RSS

Archivi tag: genetica fai-da-te

Un registro italiano per orientarsi nella giungla dei test genetici

Fino a qualche mese fa era solo una moda americana, ma come tutte le mode americane anche quella dei test genetici è arrivata (con un po’ di ritardo) anche qui nel nostro Paese. Le aziende italiane che offrono analisi genetiche di varia natura spuntano come funghi, e in mezzo a questa crescente offerta sta diventando sempre più difficile, per il consumatore medio, capire quale test acquistare.

Le proposte sono variegate: c’è chi vende test direttamente online e chi li distribuisce solo tramite medici e nutrizionisti; chi fa test predittivi per malattie gravi e chi invece analizza il DNA per cercarvi delle semplici intolleranze alimentari; c’è chi riporta tutta la bibliografia a supporto del test e chi non indica nemmeno i geni testati. Poiché regole chiare non esistono, ogni azienda fa come crede. Ma al consumatore chi ci pensa? Come tutelare chi vorrebbe acquistare un test ma non sa quale dei tanti provare?

Queste domande se le sono poste anche negli Stati Uniti, dove il settore della genomica personale è attivo da più tempo. I National Institutes of Health stanno progettando un registro pubblico dei tantissimi test genetici sul mercato, in modo da facilitare sia i consumatori americani sia le aziende oneste che non hanno nulla da nascondere. Purtroppo questo registro non esiste ancora, almeno negli USA: ma non sarebbe bello – per una volta – giocare d’anticipo e realizzare un registro dei test genetici italiani? Navigando su internet ho potuto constatare che le compagnie presenti nel settore iniziano a essere tante, e siamo solo all’inizio: mi viene quindi da pensare che i tempi siano maturi per un’iniziativa del genere, anche qui in Italia.

Chissà, magari tra i miei lettori c’è qualche sviluppatore di siti web desideroso di cimentarsi in questa impresa. Dopotutto, basterebbe un banale database dove le aziende che lo desiderano possano inserire le informazioni principali sui propri test. Ovviamente il segreto aziendale è fondamentale e deve essere tutelato, perciò non verrebbe richiesto di inserire informazioni “sensibili”. Tuttavia, sono sicuro che tra il dire tutto e il non dire nulla esistono accettabili vie di mezzo. Inoltre, l’iscrizione al registro sarebbe certamente volontaria.

Un registro pubblico dei test genetici renderebbe molto felici i consumatori, che potrebbero selezionare il test più adatto, come farebbero in un supermercato davanti a un bancone di prodotti concorrenti. Ne sarebbero felici anche i medici e i consulenti genetici, che potrebbero indirizzare meglio i propri pazienti verso test più affidabili. E credo ne sarebbero felici anche le aziende stesse, o almeno quelle più serie: acquisterebbero una notevole visibilità, e potrebbero fregiarsi del titolo di “azienda trasparente” davanti agli occhi del consumatore. Per come la vedo io, un registro ben fatto sarebbe vantaggioso un po’ per tutti, e il fatto che negli USA stiano pensando la stessa cosa mi dice che non è poi un’idea malvagia. Senza contare che la trasparenza è uno dei principi fondamentali promossi dalla Commissione sulla Genetica Umana del Regno Unito. Voi cosa ne pensate? Quali informazioni inserireste in un registro del genere?

Update: Non mi riferisco solo ai test genetici per le malattie recessive, ma anche a quelli che riguardano tratti non patologici. Oppure a quelli che calcolano il rischio di ammalarsi di una malattia complessa, dove c’è l’influenza di molti fattori genetici e ambientali insieme. Insomma, questo registro accoglierebbe un po’ di tutto. D’altra parte, le aziende offrono i test più disparati, e sarebbe opportuno che questo registro contemplasse tutte le possibili opzioni.

 

Tag: , , , , , , ,

I genetisti europei contro i test fai-da-te

L’ennesimo attacco ai test genetici venduti online arriva dall’Olanda. Al congresso annuale della Società Europea di Genetica Umana, in corso ad Amsterdam, un gruppo di ricercatori olandesi ha presentato i risultati di uno studio che dimostrerebbe l’inefficacia dei test genetici fai-da-te. Un sondaggio presentato sempre allo stesso congresso, invece, ha rivelato che il 63% dei genetisti clinici europei vorrebbe bandire del tutto i test su scala genomica offerti in modalità direct-to-consumer (DTC), come quelli di 23andMe. I due studi non sono ancora stati pubblicati, ma soltanto presentati a un convegno, perciò per capire di che si tratta dobbiamo accontentarci degli abstract (1 e 2) e di un comunicato stampa, ripreso in Italia da Wired e Le Scienze.


I test fai-da-te sono inutili

Nel primo studio, condotto dai ricercatori della Erasmus University di Rotterdam, sono stati simulati i genomi di 100mila persone. Questi genomi “virtuali” sono stati successivamente analizzati con gli algoritmi normalmente impiegati dalle due principali aziende DTC: 23andMe e deCODEme. In particolare, è stato calcolato il rischio di sviluppare 8 malattie multifattoriali: degenerazione maculare legata all’età, fibrillazione atriale, celiachia, morbo di Crohn, infarto, cancro alla prostata, diabete di tipo I e diabete di tipo II.

Cecile Janssens, una degli autori, ha notato che:

Per alcune malattie i test indicano una probabilità aumentata di sviluppare una certa malattia che non è statisticamente significativa: per esempio per le persone suscettibili al diabete di tipo 2 il rischio è risultato del 32%, mentre per gli altri (le persone non suscettibili) il rischio è risultato del 22%, una differenza troppo bassa per essere rilevante. Inoltre, le due aziende davano spesso risultati discordanti per lo stesso individuo.

Sempre la Janssens sottolinea il fatto che:

Nei loro calcoli, questi test non tengono conto dei fattori di rischio ambientali, come stile di vita, fumo e dieta. Questi fattori, in molti casi, hanno un impatto maggiore sul rischio di ammalarsi, rispetto ai fattori genetici.

Rachel Kalf, un’altra ricercatrice coinvolta nello studio, rincara la dose:

Per cinque malattie, deCODEme ha predetto dei rischi superiori al 100%, il che suggerisce che queste persone svilupperanno sicuramente la malattia.

Su quest’ultimo punto mi astengo dal dare un giudizio, mi limito a dire che questo risultato mi pare molto strano: il CEO di deCODEme è Kari Stefansson, un esperto di fama internazionale nel campo della genetica. Mi sembra difficile che uno come lui utilizzi modelli che possono produrre percentuali di rischio così assurde. Lo stesso Stefansson, in effetti, si è affrettato a replicare al Guardian dicendo che deCODEme non dà mai percentuali di rischio superiori al 90%. Per quanto riguarda invece l’inutilità dei test, l’inconsistenza dei risultati tra le due aziende, e la scarsa considerazione dei fattori ambientali, devo dire che nessuna di queste tre scoperte è nuova. Da tempo ripeto che nei tratti complessi (come le malattie multifattoriali) i geni spostano di pochissimo l’asticella del rischio, almeno in base alle conoscenze scientifiche attuali. Sul fatto che le aziende calcolino fattori di rischio diversi per lo stesso individuo, questo accade perché utilizzano modelli differenti: poiché nessun modello di calcolo è universalmente riconosciuto come quello giusto, ogni compagnia utilizza quello che ritiene più accurato. Per quanto riguarda i fattori ambientali, beh, tutti sappiamo quanto sono importanti, anche le stesse aziende DTC: 23andMe, ad esempio, indica per ogni malattia quanto pesano i geni e quanto pesa l’ambiente.


I test fai-da-te devono essere banditi

Il secondo studio è un sondaggio realizzato da Pascal Borry e Heidi Howard dell’Università di Leuven, in Belgio. I due hanno contattato gli istituti clinici europei dove viene offerto un servizio di consulenza genetica ai pazienti, intervistando più di 100 genetisti. Molti di loro chiedono di abolire i test genetici prenatali fai-da-te (69%), i test DTC su scala genomica (63%), quelli che riguardano le prestazioni atletiche (54%) e i test preconcezionali per lo stato di portatore (53%). Una buona parte vorrebbe addirittura abolire i test genetici per la genealogia (27%).

I medici intervistati hanno anche fornito le motivazioni alla base delle loro risposte. Eccone un paio:

Una persona che si sottopone a un test genetico deve essere accompagnata – spiegazioni, aiuto, il diritto di scegliere se sapere oppure no – e questo non vale nel caso dei test genetici fai-da-te.

I test genome-wide sono totalmente inaccettabili, in quanto si possono ottenere informazioni sensibili a proposito di condizioni mediche rilevanti e forniscono inoltre un sacco di informazioni difficili da interpretare, persino per i medici.


Che dire? Sono consapevole dei limiti dei test genetici fai-da-te, e cerco ogni giorno con questo blog di far capire ai miei lettori che questi test non danno certezze. Il rischio di ammalarsi di una malattia complessa dipende da geni e da fattori ambientali, e sia per gli uni che per gli altri le informazioni che abbiamo non sono mai conclusive, sono sempre in divenire. La ricerca va avanti, a volte persino contraddicendo se stessa: la percentuale di rischio calcolata dalle aziende DTC non è immutabile, cambia ogni volta che viene pubblicato un nuovo studio. I limiti dei test genetici sono dunque ben noti, non mi stupisce né mi infastidisce che qualcuno, ancora una volta, li evidenzi. Ciò che mi fa arrabbiare è che la critica non è mai costruttiva, ma sempre e solo distruttiva: “Bandite i test genetici fai-da-te!” è l’unica cosa che questi esperti sanno dire. Io parto da due presupposti: il primo è che le persone hanno il diritto di conoscere il proprio genoma, se lo vogliono; il secondo è che, a quanto pare, molte persone vogliono metterlo in pratica, questo diritto. Non tenere in considerazione queste due cose è scorretto, paternalistico e anacronistico.

Ciò che si può fare è migliorare il modo in cui i risultati di un test genetico, pur parziali e provvisori, vengono forniti a chi ne fa richiesta, in modo da massimizzare l’informazione che se ne può ricavare. Secondo me, bisogna migliorare questi test, non abolirli. Non sono d’accordo con Daniel MacArthur, che sostiene che le aziende DTC stiano già facendo il massimo e non possono essere criticate per questo. Io ritengo che invece si può sempre fare di meglio, a cominciare dalla comunicazione dei risultati, che può e deve essere resa più chiara e trasparente. Certo, gli oppositori della genetica fai-da-te diranno che il modo migliore per trasmettere questi risultati è attraverso l’intermediazione di un professionista. Benissimo, sono d’accordo, purché questo professionista ne sappia di più della persona che fa il test. Purtroppo – mi dispiace deludervi – professionisti di questo livello sono rarissimi. Non lo sono i medici, dal momento che loro stessi ammettono di essere incapaci di interpretare i test genome-wide: “I test genome-wide sono totalmente inaccettabili, in quanto si possono ottenere informazioni sensibili a proposito di condizioni mediche rilevanti e forniscono inoltre un sacco di informazioni difficili da interpretare, persino per i medici.” Aspettate, mi sfugge qualcosa: i medici non sanno interpretare le informazioni di un test genetico genome-wide? E allora perché pretendono di controllare il settore dei test genetici?

Non mi pare proprio che questi medici abbiano a cuore i loro pazienti. Riconoscono le proprie lacune in ambito genetico, e tuttavia esigono che le persone si rivolgano a loro (e a loro soltanto) per discutere i risultati di un test. Non so voi, ma a me sembra un comportamento arrogante e irresponsabile. Se vogliamo che le persone traggano il maggior beneficio possibile dalla genetica, occorre che le aziende e i medici trovino un punto di incontro, e studino insieme la strada migliore per ottenere questo risultato. Impuntarsi sulle proprie posizioni senza sforzarsi di migliorare le cose non aiuta di certo i pazienti.

Altri link:

 
4 commenti

Pubblicato da su 1 giugno 2011 in Business, Genetica personale, Medicina, Salute, Scienza

 

Tag: , , , , , , , , ,

Aziende di genomica in Italia – Genomnia (Milano)

A giudicare dalle visite che il blog riceve da quando ho avuto l’idea di intervistare le aziende di genomica italiane, sembrerebbe che ci sia molto interesse verso le piccole realtà imprenditoriali che coraggiosamente hanno deciso di offrire, sul nostro territorio, prodotti ad altissimo contenuto tecnologico. Oggi parliamo di un’azienda con sede a Lainate, in provincia di Milano, fondata nell’Ottobre 2008. Genomnia, per i suoi servizi, ha deciso di puntare forte su una sola tecnologia di sequenziamento, il SOLiD della Applied Biosystems. Ci spiega le ragioni alla base di questa scelta la dottoressa Anna Moles, direttore scientifico dell’azienda, che ci racconta anche le prospettive future di Genomnia e, più in generale, il suo punto di vista sulla genomica.

Tra le tre principali piattaforme di sequenziamento di seconda generazione, voi di Genomnia avete scelto SOLiD della Applied Biosystems. Cosa c’è alla base della vostra scelta? Che cosa offre in più SOLiD rispetto alle altre tecnologie?
La nostra azienda è collegata ad un gruppo più grande, abmedica, che opera nel settore dei dispositivi medici e della chirurgia robotica. Per queste ragioni il nostro mercato di riferimento “naturale” è o meglio sarà quello della diagnostica avanzata. Il SOLiD ha delle peculiarità che rendono questa piattaforma particolarmente accurata e quindi utile per, ma non solo, la scoperta e l’individuazione di mutazioni del codice genetico. Questa piattaforma infatti è l’unica ad utilizzare un sistema di sequenziamento, basato sulla ligasi, grazie al quale ogni base viene interrogata 2 volte “componendo” la sequenza in un codice colore grazie al quale è più semplice differenziare gli errori di sequenziamento dalle vere e proprie variazioni nella sequenza del DNA.

La vostra azienda offre servizi di vario genere, dal risequenziamento genomico al ChIP sequencing. Qual è l’applicazione che al momento è più richiesta? E chi è il vostro cliente tipo?
Le applicazioni più richieste al momento sono l’analisi dell’esoma intero dell’uomo, cioè di tutte le regioni codificanti, ed il ChIP sequencing per identificazione di regioni bersaglio delle più comuni modificazioni istoniche ma anche per i fattori o cofattori di trascrizione. I nostri clienti sono generalmente ricercatori di ottimo livello internazionale, italiani o di istituzioni estere in tutti i settori biomedici di punta, oncologia, cardiologia, neuroscienze, oftalmologia, cellule staminali e medicina riproduttiva e rigenerativa.

Oltre ad offrire servizi, siete anche disponibili per collaborazioni scientifiche. Quali sono stati i progetti di ricerca più interessanti a cui avete partecipato?
I progetti a cui abbiamo collaborato sono tutti molto interessanti, alcuni sono in fase di conclusione e pubblicazione. In particolare abbiamo un progetto con l’Istituto Pasteur di Parigi sulla scoperta di meccanismi di infertilità nell’uomo, un progetto con l’INT per l’analisi del trascrittoma in cellule tumorali a partire da quantità molto ridotte di RNA. Inoltre abbiamo recentemente ottenuto un finanziamento dal Ministero della Salute per un progetto in collaborazione con l’IDI ed il Centro Cardiologico Monzino, in cui ci si prefigge di sviluppare una strategia di manipolazione dei microRNA volta ad aumentare le potenzialità rigenerativa delle cellule mesenchimali cardiache per il trattamento del miocardio infartuato, ed uno in collaborazione con Mysui, Università di Tor Vergata e Istituto di Neuroscienze del CNR sui meccanismi molecolari che rendono la restrizione calorica uno dei trattamenti anti-invecchiamento più potenti sino ad ora scoperti.

Molti ritengono che sia l’analisi bioinformatica dei dati il collo di bottiglia del sequenziamento di nuova generazione. Nel vostro caso qual è la difficoltà principale nelle vostre attività, la fase di lavoro che vi impegna per più tempo?
Certamente l’analisi bioinformatica è un processo impegnativo e che richiede molto tempo e spesso uno scambio costante di informazioni e di idee con i ricercatori coinvolti nell’esperimento, non è un lavoro “meccanico”, bisogna prevedere per l’analisi bioinformatica lo stesso tempo dedicato alla parte biologica. La costruzione delle librerie da sequenziare è ancora un processo che richiede molto tempo manuale e quindi abbastanza lungo, anche se si sta andando in direzione di un’automatizzazione necessaria per effettuare progetti su larga scala.

Leggendo il vostro organigramma sul sito di Genomnia, sembra che abbiate solo quattro persone che si occupano direttamente dell’attività di ricerca. Pensate di acquisire nuovo personale nei prossimi mesi o preferite restare una piccola realtà?
Siamo pochi, ma il livello dello staff è veramente eccellente! Sì, abbiamo in programma di assumere un tecnico di laboratorio ed un nuovo bioinformatico.

Quando fu sequenziato il genoma umano, molti si aspettavano che la medicina e la società in genere sarebbero state rivoluzionate da questa grande conquista della scienza. Invece, a distanza di dieci anni, le cure personalizzate sul proprio codice genetico non si sono ancora affermate. Qual è la ragione principale, secondo lei?
Il completamento del sequenziamento del genoma umano nel 2000 ha in effetti alimentato molte speranze sia in termini di medicina personalizzata, secondo la quale le terapie potessero essere “disegnate” sul paziente, che di crescita economica legata all’ipotetica crescita delle biotech che avrebbero potuto beneficiare di questa scoperta, ma ha anche suscitato moltissime preoccupazioni legate all’uso non etico che si sarebbe potuto fare delle informazioni codificate nel DNA. A tutto questo clamore è seguito un periodo di grande calma. Chi lavora in questo settore conosce l’importanza del progetto genoma umano, senza il quale non sarebbe possibile per migliaia di ricercatori studiare la complessità del genoma e dei meccansmi che regolano l’espressione dei geni, e capire che ciascun genoma è così diverso che bisogna studiarne tanti per poter associare, ad esempio, variazioni della sequenza dei geni alle malattie.

Recentemente, Steven Salzberg dell’Università del Maryland ha messo online un software open source di sua creazione che consente di analizzare il proprio genoma dal computer di casa, al fine di identificare varianti genetiche che possano predisporre ad alcune malattie, e tutto questo senza l’intervento di un medico. Lei cosa pensa della genetica fai-da-te?
E’ una domanda complessa, che comporta una serie di valutazioni che coinvolgono sia aspetti scientifici che etico-legali che sociologici. Non sono in linea di massima contraria alla possibilità che un consumatore possa richiedere di conoscere se sia portatore di variazioni genetiche collegate al rischio di sviluppare determinate patologie, e non sono contraria per varie ragioni, una è che bisognerebbe garantire la libertà di poter essere informati sul proprio stato di salute e le proprie prospettive future ed eventualmente poter scegliere stili di vita più adeguati alle proprie predisposizioni genetiche o intraprendere comportamenti, anche drastici, che possano ridurre le conseguenze di queste mutazioni (si pensi alle mutazioni del gene BRCA1 ed il rischio di cancro al seno e alla scelta di molte donne di sottoporsi addirittura alla mastectomia preventiva). Il problema è la qualità delle informazioni che vengono fornite e della scienza su cui poggiano, e di garantire un counseling successivo ai pazienti portatori di variazioni del codice cenetico potenzialmente fatali (si pensi alla Corea di Huntington).

In un sondaggio, ho chiesto ai lettori del blog quanto sarebbero disposti a spendere per sequenziare il proprio genoma. Secondo lei, con la conoscenza del DNA che abbiamo attualmente, quanto vale realmente un genoma sequenziato? Quanto può essere utile conoscere il proprio codice genetico?
Il tipo e l’utilità di informazioni che può fornirci un genoma intero oggi in termini diagnostici, pagando un prezzo nell’ordine delle decine di migliaia di euro, si possono ottenere utilizzando metodi più economici, come il sequenziamento dell’esoma, cioè delle regioni codificanti. C’è ancora una grande quantità di lavoro da effettuare per capire il significato di mutazioni in regioni non codificanti, ma con un ruolo importantissimo.

Ringraziando la dott.ssa Moles, vi ricordo che il mio blog è disponibile ad accogliere nuovi interventi da parte di aziende italiane. Se siete interessati, non dovete far altro che scrivermi una mail! Se deciderete di acquistare i servizi di Genomnia ricordatevi di citare myGenomiX: sarà uno stimolo per continuare a curare il blog con sempre maggiore impegno e dedizione.

 

Tag: , , , , , , , , , , , , ,

Test genetici – Frequently Asked Questions (FAQ)

Su internet ci sono moltissimi siti che offrono test genetici di vario genere. Come faccio a capire se si tratta di siti affidabili?
Innanzitutto, dobbiamo liberarci dal preconcetto secondo cui i siti che vendono test genetici online siano gestiti tutti da imbroglioni. Tuttavia, chi non fa le cose seriamente c’è, eccome. Per riconoscere questi truffatori, io credo che un buon criterio sia la trasparenza: se il sito dichiara esattamente quali sono i geni testati, e fa riferimento alla letteratura scientifica che supporta la scelta di quei geni, è segno di affidabilità. Se non lo dichiara, contattateli via mail per chiedere maggiori informazioni. Poco importa se le vostre conoscenze non vi permettono di giudicare il pannello di geni testato o la rilevanza degli articoli scientifici citati: già il solo fatto che il sito sia trasparente significa che non ha nulla da nascondere. Se poi volete approfondire la questione per essere più sicuri nella scelta, contattate un esperto o chiedete consiglio al vostro medico. Un altro criterio importante per chi vende test genetici è, oltre alla trasparenza, il realismo: diffidate da chi fa promesse esagerate e da chi offre elisir di lunga vita basati sul codice genetico. Le nostre conoscenze sul genoma sono ancora troppo limitate per poter fare annunci e proclami di questa portata: se li fanno, non fidatevi.

Quali tipi di test genetici si possono trovare su internet?
I test in vendita online possono essere classificati, a grandi linee, in tre categorie: i test di genealogia genetica, i test cosiddetti ricreativi e i test relativi alla salute.

A cosa servono i test di genealogia genetica e quanto costano?
La genealogia genetica è l’evoluzione della genealogia tradizionale, che consente di ricostruire la storia della propria famiglia. Un test di genealogia genetica permette di analizzare il proprio DNA per scoprire parenti lontani sulla base della somiglianza del codice genetico. E’ anche possibile avere un’idea delle zone del mondo da cui provenivano i nostri antenati, e – con un po’ di fortuna – scoprire di essere imparentati con qualche celebre personaggio del passato. Molti siti offrono questo genere di servizio, i più noti sono 23andMe (399 $) e Family Tree DNA (da 169 $ a 837 $ a seconda del tipo di prodotto acquistato).

A cosa servono i test ricreativi e quanto costano?
In questa categoria rientrano moltissimi test genetici che non hanno a che fare direttamente con la nostra salute. E’ la categoria in cui è più facile trovare operatori poco onesti, che offrono test sul DNA in grado di predire cose inesistenti: state all’occhio quindi! La 23andMe offre nel suo pacchetto sulla salute (429 $) anche alcuni test ricreativi, che consentono di scoprire le basi genetiche alla base di alcuni tratti del nostro fisico e, più raramente, del nostro carattere: sensibilità al gusto dell’amaro, colore di occhi e capelli, lentiggini, memoria e altro ancora.

A cosa servono i test sulla salute e quanto costano?
Questo gruppo contiene test molto diversi tra loro. I principali sono i test di nutrigenetica, i test di farmacogenomica, i test per lo stato di portatore e i test predittivi. I test di nutrigenetica cominciano a essere abbastanza diffusi anche qui in Italia, e offrono la possibilità di personalizzare il proprio regime alimentare e il proprio stile di vita adattandoli al profilo genetico: questi test (NutriGene, Vitalybra, g&life ecc) hanno un range di prezzi che va dai 200 ai 700 euro, a seconda dei servizi offerti. I test di farmacogenomica sono quei test che dovrebbero consentirci di conoscere la nostra dose ottimale per alcune categorie di farmaci: la stessa quantità potrebbe infatti essere insufficiente per una persona e tossica per un’altra, a seconda dei geni. I test per lo stato di portatore si occupano delle malattie recessive ereditarie, come l’anemia mediterranea e la fibrosi cistica. Questo tipo di analisi viene fatta spesso sulle coppie che desiderano avere un figlio, al fine di scongiurare la possibilità che questo abbia la malattia ereditando un allele “difettoso” dalla madre e uno dal padre. I test predittivi, infine, sono basati su studi di associazione genome-wide in cui i genomi di grandi gruppi di persone malate vengono confrontati con quelli di individui sani, con lo scopo di evidenziare varianti puntiformi (SNP) presenti con maggior frequenza nel gruppo malato, e quindi potenzialmente associati alla patologia. Sono queste le varianti che questi test cercano, ma se siano davvero efficaci nella predizione oppure no, è ancora oggetto di discussione. Il pacchetto Health Edition della 23andMe (429 $) comprende praticamente tutti questi test, ad eccezione di alcuni geni legati alla nutrizione, che non vengono considerati perché non sono legati a SNP, ma ad altri tipi di varianti (inserzioni, delezioni).

I test genetici predittivi funzionano? E se non funzionano, perché dovrei farli?
Questi test hanno dei grossi limiti, è inutile nasconderlo. Le varianti esaminate sono state scelte perché precedenti studi scientifici le hanno viste sovrarappresentate negli individui con una certa malattia, quindi in molti casi si tratta di una pura associazione statistica: spesso non sappiamo perché, a livello molecolare, quella specifica variante dovrebbe contribuire all’insorgenza di una patologia. Per di più, la ricerca genomica è in continua evoluzione, perciò la stessa variante genetica che oggi sembra avere un effetto nullo, un domani potrebbe rivelarsi determinante. C’è inoltre il discorso etnico: non è detto che uno SNP produca lo stesso effetto in un europeo e in un asiatico, perché questo effetto può essere modulato dal contesto genomico, che a sua volta dipende dalla popolazione in esame. Infine, benché la genomica personale sia un passo avanti che ci avvicina alla medicina personalizzata, non ci sono ancora molte strategie preventive personalizzate sul profilo genetico, sicuramente non più personalizzate di quanto non siano quelle tradizionali basate sulla storia familiare di una malattia. Tutti questi fattori limitano l’utiltà effettiva dei test predittivi, almeno in molti casi: è importante essere consapevoli di questi limiti. Tuttavia, rappresentano comunque un modo per conoscere le debolezze e i punti di forza del nostro codice genetico, e permettono quindi di ipotizzare dei piccoli cambiamenti di stile di vita da concordare con un professionista. Sono inoltre un buon allenamento per prepararsi al momento (si spera vicino) in cui la genetica potrà davvero essere predittiva della nostra salute.

Che cosa significa direct-to-consumer (DTC)?
DTC è una sigla che indica una modalità di vendita di un test genetico che non presuppone l’intermediazione di un medico o di un consulente genetico: l’utente acquista il servizio su internet, riceve un kit per la raccolta del DNA da rispedire al mittente e, successivamente, riceve i risultati del test con le relative interpretazioni. Naturalmente, i test genetici direct-to-consumer non sono adatti a tutti: per affrontarli serenamente occorre essere consapevoli dei loro limiti, avere delle nozioni di base di genetica e non essere una persona psicologicamente fragile. Se pensate di non avere queste caratteristiche, la genetica fai-da-te non fa al caso vostro.

Che differenza c’è tra genotipizzazione e sequenziamento del genoma?
La genotipizzazione è la tecnica usata per tutti i test discussi in precedenza, e consiste nel rilevare quale variante genetica si possiede in precise posizioni del genoma: generalmente si tratta di cambiamenti di una sola lettera del codice (SNP), ma si possono individuare anche altri tipi di variazioni come le piccole inserzioni o delezioni. Il sequenziamento del genoma, invece, è la lettura completa di tutto il codice genetico. I vantaggi di sequenziare interamente un genoma sono, tra gli altri, il fatto di doverlo fare una sola volta nella vita e la possibilità di scoprire alterazioni particolari del codice che sfuggono alla genotipizzazione. Tuttavia, il prezzo del sequenziamento di un genoma (poco meno di 20mila dollari), benché in continua discesa, è ancora troppo alto per le informazioni utili che ci possiamo ricavare. In futuro approfondiremo le nostre conoscenze sul DNA e le cose cambieranno, ma per il momento non vale la pena – secondo me – spendere tutti quei soldi.

Nel DNA c’è scritto il nostro destino?
Assolutamente no. A parte rare eccezioni, le malattie non hanno mai una sola causa genetica: molti geni contribuiscono a determinare la suscettibilità a una patologia, e nella maggior parte dei casi questi geni non li conosciamo nemmeno tutti. Inoltre, anche conoscendo tutti i fattori genetici dal primo all’ultimo, c’è sempre la componente ambientale che ha un’enorme importanza. A seconda del nostro stile di vita, della nostra dieta, del posto in cui viviamo e delle nostre esperienze, questi fattori genetici possono essere attivati o silenziati. I geni caricano la pistola, ma è l’ambiente che preme il grilletto.

 
8 commenti

Pubblicato da su 1 novembre 2010 in Educational, Genetica personale, Medicina, Salute

 

Tag: , , , , , , , , , , , , , ,

Steven Salzberg, il paladino della genetica open source

Nel 2005, uno studio rivelò che 4382 geni umani (circa il 20% del totale) erano coperti da brevetti. Se un medico avesse voluto eseguire un esame diagnostico per cercare mutazioni dannose in uno specifico gene, avrebbe dovuto acquistare l’apposita licenza dall’azienda che deteneva i diritti. Una pratica discutibile, dal momento che il nostro genoma appartiene per definizione alla specie umana nel suo complesso. Sembra però che le cose stiano cambiando.

Lo sa bene la Myriad Genetics che nel Marzo di quest’anno si è vista annullare da una corte federale americana sette dei suoi brevetti su due geni (BRCA1 e BRCA2) associati al cancro al seno e alle ovaie. L’azienda di Salt Lake City non è rimasta a guardare: detiene ancora altri 16 brevetti relativi relativi a questi due geni, e sta facendo ricorso contro la prima sentenza.

Per la Myriad, però, i problemi non sono ancora finiti, anzi, forse sono appena iniziati. Pochi giorni fa, il professor Steven Salzberg dell’Università del Maryland ha infatti messo in rete un software open source che entrerebbe in diretta competizione con il test commerciale sviluppato dall’azienda. Il programma, presentato sulla rivista Genome Biology e scaricabile liberamente da internet, è stato scritto in Perl ed è in grado di riconoscere 68 mutazioni dannose nei geni BRCA1 e BRCA2 in poche ore di calcolo. L’unico dato richiesto in ingresso sono le sequenze grezze generate dal sequenziamento di un genoma umano, senza che sia neppure necessario assemblarle. Oggi sequenziare un genoma costa poco meno di 20mila dollari, ma il prezzo è destinato a scendere rapidamente e presto sarà alla portata di tutti: sicuramente arriveremo a un punto in cui sarà più conveniente sequenziare completamente il nostro genoma per analizzarlo col software di Salzberg, che non pagare i 3000 dollari richiesti dalla Myriad Genetics per testare soltanto i geni BRCA.

Il software di Salzberg è veloce e soprattutto estremamente flessibile. Qualsiasi programmatore potrebbe integrare nel codice altri geni oltre ai due attualmente implementati, e utilizzarlo quindi per testare moltissime mutazioni diverse associate a più patologie. Nell’articolo si legge che l’algoritmo, messo alla prova su tre genomi appartenenti a un Africano, un Asiatico e una donna di etnia Caucasica, ha eseguito gli allineamenti necessari in un massimo di 8 ore, utilizzando un unico processore da 2.4 GHz, ed è stata individuata una sola mutazione, in eterozigosi, sulla donna Caucasica. Si trattava semplicemente di una prova, che però dimostra la fattibilità delle analisi genetiche fai-da-te. Il professor Salzberg ha dichiarato a Nature che nel giro di 10 anni ognuno avrà il proprio genoma memorizzato su una chiavetta USB, e quando questo accadrà esisteranno dei software open source che consentiranno di analizzare il DNA alla ricerca di centinaia di mutazioni diverse. L’analisi potrà essere eseguita sul computer di casa, e ripetuta ogni volta che verrà fatta una nuova scoperta scientifica. Con buona pace della Myriad Genetics e dei suoi brevetti.

Salzberg SL et al. “Do-it-yourself genetic testing” Genome Biology 2010, 11:404

 
2 commenti

Pubblicato da su 15 ottobre 2010 in Genetica personale, Medicina, Salute, Tecnologia

 

Tag: , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,

I test genetici non sono tutti uguali: servono regole diversificate

Chi ha letto il mio blog negli ultimi mesi sa che i test genetici, che da noi sono ancora quasi una curiosità, negli Stati Uniti sono invece un vero e proprio business, con diverse aziende coinvolte e un gran numero di appassionati. I miei lettori sapranno anche che recentemente le società americane che propongono test direct-to-consumer (DTC) hanno subito durissimi attacchi, in quanto accusate di vendere un servizio che non è di nessuna utilità per la tutela della salute e che, semmai, può perfino essere pericoloso. L’indagine condotta dal GAO lo scorso luglio ha smascherato soggetti che operano in modo poco pulito nel settore, assolutamente incuranti dell’etica professionale che dovrebbe essere garantita quando si ha a che fare con la salute delle persone. Benché i sostenitori più estremisti della genomica personale difendano ancora a spada tratta le aziende di personal genomics, a molti (me compreso) sembra opportuno adottare norme più stringenti per la vendita di test direttamente al consumatore. Il problema è: come si può regolamentare, senza farla morire, una giovane industria che potrebbe rivoluzionare, e in meglio, la cura della salute umana nel prossimo futuro?

Numerosissimi gli esperti del settore che hanno espresso le proprie opinioni: qualcuno si è schierato apertamente contro la genetica fai-da-te, sottolineando l’importanza dell’intermediazione di un medico, mentre altri hanno sostenuto con determinazione la tesi secondo cui il cittadino ha diritto di conoscere quello che c’è scritto nel proprio DNA, e nessun filtro deve essere posto a quello che è un diritto fondamentale. Anche io ho proposto le mie personali linee guida su come andrebbero regolamentati questi test, e visto l’articolo pubblicato da McGuire et al. sull’ultimo numero di Science, posso con un pizzico di orgoglio dichiarare che non sono solo a pensare che le regole debbano essere diversificate a seconda del test, ma che anzi questo punto di vista è condiviso da illustri scienziati.

Non tutti i test genetici sono uguali. Anche un bambino può capire che c’è differenza tra un test che ti dice a quale etnia appartenevano i tuoi antenati e uno che ti rivela di essere geneticamente predisposto per ammalarti di un male incurabile. I pacchetti offerti dalla 23andMe comprendono test di varia natura, che coprono tutto questo range di sfumature e che devono essere regolamentati in modo diverso. Secondo gli autori dell’articolo, soltanto i test genetici ad alto rischio dovrebbero passare attraverso un processo di revisione severo da parte della Food and Drug Administration: è il caso di quei test che non hanno una chiara validità o utilità clinica, e che però potrebbero portare il paziente ad alterare il proprio stile di vita o a fare scelte precise riguardo alle cure da seguire. In questo caso si parla di rischio di danno iatrogeno, cioè provocato da un trattamento medico, e non va sottovalutato: ogni farmaco ha infatti i suoi effetti collaterali e la scelta della dose o della tipologia di un medicinale non dovrebbe essere lasciata al risultato di un test genetico di dubbia validità. Ci sono però altri tipi di test che non necessitano di norme così rigide, e a questi dovrebbe essere consentito l’ingresso sul mercato, aumentando semmai il monitoraggio successivo (il cosiddetto follow-up), volto a determinare in itinere il rapporto danni/benefici dello specifico test genetico.

Per quanto riguarda la consulenza genetica, anche qui è opportuna una diversificazione: dovrebbe essere obbligatoria nel caso di test ad alto rischio con possibili conseguenze psicologiche nel paziente, ma facoltativa in tutti gli altri. Coinvolgere un medico per test innocui, come quello per lo starnuto da riflesso fotico, sarebbe inutile e controproducente, in quanto allontanerebbe la gente dai test genetici senza un valido motivo. Un altro punto importante esposto dagli autori è la necessità di collaborare a livello internazionale per la stesura di regole condivise. Siamo nell’era di internet, dove chiunque in qualsiasi parte del mondo può acquistare un test genetico in rete e farselo recapitare a casa: i confini nazionali sono ormai un’illusione, e una regolamentazione sovranazionale è l’unica in grado di garantire una vera tutela del consumatore.

McGuire AL et al. “Regulating Direct-to-Consumer Personal Genome Testing” Science 2010, 330: 181-182.

 
Lascia un commento

Pubblicato da su 11 ottobre 2010 in Business, Genetica personale, Medicina, Salute

 

Tag: , , , , , , , , ,

 
%d blogger cliccano Mi Piace per questo: