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I geni umani non sono brevettabili – Un commento sul caso Myriad

patentpendingI geni umani non sono brevettabili. Lo hanno deciso all’unanimità i nove giudici che compongono la Corte Suprema degli Stati Uniti d’America. La notizia ha avuto una notevole risonanza mediatica, arrivando anche sui quotidiani italiani, il che non stupisce data l’importanza della materia in oggetto. La decisione della Corte (pdf) ha una lunga storia alle spalle, iniziata nel 1997 quando la Myriad Genetics sequenziò e brevettò i geni BRCA (geni fortemente associati al cancro a seno e ovaie). Nel 2001 l’Ufficio Brevetti americano stabilì i requisiti affinché una sequenza di DNA potesse essere brevettata: il DNA deve essere “isolato dal suo stato naturale e processato attraverso step di purificazione che separino il gene dalle altre molecole ad esso naturalmente associate”. Tutto è filato liscio per diversi anni, per la gioia di Myriad che ha potuto vendere a prezzi esorbitanti i suoi test genetici, ma nel 2010 un tribunale del distretto di New York ha scompaginato i piani dell’azienda americana, dichiarando non più validi i brevetti dei geni BRCA. Ma non è finita qui: quest’ultima sentenza è stata nuovamente ribaltata nel 2011 dalla Corte d’Appello Federale, che ha definito “significativamente diverso” il DNA isolato tramite procedure di laboratorio rispetto al DNA nel suo stato naturale. E si arriva all’ultima decisione, quella della Corte Suprema, che dichiara invece non brevettabili i geni umani, anche se isolati dal loro stato naturale. I brevetti di Myriad Genetics non sono quindi più validi (sarebbero comunque decaduti nel 2015), e altre aziende possono ora offrire i test dei geni BRCA, ovviamente a un prezzo molto più basso. Ma la faccenda è più complicata di quanto sembri: la Corte Suprema distingue infatti due tipologie di DNA, il DNA genomico e il cDNA. E secondo l’ultima decisione, il cDNA (che non è altro che una copia dell’RNA messaggero, il quale è a sua volta una copia del DNA genomico privato degli introni) è brevettabile, in quanto molecola “artificiale” fabbricata dall’uomo. Questo significa che tutti quei brevetti (di Myriad ma anche di altre aziende) che riguardano il cDNA restano ancora validi. Vi suona strano vero? Beh, in effetti la decisione della Corte fa sorgere qualche dubbio.

Non sono un esperto di brevetti, ma due cose vorrei dirle. La prima riguarda gli errori di biologia molecolare presenti nel testo firmato dalla Corte (leggete qui). Mi chiedo: è possibile legiferare in modo corretto su un argomento che non si conosce perfettamente? Faccio un esempio. I giudici americani hanno scritto che cDNA sta per “composite DNA”, quando invece tutti gli studenti di biologia sanno che la “c” sta per “complementary”. Ora, il giudizio sarebbe stato differente se la Corte avesse dato il nome corretto a questa molecola? Forse (ma non ne sono sicuro), la parola “complementare” avrebbe segnalato ai giudici che in realtà il cDNA, pur essendo creato artificialmente dall’uomo, è una semplice copia di qualcosa che in natura esiste già. Magari, questo avrebbe portato la Corte a vietare i brevetti anche per il cDNA.

La seconda cosa che mi sento di sottolineare è che il DNA è sicuramente una molecola, e nemmeno troppo complessa, ma è anche e soprattutto “informazione”. Dice bene Iddo Friedberg su Byte Size Biology. Ha senso brevettare un’informazione? Anche i libri sono entità fisiche molto concrete, sono fatti di molecole anch’essi, ma quando pensiamo a un libro non pensiamo a dei fogli di carta con delle macchie d’inchiostro. Pensiamo alla storia che raccontano, alle informazioni che ci trasmettono. E infatti i libri, così come i cd musicali, non si possono brevettare. Romanzi e canzoni vengono protetti da un’altra forma di tutela, il diritto d’autore. Invece di associarlo a una lunga molecola di acido desossiribonucleico, dovremmo pensare al DNA come a una poesia o a un racconto. Se facessimo così, ci verrebbe naturale dire che né il DNA genomico presente in natura, né quello isolato in laboratorio, e nemmeno il cDNA possono essere brevettati: dovrebbero semmai essere protetti dal diritto d’autore. In quel caso, le aziende come Myriad Genetics, avrebbero però un grosso problema: sui geni umani troveremmo infatti la scritta “Copyright: Evolution”. E davanti a un autore così illustre, non c’è Corte d’Appello che tenga.

Nota a margine: considerando il DNA come informazione, ci sarebbe comunque la possibilità di proteggere con una forma di tutela simile al diritto d’autore i geni realmente “sintetici”. Non il cDNA, quindi, ma geni (o combinazioni di geni) completamente nuovi, magari dotati di funzioni particolari che in natura non esistono, e che sicuramente usciranno dai laboratori di synthetic biology nei prossimi anni. Su questi ultimi, le aziende potranno ancora farci dei soldi. E io non avrei nulla in contrario: i prodotti dell’ingegno umano – se lo sono veramente – devono essere protetti.

 
 

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DNA, brevetti, privacy e il diritto di (non) sapere

Abstract – Genetic information is one of the most precious and personal data that we have: it can reveal our identity and the identity of our family. It can disclose our diseases and our physical traits. Because of this, everyone is interested in getting his hands on it: research, industry, insurance companies and employers. Recently, three publications have shown how complicated the management of genetic data can be. Scientists have published the genome sequence of HeLa cells, one of the most used cell line in biomedical research. The cells derive from a tumour sample that was taken (without explicit consent) from a black woman, Henrietta Lacks, who lived in Virginia in the 40s. Those cells have travelled across the world, they have been sold and bought as a common laboratory reagent, and they led to extraordinary scientific results such as polio vaccine and in vitro fertilization. Now that the HeLa genome is available, not only her privacy has been violated once again, but also the privacy of her family members, who share some DNA with Henrietta. And we must always keep in mind that when our DNA is online, it will be forever. Strikingly, a recent study showed that even anonymous genetic data are potentially able to reveal a person’s identity. But what about our right to know what’s written in our genome? According to another publication, also this right is at risk, just like our right to privacy. The reason for this is an overly broad interpretation of what gene patents are. The US Supreme Court has recently supported that such patents can cover not only the gene itself, but also every one of its possible subsquence of at least 15 nt. If this is going to be the general rule, no diagnostic lab will be able to analyze anything: the study found that some gene patents already covers more than 10% of human genes. And if the right to know your genome may be soon in danger, the right NOT to know it is at risk too. The American College of Medical Genetics and Genomics has recently recommended that incidental findings in clinical genome sequencing should be reported to the patient. These guidelines provide also a list of genetic mutations that a lab must check every time that a new genomic sequence is requested. What is striking here is the fact that patients have no choice: they must allow their physician to report the results of this “opportunistic” screening, otherwise they cannot obtain the sequencing. The management of genetic data, from their acquisition to their public release, is a delicate matter where legal and ethical issues meet often in a conflictive way, and I can’t offer any solution to these problems. But I can remind that these issues exist, and that we have to tackle them as soon as possible.


ResearchBlogging.orgIl genoma umano è un gran casino, comunque lo si guardi. Con l’esplosione della ricerca genomica, iniziata a cavallo del 2000 con il Progetto Genoma Umano e proseguita con gli studi di associazione genome-wide e il sequenziamento di seconda e terza generazione, nuove opportunità e nuove sfide hanno cominciato ad affacciarsi nel mondo della ricerca medico-scientifica, e alcune di queste stanno avendo un impatto rilevante sulla nostra società. Forse non è questo il caso delle questioni più tecniche, come le difficoltà insite nell’interpretazione della varabilità genetica e la relazione tra geni e malattie, o anche più semplicemente i problemi legati alle risorse computazionali necessarie per analizzare e gestire l’enorme mole di dati generati, ma quando si parla di normative, brevetti e tutela della privacy, ecco che la genomica entra prepotentemente nella nostra vita di tutti i giorni, con il suo carico di complessità da gestire e affrontare. Tre articoli pubblicati nelle ultime settimane ci fanno riflettere molto in questo senso: la gestione dei dati genetici, dalla loro acquisizione alla loro diffusione, è materia delicatissima, dove si intersecano questioni normative ed etiche, e finiscono per incontrarsi – spesso in modo conflittuale – le esigenze dell’industria, quelle della ricerca e quelle dei cittadini.

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Henrietta Lacks e il diritto alla privacy – Il primo articolo è stato pubblicato sulla rivista G3: Genes, Genomes, Genetics e annuncia il sequenziamento del genoma di una delle linee cellulari più utilizzate nei laboratori di ricerca di tutto il mondo: le cellule HeLa. Non ci sarebbe nulla di sconvolgente in questa notizia, se non fosse che queste cellule derivano da un campione di tessuto tumorale prelevato – senza esplicito consenso – da una donna morta nel 1951. La storia di Henrietta Lacks è stata racccontata in un libro della giornalista Rebecca Skloot, che negli USA ha venduto moltissime copie (un caso eccezionale per un libro che parla di scienza). Henrietta era una donna di colore che negli anni ’40 lavorava nei campi di tabacco della Virginia; mentre cercavano di curarla da un cancro che l’aveva colpita e che poi l’avrebbe uccisa, i medici prelevarono un campione del tessuto malato, scoprendo successivamente che le cellule erano in grado di moltiplicarsi autonomamente per un tempo virtualmente infinito. Il contributo che le cellule HeLa hanno dato alla ricerca biomedica è inestimabile: dal vaccino per la poliomielite alla fecondazione in vitro, sono moltissimi i risultati scientifici conseguiti negli ultimi decenni che sono legati in qualche misura a questa linea cellulare. Il libro della Skloot si focalizza su un punto cruciale della vicenda, che in passato era stato ignorato dai più: le cellule di Henrietta sono state prelevate e diffuse senza che la sua proprietaria avesse mai firmato una autorizzazione o un consenso informato. Per questo la pubblicazione del genoma delle cellule HeLa ha destato tanto scalpore pochi giorni fa: non soltanto le sue cellule sono state utilizzate, vendute e acquistate come un comune reagente di laboratorio senza il permesso della Lacks, ma addirittura l’informazione genetica in esse codificata è stata resa liberamente disponibile a tutti. Certo, gli autori lo hanno fatto a fin di bene: per un ricercatore che usa le HeLa per i propri esperimenti, la loro sequenza genomica è sicuramente una risorsa preziosa. Ed è altrettanto vero che il genoma pubblicato è molto diverso da quello della giovane donna afro-americana: il genoma di una cellula tumorale è caratterizzato da ogni genere di aberrazioni, e quello delle cellule HeLa non fa certo eccezione. Tuttavia, queste attenuanti non bastano a giustificare un gesto che va contro le più basilari norme di tutela della privacy. Già, perché così come accaduto sessant’anni fa, anche questa volta non è stato chiesto alcun permesso. Ovviamente la diretta interessata non avrebbe potuto comunque concederlo, ma i suoi diretti discendenti sì, o quantomeno avrebbero dovuto essere informati dello studio prima che questo fosse pubblicato sulle pagine di una rivista scientifica. Anche perché, condividendo con Henrietta parte del patrimonio genetico, la violazione della sua privacy ha toccato in una certa misura anche i membri della sua famiglia. Le critiche non sono tardate ad arrivare (qui trovate un resoconto aggiornato), e naturalmente si è fatta sentire anche la stessa Rebecca Skloot sul New York Times. Ma il problema non riguarda solo il genoma di Henrietta Lacks. Oggi, con i dati di un genoma in mano, si possono ricostruire genealogie, scoprire l’esistenza di patologie genetiche, e chissà cos’altro sarà possibile fare in futuro. Ne siano consapevoli coloro che scelgono volontariamente di rendere pubblica la propria sequenza genomica: quando il tuo DNA è online, lo è per sempre! E faccia attenzione anche chi sceglie di partecipare personalmente a progetti di ricerca: uno studio recente ha dimostrato che nemmeno l’anonimato è una protezione sufficiente quando il proprio DNA finisce in rete.

dnapatent

I brevetti e il diritto di sapere – La faccenda rimane ingarbugliata anche quando si parla di acquisizione dei propri dati genetici, e del “diritto di sapere” cosa c’è scritto nel proprio genoma. E non mi riferisco alla diatriba su quali test genetici debbano essere accessibili al grande pubblico: anche ipotizzando uno Stato totalmente libertario, che non si interpone tra il cittadino e il suo genoma, esiste comunque la possibilità che questa informazione sia di fatto inaccessibile, e la colpa è dei brevetti. Premessa: non è possibile brevettare un gene umano in quanto tale, altrimenti ciascuno di noi – in quanto esseri umani utilizzatori di quel gene – dovremmo pagare delle royalties all’azienda che detiene il brevetto. E’ però possibile per una società brevettare l’analisi di quel gene per scopi diagnostici, e non solo: la legislazione americana più recente permette anche di brevettare le sottosequenze di quel gene, fino a una lunghezza minima di 15 nucleotidi. In questo modo, il detentore del brevetto non solo può impedire ad un altro laboratorio di analizzare quello specifico gene, ma anche di testare qualsiasi altro gene umano che contenga una qualsiasi delle sottosequenze del gene brevettato. La domanda allora viene spontanea: quante sono le probabilità di prendere una sequenza di 15 nucleotidi, e di trovarne più di una copia all’interno degli oltre 20mila geni umani? A questa domanda risponde uno studio pubblicato su Genome Medicine, dove viene descritta una procedura bioinformatica semplice ma molto elegante, grazie alla quale gli autori sono riusciti a scoprire quanti geni umani è possibile “coprire” depositando un brevetto su un singolo gene. Ebbene, gli autori hanno scoperto 58 brevetti che coprono almeno il 10% dei geni umani (uno addirittura arriva al 92%). Persino brevetti che dovrebbero riguardare altre specie finiscono per coprire geni umani: c’è un brevetto per il miglioramento genetico dei bovini che ad esempio ne copre l’84%! E’ una situazione paradossale che potrebbe portare al blocco di qualsiasi analisi genetica. Immaginate di voler analizzare un gene legato a qualche forma famigliare di cancro, e per semplicità immaginate che questo gene non sia coperto da brevetto. Ebbene, anche in questa situazione potreste non avere modo di soddisfare la vostra curiosità: si dà il caso, infatti, che il gene in questione abbia una piccola sottosequenza in comune con un altro gene brevettato! Evento molto probabile, come abbiamo visto, anzi, quasi certo. Scrivono gli autori: “If patent claims that use these 15mer or other short k-mer sizes are enforced, it could potentially create a situation where a piece of every gene in the human genome is patented by a phalanx of competing patents, with potentially harmful consequences for genetic testing laboratories and research groups performing targeted sequencing on any gene, in virtually all species”. In altre parole, avremmo una paralisi totale e nessun laboratorio potrebbe analizzare nulla senza infrangere (almeno) un brevetto. Uno scenario da brividi, non c’è che dire.

Le scoperte accidentali e il diritto di non sapere – Se il “diritto di sapere” è messo in discussione dalla disciplina che regola i brevetti, anche il “diritto di non sapere” non se la passa bene. Pochi giorni fa, infatti, l’American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) ha pubblicato delle raccomandazioni ufficiali (PDF) in base alle quali un cittadino americano che richiede il sequenziamento del proprio genoma in un contesto clinico, è tenuto ad autorizzare il proprio medico di riferimento a rivelargli eventuali scoperte “accidentali” che potrebbero essere fatte durante l’analisi del suo genoma. Non è una scelta facoltativa: se vuoi analizzare il tuo genoma per scoprire se possiedi la mutazione X, beh sei obbligato a dare questa autorizzazione. Sarà poi il tuo medico a decidere se comunicarti soltanto il risultato per la mutazione X o se invece rivelarti anche quello per le eventuali mutazioni Y e Z. Nel suo comunicato, l’ACMG pubblica persino una tabella di mutazioni che il laboratorio di analisi sarebbe obbligato ad analizzare ogni volta che effettua un’analisi genomica. Nella maggior parte dei casi, si tratta di malattie che è possibile curare o prevenire, ma ci sono anche varianti genetiche che non sempre provocano la malattia. Sul blog Genomes Unzipped c’è un commento molto critico a questo proposito. Se un genitore volesse conoscere la causa genetica di una rara malattia neurologica che affligge suo figlio, per quale motivo dovrebbe ricevere anche altre informazioni non richieste, magari di dubbia utilità? Come si comporterebbe se scoprisse che il bambino ha una mutazione legata a una forma di cancro che però non sempre si traduce in malattia? Sono tutte questioni che l’ACMG ha affrontato forse con troppa leggerezza e che vanno a negare il diritto di non sapere cosa c’è scritto nel nostro DNA, un diritto sacrosanto tanto quanto quello opposto.

Tra i dati considerati “sensibili”, l’informazione genetica è uno dei più preziosi e personali che abbiamo: può rivelare la nostra identità e quella dei nostri famigliari, e può svelare le malattie da cui siamo affetti. Proprio per questo gli interessi che ruotano attorno a una sequenza di DNA sono molteplici: ricerca, industria, assicurazioni, datori di lavoro, ognuno di questi soggetti potrebbe essere interessato a curiosare nel nostro patrimonio genetico. In attesa che i governi regolino l’accesso a questi dati tanto preziosi, spetta a noi decidere che cosa farne e a chi affidarli. Lo so, in questo post ho messo in luce soltanto i problemi legati alla gestione dei dati genetici, e non ho proposto soluzioni, ma la materia è complessa e forse non sono la persona più adatta a proporre soluzioni in questo ambito. La cosa importante – credo – è sapere che questi problemi esistono, e che devono essere affrontati al più presto.

Photo Credit: Proimos (Flickr)


Landry, J., Pyl, P., Rausch, T., Zichner, T., Tekkedil, M., Stutz, A., Jauch, A., Aiyar, R., Pau, G., Delhomme, N., Gagneur, J., Korbel, J., Huber, W., & Steinmetz, L. (2013). The Genomic and Transcriptomic Landscape of a HeLa Cell Line G3: Genes|Genomes|Genetics DOI: 10.1534/g3.113.005777

 

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GenoMIX #6 – Ottobre 2010

La notizia più importante dell’ultimo mese è senz’altro quella che riguarda il progetto 1000 genomi, la grande iniziativa internazionale che mira a svelare la maggior parte della variabilità genetica della specie umana. I risultati della fase pilota sono già interessanti, con 179 nuovi genomi sequenziati e la scoperta che ognuno di noi porta dentro di sé 250-300 geni non funzionanti: a salvarci è il fatto che siamo diploidi, cioè abbiamo due copie per ognuno dei nostri geni.

Grandi novità anche sul fronte della genetica personale. I membri del blog collettivo Genomes Unzipped hanno deciso di pubblicare online i propri dati genetici, con lo scopo di accelerare la ricerca genomica e di convincere la gente che “il DNA non fa paura”. Io sono un grande estimatore di quel blog, il migliore nella categoria, ma stavolta ho dovuto schierarmi contro la loro iniziativa: la privacy è importante, e nessuno sa quali scoperte verranno fatte in futuro sul genoma umano, e come queste saranno usate.

La grande famiglia delle specie sequenziate ha visto l’inserimento di un nuovo componente, e un componente di primissimo livello! Il suo è un genoma da guinness dei primati. Si tratta del fiore giapponese Paris japonica, che con il suo DNA gigantesco (149 miliardi di paia di basi) è la specie con il genoma più grande finora conosciuto. Il grazioso fiore lontano parente dei gigli batte il primato precedentemente detenuto dal pesce africano Protopterus aethiopicus.

Ottobre è stato un mese importante anche per le aziende di biotecnologie americane. Il governo statunitense ha infatti dichiarato che i geni umani non sono brevettabili, mettendo in grave difficoltà la Myriad Genetics e molte altre società del settore. La notizia è rilevante perché segna un cambiamento di tendenza che avrà sicuramente delle ripercussioni su tutta l’industria biotech: per anni, infatti, l’Ufficio Brevetti era stato estremamente generoso nella concessione di brevetti sul genoma umano.

A colpire di più l’opinione pubblica è stato però il sequenziamento del genoma del cantante Ozzy Osbourne, che si è sottoposto a questo particolare esperimento con lo scopo di scoprire quali geni gli abbiano permesso di vivere così a lungo nonostante la sua vita di eccessi. Ozzy non ha però avuto risposte certe, né le hanno avute gli scienziati, che hanno potuto fare soltanto ipotesi e non hanno imparato niente di nuovo da questo celebre genoma. Tutto il settore si è fatto però un’ottima pubblicità presso il grande pubblico, dal momento che forse ora qualche persona in più sa che cosa significa “sequenziare un genoma”.

 
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Pubblicato da su 31 ottobre 2010 in GenoMIX

 

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Il governo americano cambia idea: i geni non sono brevettabili

I geni umani, così come quelli di qualunque altra specie, non possono essere oggetto di brevetti, perché fanno parte della natura vivente e non sono invenzioni dell’uomo. Così si è pronunciato venerdì il Dipartimento di Giustizia americano, chiamato a esprimere un parere in relazione alla causa che vede contrapposte l’azienda biotech Myriad Genetics e due associazioni americane. La lite riguarda in particolare due geni legati al tumore al seno e alle ovaie (BRCA1 e BRCA2), per i quali la Myriad deteneva numerosi brevetti, in particolare sui metodi utilizzati per testare la presenza di mutazioni che possano predisporre ai due tipi di cancro.

La vicenda era iniziata a Marzo, quando il giudice Robert Sweet dichiarò che i brevetti della Myriad Genetics non erano validi, riaprendo una questione che sembrava ormai chiusa: da tempo, infatti, l’Ufficio Brevetti americano concede brevetti su geni alle aziende biotecnologiche che ne fanno richiesta, e oggi gran parte del genoma umano risulta coperto da proprietà intellettuale. La sentenza di Marzo, contestata ovviamente dalla Myriad, ha riacceso il dibattito, e questo nuovo sviluppo non fa che confermare il cambio di rotta da parte degli USA nei confronti della brevettabilità dei geni umani, anche se non è dato sapere se questa nuova linea di tendenza sarà accolta e concretizzata dall’Ufficio Brevetti.

Il Governo americano ha dichiarato che la struttura chimica dei geni umani è un prodotto della natura, e non fa differenza se questi siano stati isolati in laboratorio o se siano ancora all’interno del corpo umano. Vengono quindi messi a tacere i sostenitori della brevettabilità, i quali ritengono che, una volta isolati dal contesto genomico, i geni diventano composti chimici differenti, che possono quindi essere coperti da proprietà intellettuale.

Alcuni esperti sostengono che questo non danneggerà eccessivamente l’industria biotecnologica, perché le nuove restrizioni non si applicano alle manipolazioni del DNA, come gli organismi geneticamente modificati e la terapia genica. Certo non saranno felici i dirigenti della Myriad Genetics, che dopo aver perso i brevetti ed essere stati attaccati dai sostenitori della genetica open source, ora hanno ben poche speranze di riuscire a proteggere e far fruttare il proprio test diagnostico da 3mila dollari, realizzato e messo sul mercato proprio grazie a quei brevetti.

Fonte: New York Times

Altri link:

Image credit: Ars Technica

 
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Pubblicato da su 31 ottobre 2010 in Business, Medicina, Salute

 

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Steven Salzberg, il paladino della genetica open source

Nel 2005, uno studio rivelò che 4382 geni umani (circa il 20% del totale) erano coperti da brevetti. Se un medico avesse voluto eseguire un esame diagnostico per cercare mutazioni dannose in uno specifico gene, avrebbe dovuto acquistare l’apposita licenza dall’azienda che deteneva i diritti. Una pratica discutibile, dal momento che il nostro genoma appartiene per definizione alla specie umana nel suo complesso. Sembra però che le cose stiano cambiando.

Lo sa bene la Myriad Genetics che nel Marzo di quest’anno si è vista annullare da una corte federale americana sette dei suoi brevetti su due geni (BRCA1 e BRCA2) associati al cancro al seno e alle ovaie. L’azienda di Salt Lake City non è rimasta a guardare: detiene ancora altri 16 brevetti relativi relativi a questi due geni, e sta facendo ricorso contro la prima sentenza.

Per la Myriad, però, i problemi non sono ancora finiti, anzi, forse sono appena iniziati. Pochi giorni fa, il professor Steven Salzberg dell’Università del Maryland ha infatti messo in rete un software open source che entrerebbe in diretta competizione con il test commerciale sviluppato dall’azienda. Il programma, presentato sulla rivista Genome Biology e scaricabile liberamente da internet, è stato scritto in Perl ed è in grado di riconoscere 68 mutazioni dannose nei geni BRCA1 e BRCA2 in poche ore di calcolo. L’unico dato richiesto in ingresso sono le sequenze grezze generate dal sequenziamento di un genoma umano, senza che sia neppure necessario assemblarle. Oggi sequenziare un genoma costa poco meno di 20mila dollari, ma il prezzo è destinato a scendere rapidamente e presto sarà alla portata di tutti: sicuramente arriveremo a un punto in cui sarà più conveniente sequenziare completamente il nostro genoma per analizzarlo col software di Salzberg, che non pagare i 3000 dollari richiesti dalla Myriad Genetics per testare soltanto i geni BRCA.

Il software di Salzberg è veloce e soprattutto estremamente flessibile. Qualsiasi programmatore potrebbe integrare nel codice altri geni oltre ai due attualmente implementati, e utilizzarlo quindi per testare moltissime mutazioni diverse associate a più patologie. Nell’articolo si legge che l’algoritmo, messo alla prova su tre genomi appartenenti a un Africano, un Asiatico e una donna di etnia Caucasica, ha eseguito gli allineamenti necessari in un massimo di 8 ore, utilizzando un unico processore da 2.4 GHz, ed è stata individuata una sola mutazione, in eterozigosi, sulla donna Caucasica. Si trattava semplicemente di una prova, che però dimostra la fattibilità delle analisi genetiche fai-da-te. Il professor Salzberg ha dichiarato a Nature che nel giro di 10 anni ognuno avrà il proprio genoma memorizzato su una chiavetta USB, e quando questo accadrà esisteranno dei software open source che consentiranno di analizzare il DNA alla ricerca di centinaia di mutazioni diverse. L’analisi potrà essere eseguita sul computer di casa, e ripetuta ogni volta che verrà fatta una nuova scoperta scientifica. Con buona pace della Myriad Genetics e dei suoi brevetti.

Salzberg SL et al. “Do-it-yourself genetic testing” Genome Biology 2010, 11:404

 
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Pubblicato da su 15 ottobre 2010 in Genetica personale, Medicina, Salute, Tecnologia

 

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