix.wordpress.com/4670/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/twitter/mygenomix.wordpress.com/4670/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/gostumble/mygenomix.wordpress.com/4670/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/stumble/mygenomix.wordpress.com/4670/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/godigg/mygenomix.wordpress.com/4670/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/digg/mygenomix.wordpress.com/4670/" /></a> <a rel="nofollow" href="http://feeds.wordpress.com/1.0/goreddit/mygenomix.wordpress.com/4670/"><img alt="" border="0" src="http://feeds.wordpress.com/1.0/reddit/mygenomix.wordpress.com/4670/" /></a> <img alt="" border="0" src="http://stats.wordpress.com/b.gif?host=mygenomix.wordpress.com&amp;blog=13457284&amp;post=4670&amp;subd=mygenomix&amp;ref=&amp;feed=1" width="1" height="1" />]]></content:encoded>
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