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Archivi tag: test genetici direct-to-consumer

Buoni o cattivi?

Accade ormai con una certa frequenza: si parla (e male) di test genetici fai-da-te. Le ultime critiche arrivano dal Journal of Science Communication, che dedica una serie di articoli a questa tematica.

Chi mi legge da un po’ sa qual è la mia posizione in merito alla questione. C’è un dato di fatto: sempre più persone si interessano alla genetica per migliorare la propria salute, si informano attivamente su internet e cercano di arrivare là dove nemmeno il proprio medico di famiglia riesce. Sì, perché i professionisti del settore sanitario ammettono dichiaratamente di non avere le competenze per affrontare questi pazienti sempre più informati, soprattutto quando si parla di informazioni genetiche. Esiste quindi un bisogno insoddisfatto. Ed ecco che le aziende private cercano di soddisfarlo, è la legge della domanda e dell’offerta! Questo spiega il proliferare dei test genetici direct-to-consumer (DTC): alcuni sono delle vere e proprie truffe, altri sono test scientificamente validi e utili. Problema: come distinguere tra i due?

Innanzitutto devono esserci dei fondamenti scientifici solidi alla base del test genetico, cosa che non è affatto semplice da valutare per il cliente medio. Una buona alternativa è quella di valutare il livello di trasparenza della società che vende il test: più informazioni danno, più si espongono ai critici. Quindi, se trovate ad esempio un’azienda che riporta chiaramente sul proprio sito l’elenco dei geni testati, allora questa è già una buona indicazione di serietà. Un altro problema riguarda la comunicazione dei risultati. Io sono stato molto severo con 23andMe, ad esempio, perché possono e devono migliorare sotto questo aspetto. Il report con i risultati deve essere chiaro e comprensibile anche a chi non ha una formazione specifica, altrimenti il test non serve a nulla. Infine, raramente la genetica da sola dà tutte le risposte: integrare il dato genetico con informazioni su dieta e stile di vita è fondamentale per avere test realmente utili ed efficaci.

Credo sia scorretto trasmettere il messaggio che la modalità DTC sia sbagliata in sé, come se passare attraverso un medico fosse sempre e comunque la strada migliore. Purtroppo non è sempre vero, perché gli stessi medici ammettono di non sapere granché sull’argomento! Bisogna piuttosto invitare le aziende a offrire un servizio sempre migliore, e qui mi aggiungo a chi invoca una regolamentazione: non al fine di eliminare completamente il DTC, bensì per rimuovere dal mercato imbroglioni e truffatori. E intanto farei studiare i medici, così un giorno il DTC non sarà più l’unica strada percorribile, e potremo farci spiegare i risultati di un test anche dal nostro medico di famiglia.

 
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Pubblicato da su 14 ottobre 2011 in Business, Genetica personale, Salute

 

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GenoMIX #14 – Giugno 2011

Il mese di Giugno è iniziato con il congresso della Società Europea di Genetica Umana, dove alcuni ricercatori hanno attaccato la genomica DTC dicendo che i test venduti dalle principali compagnie (23andMe e deCODEme) sono sostanzialmente inutili, dal momento che spostano di poco l’asticella del rischio rispetto alla popolazione generale; i risultati sono inoltre incongruenti tra aziende diverse, e non vengono tenuti in considerazione i fattori ambientali. Sempre allo stesso congresso, un altro gruppo di ricerca ha presentato i risultati di un sondaggio, secondo i quali la classe medica europea vorrebbe abolire i test genetici direct-to-consumer. In realtà, né l’una né l’altra sono vere e proprie notizie: sono critiche già sentite più e più volte, non mi fanno più effetto e iniziano anche ad annoiarmi.

C’è stato poi l’allarme Escherichia coli, che ha visto protagonisti gli scienziati del BGI. I ricercatori cinesi hanno sequenziato a tempo record il genoma del batterio killer, condividendo i risultati con centinaia di persone sparse per il mondo attraverso Twitter. E grazie alla diffusione rapida delle informazioni, decine di ricercatori hanno iniziato ad analizzare i loro dati e a fornire di nuovi. Una bella dimostrazione di come i nuovi media possono accelerare la ricerca scientifica in momenti di emergenza come questo.

Benché fossi a Boston e non avessi molto tempo per navigare su internet o per aggiornare il blog, sono venuto comunque a conoscenza di una pubblicazione molto importante firmata da 23andMe. L’azienda californiana di personal genomics ha infatti fatto un sapiente uso dei dati genetici dei propri clienti per individuare nuove varianti associate al Parkinson: in uno studio condotto tutto sul web, i ricercatori hanno messo a confronto 3400 malati con 29000 controlli, scoprendo due SNP legati alla patologia. La bontà del metodo è testimoniata dal fatto che nello stesso lavoro sono state anche confermate venti varianti genetiche già note in precedenza.

 
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Pubblicato da su 30 giugno 2011 in GenoMIX

 

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23andMe gioca a rischiatutto: ecco i risultati per l’Alzheimer!

L’industria della genomica personale non sta vivendo un gran periodo, chi legge spesso il mio blog lo sa bene. C’è sempre più scetticismo verso i test genetici direct-to-consumer, e la Food and Drug Administration sta meditando seriamente di inasprire le norme che regolano questo settore, fino forse a eliminare del tutto questa modalità di vendita. In un clima del genere cosa fa 23andMe, che è l’azienda trainante di tutto il movimento DTC? Inserisce nel suo report la predizione del rischio di ammalarsi di Alzheimer, un caso unico nel panorama dei test genetici: il test del gene APOE ha infatti un elevato potere predittivo, ma la malattia che predice non è curabile.

Pochi giorni fa sono state pubblicate altre varianti genetiche che sembrano essere importanti nel morbo di Alzheimer, ma nessuna di esse ha il peso del gene APOE: chi ha la forma ε4 di questo gene in doppia copia ha un rischio di ammalarsi di 10-11 volte superiore alla media. Se ci fossero strategie preventive dimostrate scientificamente, questo test sarebbe utilissimo: invece, purtroppo, contro l’Alzheimer al momento non ci sono né cura né prevenzione. Ovviamente questo non toglie che una persona possa comunque voler conoscere il proprio livello di rischio, per motivi diversi; e d’altra parte i risultati del mio sondaggio sembrano indicare proprio questa tendenza (a proposito, siete ancora in tempo per votare).

Niente mi toglie dalla testa, però, che una mossa così azzardata da parte di 23andMe potrebbe avere effetti devastanti sull’intero settore: se per caso i risultati per l’Alzheimer non fossero presentati ai clienti nel modo corretto.. Apriti cielo: la FDA non avrebbe pietà. Staremo a vedere. Per il momento, se avete acquistato il pacchetto 23andMe di recente (quello che usa il chip v3), potete scoprire le vostre possibilità di ammalarvi di Alzheimer: per accedere al vostro risultato dovrete però accettare di aver letto tutta una serie di informazioni che vi vengono date per avvisarvi di ciò a cui andate incontro. In breve, questo è quello che 23andMe vi chiederà di sottoscrivere:

  • I fattori genetici possono influire in modo sostanziale sul rischio di ammalarsi di Alzheimer
  • Questa variante da sola non può predire con certezza se ti ammalerai oppure no
  • L’effetto di questa variante sul rischio di ammalarsi di Alzheimer è stato calcolato solo su individui di origine europea
  • Ci sono altri fattori che influiscono sul rischio di ammalarsi di Alzheimer
  • Questa informazione potrebbe avere implicazioni anche per i tuoi parenti

Dettaglio tecnico: gli SNP analizzati da 23andMe per il gene APOE sono rs429358 e rs7412. Il genotipo ε4/ε4, quello associato al rischio più elevato, ha CC in entrambi gli SNP ed è condiviso dall’1,7% della popolazione europea; il genotipo ε3/ε3 ha rispettivamente TT e CC, ed è il più frequente (63,9%). Per maggiori informazioni su come vengono assegnati i genotipi potete leggere la pagina dedicata sul sito di 23andMe.

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Pubblicato da su 15 aprile 2011 in Business, Genetica personale, Medicina, Salute

 

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GenoMIX #11 – Marzo 2011

Marzo è stato un mese da ricordare per la grande famiglia dei Primati, famiglia alla quale anche noi, come ben sapete, apparteniamo. Grazie al lavoro di un team internazionale pubblicato su PLoS Genetics, ora conosciamo con molta più precisione la storia evolutiva dell’ordine Primates, partendo dai lemuri volanti (che in realtà non sono né lemuri e neppure primati) fino ad arrivare a noi e ai nostri parenti più prossimi (bonobo e scimpanzé). Se scimmie & co. vi interessano, potete iniziare la vostra esplorazione partendo da questo articolo, corredato, tra l’altro, da bellissime foto.

Un albero filogenetico può dare indicazioni sulle relazioni di parentela tra le diverse specie, e ipotizzare la catena di eventi temporali che hanno portato alla nascita delle specie attuali. Non ci dirà mai, però, dove questi eventi sono avvenuti: l’uomo è nato in Africa, ma dove esattamente? Gli esperti hanno sempre visto l’Africa orientale come l’ipotesi più probabile, ma un lavoro pubblicato su PNAS sembra voler suggerire un’interessante alternativa. Analizzando il genoma di diverse tribù africane più o meno note, dei ricercatori americani sono giunti alla conclusione che la popolazione africana più antica vive attualmente nell’Africa meridionale, e che quindi la culla dell’umanità potrebbe essere proprio il Sudafrica.

Per quanto riguarda la genetica personale, spicca la notizia dell’incontro organizzato dalla Food and Drug Administration in cui si è discusso di test genetici direct-to-consumer. Secondo la commissione di medici interpellata dalla FDA, vendere test genetici senza l’intermediazione di un medico è dannoso per il paziente e la modalità DTC dovrebbe essere, se non abolita, almeno arginata. Nei miei due post (qui e qui) segnalo quello che a mio giudizio è il vero problema di tutta la questione, e cioè la mancanza di figure professionali capaci di spiegare i risultati di un test genetico genome-wide e di accompagnare il paziente nella scoperta del proprio DNA. Mentre la FDA riflette su quali regole dare a questo settore, i test genetici DTC sono ancora acquistabili su internet: qualcuno li ha provati, e ha espresso qui le proprie opinioni.

Image credit: Dyanna

 
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Pubblicato da su 31 marzo 2011 in GenoMIX

 

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Non leggete quel DNA

Internet ha cambiato il mondo in cui viviamo. Non basterebbero centinaia di volumi (o migliaia di pagine di Wikipedia, per restare in tema) per spiegare come la nostra società sia stata profondamente trasformata dal punto di vista economico, sociale, scientifico e tecnologico. C’è anche un altro aspetto della vita di tutti i giorni che grazie alla rete sta vivendo una rapida e inarrestabile evoluzione: è il rapporto tra medico e paziente. Basta una connessione a internet e un computer per avere accesso a quantità di informazioni di rilevanza medica un tempo inimmaginabili: non serve più una laurea in medicina per conoscere l’efficacia di un farmaco o i meccanismi alla base delle patologie, è sufficiente una ricerca ben fatta su Google ed ecco che si è letteralmente travolti da una valanga di informazioni.

Certo, come ogni navigatore sa, non tutti i siti web sono affidabili: chiunque, infatti, potrebbe aprire un blog e dare indicazioni spacciandosi per un luminare della medicina. E non sempre è facile distinguere l’informazione di qualità da quella scadente. Fortunatamente, esistono ormai diversi siti che godono di buona reputazione, curati da medici professionisti che nell’ottica dell’E-health cercano di relazionarsi con il paziente in modo moderno, sfruttando tutte le potenzialità del web 2.0. Negli Stati Uniti sono molto utilizzati MedScape e il sito della Mayo Clinic, mentre qui da noi ci sono diversi servizi di domande e risposte (Dica33, PagineMediche, Medicitalia) dove professionisti del sistema sanitario si mettono a disposizione dei pazienti offrendo consulenze gratuite. Ancora più estremo è il caso di Patients Like Me, una community dove i pazienti possono incontrare altre persone che soffrono dello stesso disturbo e discutere con loro dei sintomi e dell’efficacia delle cure. Si va inoltre verso una sempre maggiore informatizzazione: non conosco la situazione nelle altre regioni italiane, ma qui in Lombardia è ora possibile utilizzare la propria tessera sanitaria per accedere online ai referti medici e a tutti gli esami eseguiti. Stiamo diventando tutti empowered patients, come dicono gli americani. E spesso i pazienti “potenziati” sono più esperti del loro stesso medico, almeno per quanto riguarda la specifica malattia che li tocca da vicino. Non sempre tutto questo è ben visto dalla classe medica: dare più potere al paziente significa anche toglierne ai medici, e negli Stati Uniti comincia ad affiorare un po’ di malcontento, in particolare quando si parla di genetica.

La Food and Drug Administration ha da poco tenuto un meeting aperto al pubblico in cui si è discusso di test genetici direct-to-consumer (DTC). Si tratta dei test venduti direttamente ai clienti senza l’intermediazione di un medico: l’azienda leader in questo settore è la californiana 23andMe, ma le società attive sul mercato sono tantissime (l’ultima ad apparire è stata la Lumigenix). Secondo molti medici interrogati dalla FDA, questa modalità di vendita sarebbe pericolosa per il paziente, che si trova da solo ad affrontare il proprio DNA e le proprie predisposizioni genetiche. I rischi segnalati sono diversi, ma i principali sono un’ansia ingiustificata davanti a brutte notizie, oppure, nel caso contrario, un’eccessiva rassicurazione, che inviterebbe il paziente a non fare regolari esami di controllo. Non è stato sufficiente il recente studio condotto dallo Scripps Institute, dove si dimostra l’assenza di danni psicologici a lungo termine nei clienti delle aziende DTC: la FDA sembra aver scelto un approccio paternalistico, a difesa dei consumatori e, dicono i maliziosi, degli interessi della classe medica. Il problema grosso su cui si è sorvolato è però un altro: i medici di oggi non sono molto ferrati sulla genetica, o almeno non sulla genetica moderna, fatta di numeri e probabilità.

Le malattie comuni nella popolazione non dipendono da un singolo gene, ma da complesse interazioni tra più geni, oltre che dall’ambiente e dallo stile di vita. Identificare quali e quante varianti genetiche “dannose” si possiedono è relativamente semplice, ma capire come queste intervengano nel determinare il rischio complessivo di ammalarsi è ancora oggetto di discussione. Per massimizzare l’utilità di questi test sono necessarie figure professionali nuove, che conoscano la statistica, la genetica e la medicina, figure che purtroppo non esistono ancora. La strada più giusta da percorrere, ma anche la più difficile, sarebbe stata quella di riconoscere la necessità di queste competenze e fare in modo di crearle; la FDA sembra invece orientata a seguire la strada più semplice, che però non risolverà il problema. Se la presenza di un medico sarà resa obbligatoria per fare un test genetico, molto probabilmente assisteremo alla scomparsa di tutti quei test che i medici non sono in grado di interpretare. Sono sicuro che l’empowered patient non lo accetterebbe di buon grado: di fatto, non potrà più leggere liberamente quanto scritto nel proprio DNA, ma dovrà limitarsi a ciò che, secondo il proprio medico, sarà giusto e utile sapere. La Food and Drug Administration sta preparando per tutti noi una gabbia dorata, in cui vivremo ignoranti, ma sereni.

Fonte: M.Colaiacovo – Estropico Blog

Image Credit: Truthout.org

 
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Pubblicato da su 30 marzo 2011 in Business, Genetica personale, Medicina, Salute

 

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Medico sì, medico no? La FDA discute di test genetici

La scorsa settimana la Food and Drug Administration ha tenuto un meeting di due giorni, aperto al pubblico, in cui si è discusso di test genetici direct-to-consumer (DTC). L’incontro è l’ultimo grande evento di una lunga serie iniziata l’estate scorsa, quando la FDA inviò delle comunicazioni ufficiali alle principali aziende di genomica personale americane, dopo che una di esse (Pathway Genomics) aveva annunciato di voler vendere i propri kit nei supermercati. L’ente governativo che si occupa di regolamentare i prodotti alimentari e farmaceutici ha iniziato a minacciare regole più severe e restrittive per il commercio di test genetici DTC, una modalità di vendita che di fatto elimina la figura del medico e mette direttamente a contatto aziende e consumatori. A rincarare la dose ci ha pensato poi un report del Government Accountability Office, che ha messo in luce tutta una serie di difetti e mancanze delle compagnie coinvolte: da allora, queste ultime hanno dovuto difendersi da attacchi continui, molto spesso condotti senza un reale confronto e per semplice partito preso. Finalmente il confronto tanto atteso è arrivato: da una parte il Molecular and Clinical Genetics Panel, una commissione consultiva della FDA che si occupa di valutare i dispositivi utilizzati in medicina di laboratorio; dall’altra, i pezzi grossi delle aziende di personal genomics, con la californiana 23andMe in prima fila.

Chi si aspettava un dibattito equilibrato e ragionato è rimasto deluso: durante il primo giorno la commissione della FDA ha criticato su più punti il modello DTC, arrivando alla fine a giudicare insostituibile la figura del medico come intermediario tra il paziente e il suo DNA. In realtà, nemmeno i membri della commissione erano d’accordo tra loro su alcune questioni, ma il messaggio è passato comunque forte e chiaro: spetta al medico fare da tramite, e i consumatori non dovrebbero essere lasciati soli davanti al proprio codice genetico. Questo atteggiamento paternalistico nasce dalla paura che gli individui non siano in grado di interpretare i risultati di un test genetico senza l’aiuto di un professionista, e che possano addirittura ricevere gravi danni psicologici in caso di brutte notizie. A dire la verità, un recente studio condotto dallo Scripps Institute ha smentito questa tesi, ma evidentemente non è stato sufficiente per far cambiare idea alla commissione.

La seconda giornata del meeting ha visto una parziale rimonta dei sostenitori del DTC, grazie soprattutto a una speaker (Mary Pendergast) che ha strappato persino un applauso con la sua presentazione, in cui ha accusato il governo americano di un atteggiamento eccessivamente paternalistico tenuto fin dagli anni 60. Secondo la Pendergast, i medici potrebbero non essere guidati da un vero interesse nei confronti dei pazienti: chiedendo l’abolizione del sistema direct-to-consumer, di fatto i professionisti del sistema sanitario stanno togliendo soldi dalle tasche delle aziende di personal genomics per metterseli nelle proprie. Siamo davvero sicuri, insomma, che agiscano per proteggere i pazienti e non i propri interessi?

Al di là di questo, comunque, a mio avviso non si è sottolineato abbastanza un altro problema, che poi è quello più importante: quando si parla di genetica, il consumatore attivo e informato è spesso più competente del suo stesso medico. Ok, forse con le malattie a ereditarietà mendeliana (che dipendono cioè da un singolo gene) i nostri dottori ce la possono ancora fare, ma con i tratti complessi non c’è speranza. E la mia non è un’accusa alla classe medica, ma semplicemente la constatazione che quando la faccenda si fa troppo complessa la figura del medico tradizionale non basta più. Sono d’accordo con il blogger Razib Khan: quello che serve veramente sono dei professionisti preparati con una formazione ad hoc. C’è bisogno di gente che, oltre ad avere qualche nozione di medicina, sappia padroneggiare anche la statistica e la genetica. Persino delle competenze di tipo psicologico sono importanti quando si deve discutere con un paziente del suo rischio di ammalarsi di una grave malattia.

Il meeting organizzato dalla FDA è stato sicuramente utile per avere un primo confronto tra le parti, ma una regolamentazione intelligente potrà avvenire solo quando si inizierà a prendere la questione sul serio, e a capire che quello che stiamo vivendo non è banalmente una nuova declinazione della medicina tradizionale, ma qualcosa di completamente diverso e mai visto prima. La genetica moderna richiede competenze che tuttora mancano, e sarebbe il caso di iniziare a realizzarle o, almeno, a rendersi conto che sono indispensabili. Io non sono un sostenitore del direct-to-consumer, perché credo che un professionista saprebbe valorizzare meglio i risultati di un test genetico, fornendone l’interpretazione corretta e massimizzandone l’utilità effettiva per l’individuo. Tuttavia, ritengo che questo professionista non possa essere un medico, o almeno non i medici di oggi.

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Image credit: Newscom

 
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Pubblicato da su 16 marzo 2011 in Business, Genetica personale, Medicina, Salute

 

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Test genetici 23andMe: ecco i commenti di chi li ha provati

Ricordate l’offerta speciale di 23andMe di novembre? L’azienda californiana aveva messo in vendita il suo pacchetto di test genetici alla cifra superscontata di 99 dollari, e molti curiosi e appassionati di genetica (tra cui io) approfittarono della promozione. A fine gennaio sono comparsi sugli account dei clienti i primi risultati, che hanno entusiasmato sicuramente qualcuno di loro, preoccupato qualcun altro e lasciato indifferenti molti altri. Alcuni lettori del blog hanno accolto il mio invito e mi hanno inviato le loro opinioni a proposito dell’esperienza con 23andMe. Eccole qui, raccolte in questo post. Prima ci sono i giudizi e le impressioni di due addetti ai lavori che si occupano professionalmente di test genetici o comunque di genomica; più sotto, troverete invece i pensieri di due appassionati che hanno avuto un altro tipo di formazione. Trovo molto interessanti i commenti di ognuno di loro, perché danno una panoramica molto chiara di quelli che possono essere gli aspetti positivi e negativi di un test genetico direct-to-consumer, sotto molteplici punti di vista. A dopo per le conclusioni e le mie impressioni!

Keith Grimaldi, direttore scientifico di Eurogene e ideatore del test NutriGene

Come prima cosa, mi ha colpito il fatto che i risultati dei test genetici che ho fatto negli anni (circa 100 varianti) erano tutti in accordo tra loro e con quelli di 23andMe. Questo dimostra che la qualità del servizio di genotipizzazione dei diversi laboratori è di buon livello. Per quel che riguarda la genealogia, i miei risultati non sono stati molto eccitanti, come era lecito attendersi date le mie radici europee. Sembrano riflettere una divisione Nord-Sud che deriva dal fatto di avere una madre inglese e un padre per metà italiano.

L’aspetto più discusso del servizio è quello che riguarda la salute: è utile? Indurrà a cambiare stile di vita? O è troppo presto per fare questo genere di test per la salute? Inizialmente non ci feci molto caso: non sono rimasto deluso perché non avevo nessuna aspettativa. Posso capire che altri potrebbero rimanere delusi con dei risultati come i miei: essenzialmente ho un rischio più o meno nella media per tutte le principali malattie. Nessun risultato spicca in maniera particolare. Ma questo, d’altra parte, è ciò che ci si aspetta: nel caso delle malattie comuni, la maggior parte delle persone cadono attorno alla distribuzione media per quanto concerne il rischio di ammalarsi. Tuttavia, non credo che siano test inutili dal punto di vista clinico, per niente. Penso che abbiano un’utilità limitata e che le cose miglioreranno in futuro. Coloro che hanno molti o tutti gli alleli rischiosi per una certa malattia, penso che guarderanno ai loro risultati con attenzione. Mi viene in mente Blaine Bettinger, ricordo molto bene il suo post (e quello di Daniel MacArthur): Blaine ha una storia famigliare di diabete, ma non ci aveva mai fatto caso finché non ha scoperto di avere tutti gli alleli più rischiosi per il diabete: solo allora ha scelto di cambiare stile di vita e di dimagrire. La storia medica famigliare (sempre che tu la conosca) è una buona cosa, ma non ti dice il tuo rischio personalizzato – certo non tutti i parenti di Blaine avevano il diabete, e appunto per questo non pensava che l’avrebbe avuto, finché non ha visto i suoi geni. Quindi non capisco quelli che dicono che la storia famigliare è meglio della genetica: non sono in competizione tra loro. Nel mio caso ero interessato in modo particolare al diabete, perché sebbene il mio rischio non sia molto più alto della media, sono omozigote per l’allele che ha l’associazione più forte con la malattia: sono infatti TT per il gene TCF7L2, il che mi fa guardare con attenzione a questo risultato. Questo inoltre evidenzia alcuni problemi. Se tre anni fa avessi fatto il test di deCODEme per il rischio di ammalarsi di diabete, che considerava soltanto questo gene, mi avrebbero detto che avevo un rischio relativo di 2: avevo cioè un rischio doppio di avere il diabete rispetto alla popolazione media. 23andMe, invece, considerando anche altri marcatori, mi dice che il mio rischio relativo è di 1,3. In realtà, il mio rischio effettivo è vicino allo zero. Sono sicuro quasi al 100%, infatti, che non avrò mai il diabete, perché ho un normale indice di massa corporea BMI, non mangio molti carboidrati raffinati e faccio abbastanza esercizio fisico. Ah, dimenticavo: se partecipassi al recente studio ideato dall’istituto Corriell, dove analizzano solo uno SNP per malattia, mi direbbero che ho un rischio più basso!

Ho delle critiche da fare sul modo in cui 23andMe ti presenta i risultati. Parlano del tuo rischio come se fosse davvero relativo a me, ma tutti i dati derivano da studi di popolazioni che certamente non tengono in considerazione dieta e stile di vita. Mi va bene il report quando dicono cose del tipo “29 persone su 100 con questo genotipo avranno il diabete prima o poi” – questo è giusto, è ciò che gli studi sulle popolazioni mostrano. Ma nella panoramica generale sulla salute, 23andMe ti dice che il tuo rischio è del 29%, e che è più alto della media. Non sono d’accordo con questo perché non è realmente così: primo perché non testano tutti i geni, e secondo perché non conoscono il mio stile di vita. Se avessero testato soltanto TCF7L2, ad esempio, avrebbero detto che 40 persone su 100 con il mio genotipo avranno il diabete, e questo sarebbe stato comunque corretto – sia il 29 che il 40 sarebbero stati corretti! Ma parlare di rischio del 40% o del 29% è in entrambi i casi sbagliato. So che è complicato, ma penso che questo sia il punto cruciale in cui potrebbero migliorare il loro modo di comunicare la genetica.

Osservando più da vicino i miei dati sulla salute ho notato che il mio rischio per la degenerazione maculare legata all’età è quasi del doppio rispetto alla media. C’è una forte componente genetica per questo tratto, e io mi trovo nell’età in cui potrebbe comparire questa malattia. Voglio continuare a mantenere la mia capacità visiva, per questo sto per iniziare a fare dei controlli regolari da un oculista, qualcosa a cui non avevo mai pensato prima. Questo test ha effettivamente cambiato il mio comportamento!

In conclusione, dal punto di vista della salute per quel che riguarda le malattie rare può essere clinicamente utile, per il test del portatore; ma questo non è un problema che interesserà la maggioranza delle persone. Per le malattie comuni, credo sarà utile per quella piccola percentuale di persone che hanno quasi tutti gli alleli di rischio per una certa malattia, come Blaine. Per le malattie meno comuni, il test potrebbe essere utile nel portare queste malattie all’attenzione del cliente, come me con la degenerazione maculare. Per le principali cause di decesso, come il diabete, il cancro, le malattie cardiovascolari eccetera, non sarà così utile nella maggior parte dei casi. Alla maggior parte di noi capiterà una di queste malattie, ma questo test non è in grado di prevedere chi si ammalerà di che cosa con molta accuratezza. Questo sì che sarebbe molto utile, ma ahimé non abbiamo ancora abbastanza conoscenze su queste malattie, e non le avremo finché non avremo fatto degli studi che considerino non solo i geni, ma anche le interazioni tra geni e stile di vita (a meno che le cause non siano attribuibili esclusivamente a varianti rare, ma non credo).

Marco Dotto, BMR Genomics

Per quanto riguarda la mia esperienza con la 23andMe, posso dirti innanzitutto che è molto positiva, soprattutto visto quello che abbiamo pagato: circa 130 € compresa spedizione. Io l’ho fatto fare anche a mia madre che era curiosa. Dopo che le avrò spiegato i risultati magari potrò anche darti qualche info riguardo all’esperienza di una profana in campo genomico.

Costo: 99$ + spese di spedizione mi sembrano più che buoni (non c’è di meglio ovviamente in giro) per i risultati che si ottengono… soprattutto con la nuova versione 3 del chip con 1 milione di sonde.

Tempi: un po’ lunghetti (la spedizione andata/ritorno: per 50/60 $ speravo arrivasse in 1 giorno e fosse riconsegnata in un altro giorno) soprattutto nell’analisi. Con un sistema automatizzato l’estrazione del DNA si fa in un’ora o due, e per l’array non penso servano 2 mesi (soprattutto visti i volumi che hanno sarà tutto ultra automatizzato – compresa l’analisi e la consegna dei risultati).

Risultati: sinceramente mi aspettavo più target identificabili: 95 malattie, 24 carrier status, 47 tratti e 18 risposte ai farmaci fanno 5000 probes usate (di media) per ogni singolo elemento. Mi paiono un po’ tantini, ma immagino che sugli array di questo tipo si lavori in triplicati (almeno) per ogni posizione sondata. Così ad occhio sono rimasto abbastanza impressionato da questi numeri. Non avendo mai lavorato con array per genotyping, però, non avevo idea di quante probe servissero per ogni tratto analizzato.

Drug response: ho risultati abbastanza “noiosi” per fortuna.. quindi non dovò preoccuparmi di avvisare il medico di darmi una dose maggiore o minore di qualche farmaco la prossima volta che ne avrò bisogno. Questa sezione era forse una delle più interessanti del test per quanto mi riguarda. Ritengo utlissima l'analisi per es. del warfarin (anticoagulante più usato al mondo) in quanto ad oggi la pratica comune è quella di dare una dose standard (per sesso e peso) e monitorare la coagulazione nel tempo (anche per mesi, come mi ha confermato mio cugino medico vascolare). Il costo per il SSN è davvero alto.. e se non bastasse in un gran numero di casi (mi pare dell'ordine del 5-10%) la dose non ottimale causa problemi anche gravi (sanguinamenti o viceversa trombi). Tutto ciò sarebbe azzerato se tutti quelli a cui viene prescritto il warfarin fossero genotipizzati prima di scegliere il dosaggio.. Farmacogenetica in pratica. L'FDA da un paio di anni consiglia caldamente questa procedura appunto per diminuire i rischi di dare dosi non in linea col metabolismo del farmaco stesso, ed ha introdotto un sito internet in cui, date le varianti genetiche dei pazienti, viene fornita una dose ottimale in tempo zero, evitando i danni collaterali e soprattutto i costi del follow up del paziente per stabilizzare il dosaggio sui parametri ottimali tramite svariati esami del sangue. Sarebbe il caso che la farmacogenomica iniziasse con test molto semplici come PCR e Sanger ad entrare nella pratica clinica, per salvare vite e milioni di euro.

Traits: per un profano può essere uno degli strumenti che può dare credibilità o meno al test (occhi, capelli ecc. sono pochi dei tratti riconoscibili da un non esperto all’interno di tutto il test). Nella maggior parte dei casi i dati qui riportati servono a poco o nulla… diciamo che questa la vedo come la sezione più incentrata sulla genomica ricreativa.

Carrier status: molto utile per future coppie che decidano di usare il test come “analisi del portatore preconcepimento” a basso costo. In Italia qualunque malattia che non sia la fibrosi cistica costa 250 € a gene/malattia (se rimaniamo sul sequenziamento Sanger per geni medio piccoli e su zone target ben selezionate) se fatta fare da un privato all’ospedale. Per fortuna a breve ci saranno nuovi servizi che permetteranno di esaminare non solo le poche mutazioni più frequenti di un gene/malattia, ma anche zone con mutazioni meno comuni e screenando molte malattie in contemporanea (es. quello del NCGR – che però non uscirà prima del 2012 in USA.. e chissà quando in Europa: ne hai parlato anche tu nel blog – o meglio quello che ho sviluppato a BMR – anche se su meno malattie – che uscirà nei prossimi mesi).

Disease risk: qualsiasi tratto che non dia rischi di 3 volte superiori alla media non li ho neanche guardati o quasi.. come ben saprai il valore di queste predizioni rasenta la pura fantasia. Il fattore ambientale è spesso fondamentale per far variare il rischio di 5, 10, 100 volte… Per non parlare di fattori genetici protettivi mai identificati e studiati o chissà cos’altro! Fatto sta che l’unico tratto che mi ha interessato è quello riguardante la degenerazione maculare legata all’età. In particolare ho un rischio 4,5 volte superiore alla popolazione (che porta ad un rischio del 30%: non poco!!). Ho deciso di interessarmi solo perchè comunque è uno dei tratti definiti “high confidence” perchè supportati da vari articoli e basato su studi di popolazione con numeri rilevanti. Personalmente, avendo accesso a sequenziamento fatto in casa, controllerò l’effettiva presenza della mutazione e verificherò informandomi meglio dalla letteratura sugli effetti della mutazione (se la verificherò con un Sanger). Nel caso lo SNP ci fosse davvero mi farò un pò di analisi bioinformatica per capire l’effetto sulla proteina e pathway correlato, e se tutto ciò risulterà rilevante potrei decidere di fare controlli medici specifici per capire se gli effetti di queste mutazioni hanno effetto su di me. Essendo però una patologia age-related non vedrò gli effetti prima dei 60 anni. Immagino quindi che per allora il mio genoma sarà stato sequenziato più volte e con diverse tecnologie, e probabilmente l’eventuale difetto potrà essere corretto con una futura terapia genica mirata. Nessuna preoccupazione quindi per quanto mi riguarda. Sono più curioso della reazione di mia mamma che ha anche lei un rischio più elevato per questa malattia ed è molto più vicina di me ai 60. Probabilmente controllerò anche lei con un Sanger (tanto già che mi preparo i primer per me posso usarli anche per lei) e le consiglierò di fare presente questa predisposizione al suo medico alla prossima visita oculistica.

Genealogia: sinceramente per quello che mi interessa direi che è una parte abbastanza inutile. Purtroppo non siamo cugini alla lontana… mi trova solo dei probabili cugini di quinto grado in giro per il mondo! Tutto come atteso comunque per quanto riguarda l’aplogruppo e le origini geografiche.

Personalmente ho analizzato i dati anche con Promethease. Lo trovo ben fatto (in particolare può essere in certi casi più facilmente utilizzabile per capire in effetti qual è l’implicazione della variante rispetto all’output di 23andMe) anche se la piattaforma molto user friendly messa in piedi da 23andMe è imbattibile in quanto a piacevolezza ed immediatezza. Della piattaforma apprezzo particolarmente la grafica e la presenza di riferimenti bibliografici per i singoli tratti, anche se lo trovo inutile per chiunque non sia un genetista o non mastichi più che bene la letteratura tipica da GWAS. Ho sfuttato anche SNPtips per avere accesso più facilmente a dbSNP e agli altri database direttamente dalla mia pagina e dalle relative varianti su 23andMe.

Alberto Arbuschi, ingegnere elettronico

Dopo un primo momento di panico perché l’interpretazione dei dati mi sembrava più un talk show generale che non una esposizione personalizzata e dopo aver affrontato una interfaccia cliente non troppo friendly (blocca le informazioni “paurose” indipendentemente dai tuoi risultati, ma ti fa accedere comunque al fac-simile del report PDF, provocando non poca confusione), ho capito che le informazioni che dà sono generiche e aleatorie senza alcun livello di confidenza: dà percentuali secche ma non la varianza delle stesse che ne definiscano la significatività… perciò ho preso più in considerazione la genealogia e i dati grezzi che non i rischi di malattia (che, secondo me, non sono significativamente diversi dalla media mondiale. 23andMe non può smentirmi, non mette la confidenza!).

Mi sono quindi reso conto che il vero lavoro di interpretazione, la valorizzazione pratica di questa conoscenza comincia adesso: ho delle informazioni su di me e potrei applicarvi molte conoscenza che stanno emergendo, come ad esempio la nutrigenomica, l’efficacia delle medicine o altro. Ci sono plug-in che mi permettono di portare con me i 967.224 SNP testati e se trovo qualche studio su aspetti della salute che mi interessano potrei vedere come sono messo e se ci sono consigli d’azione. Ma non c’è modo, purtroppo, di vedere ad ampio spettro se qualche mia abitudine di vita è in contrasto con le mie resistenze e debolezze.

Giuseppe Bergomi, impiegato

Sono un nuovo cliente di 23andme che ha approffitato dell’offerta “natalizia” per iniziare a scoprire cosa vuol dire genetica personale. Premesso che di genetica non conosco molto, anche se ho iniziato ad informarmi (sto leggendo “The language of life” di Francis S. Collins), quello che mi interessa veramente, molto banalmente, è restare in salute il più a lungo possile. Già la salute, perché madre natura ha voluto che a 15 anni mi venisse il diabete mellito, con cui convivo da 28 anni senza, fortunatamente, danni particolari.

Bene, l’altro giorno arrivano i risultati del test: un rischio elevato di cancro alla prostata e di artrite rematoide, ma sapendo che è un rischio statistico e conoscendo la mia igiene di vita non mi preoccupo particolarmente. Continuo la lettura.. Toh! Un rischio superiore di ipertensione. Questo problema l’ho avuto e per ora è sotto controllo, andiamo fino alla fine… Sorpresa: non c’è il diabete mellito tipo 1! Eppure mio padre era diabetico tipo 2, e ho un fratello e una sorella diabetici tipo 2. Per inciso non ho neanche un rischio elevato di diabete tipo 2. Eppure la “predisposizione genetica” era quasi un mio atto di fede, come il Babbo Natale da bambini, solo che la “predisposizione genetica” non ti porta regali.

Continuo la lettura: “Decreased Risk”, wow che lista! Vediamo… Psoriasi, degenerazione maculare, Restless Legs Syndrome(?), melanoma, eccetera… Cosa ti vedo alla fine? (Confidenza 4 stelle, eh!) …Diabete tipo 1! Primo pensiero che ho avuto: “Che c…o!” Vado a vedere le statistiche: average risk 1.0 %, your risk 0.1%. Non c’è che dire, sono propio fortunato! Per concludere, sono convinto che i test genetici siano utili, ma penso che siamo ancora all’inizio nella comprensione di qualcosa che giustamente Collins chiama “The language of life”.

P.S. Andando a vedere in profondità i risultati per il Diabete ho controllato la statistica relativa alla fascia di età. Risultato: 0-79 anni rischio di 0.13 su 100, 15-19 anni rischio di 0.01 su 100, almeno questo rafforza la mia fede nel giocare al lotto.

Come avete visto, gli spunti di riflessione sono tantissimi e non possono essere sicuramente esauriti in questo pur lunghissimo post. Per quel che riguarda me, ho avuto risultati abbastanza noiosi relativamente ai test predittivi: d’altra parte, sapevo già che non avrei scoperto cose preoccupanti, e così è stato. Tuttavia, a suo tempo ho sottovalutato l’effetto psicologico di un’altra sezione del pacchetto 23andMe, quella che analizza lo stato di portatore per malattie recessive. Ero e sono tuttora convinto che siano test utili in funzione preconcenzionale, ma il fatto che un test sia utile non significa che sia piacevole scoprire di essere portatore di una malattia. Devo fare quindi un mea culpa per non essermi adeguatamente preparato a ricevere una brutta notizia da questa sezione del test. Un consiglio ai futuri clienti: non pensate di non essere portatori di una malattia solo perché questa è classificata come rara.

Keith si chiedeva se questo test fosse in grado di modificare le abitudini e lo stile di vita di una persona. Beh nel mio caso, questo è accaduto, in un certo senso. Quando feci il test NutriGene, scoprii di avere bisogno di fare attività fisica, cosa in cui sono sempre stato molto carente. Dopo il test 23andMe questo bisogno è diventato ancora più impellente: ho scoperto infatti di avere ben due copie dell’allele rischioso del gene FTO, il cosiddetto gene dell’obesità. Conoscendo anche un po’ la mia storia famigliare questo non mi ha sorpreso più di tanto, ma mi ha motivato ancora di più a fare esercizio fisico regolare.

Altri due aspetti interessanti erano la genealogia e la risposta ai farmaci. La prima è stata niente più che un divertissement: ho conosciuto il mio aplogruppo paterno e il mio aplogruppo materno, scoprendo anche le origini geografiche di questi gruppi. Ho inoltre tempestato di richieste di contatto alcuni cugini lontani: ad esempio, ho scoperto di condividere degli antenati abruzzesi con un italo-americano, anche se ricostruire un albero genealogico completo è troppo difficile basandosi solo su questo test. Occorrerebbe del lavoro di ricerca in Municipi e Uffici Parrocchiali che per il momento non ho intenzione di fare. Più utile è stato conoscere la mia risposta a diversi medicinali, un’informazione preziosissima che porterò con me nel caso mi servisse in futuro.

Vorrei poi sottolineare una questione che mi preme particolarmente e che è già stata sollevata anche dagli altri commentatori: la comunicazione dei risultati. Concordo con Marco sul fatto che la visualizzazione di 23andMe sia graficamente piacevole e molto user-friendly, ma i problemi incontrati da Alberto non vanno sottovalutati, così come le critiche di Keith a proposito del concetto di rischio personale. Le percentuali, e i numeri in genere, hanno un significato ben preciso e non possono essere utilizzati con leggerezza, come a volte fa 23andMe. Io aggiungo un altro spunto di discussione: i tratti e le patologie esaminate sono troppe e troppo diversificate. C’è così tanta carne al fuoco che un utente medio (ma anche un super esperto di genetica) non sarà mai in grado di pesare nel modo corretto tutti i singoli risultati emersi da questo test. Ci sono i riferimenti bibliografici alla letteratura scientifica, è vero, ma quanti di noi andranno a leggersi l’articolo? E quanti di quelli che lo faranno ne trarranno il messaggio corretto? 23andMe fa un grande sforzo per descrivere tutte le patologie testate, ma a mio avviso questo non è abbastanza. Ad esempio, non sempre ti dicono quanto siano efficaci le strategie di prevenzione che ti suggeriscono. Posso capire che uno voglia conoscere i propri risultati indipendentemente dall’utilità, ma è sbagliato dare per scontato che sia così per tutti, e soprattutto la genetica personale acquisisce valore solo quando può essere compresa pienamente dall’utente. Se non so che fare di una certa informazione, quella informazione non vale niente. Sono sicuramente apprezzabili le iniziative di Marco e Alberto di voler approfondire i propri risultati, ma non tutti hanno le competenze tecniche e la passione per affrontare delle ricerche in un campo dove già gli esperti non sono d’accordo tra loro. Trasmettere dei concetti chiari ed esaurienti è un dovere per un’azienda che ambisce a portare la genetica nella nostra vita di tutti i giorni: spetta a 23andMe fare in modo che il suo report dica tutto quello che è importante sapere! Soprattutto quando i tratti analizzati sono così tanti. Con questo non voglio dire che a Mountain View stiano facendo un pessimo lavoro, anzi, le mie sono critiche costruttive: potrebbero sicuramente fare molto di meglio, considerato anche il fatto che a loro i mezzi economici e le competenze non mancano di certo. La mia personale opinione, comunque, è che se non hai informazioni utili da dirmi per una certa malattia, allora non presentarmela neppure nel report.

Infine, un commento sulle parole di Giuseppe. La mancata predizione del suo rischio di diabete di tipo I è un piccolo fallimento, e dimostra che c’è ancora molto lavoro da fare per i ricercatori che si occupano di genetica. Il tratto in questione era classificato da 23andMe come uno ad alta confidenza (quattro stelle), e pur considerando otto marcatori sono riusciti ad attribuire un rischio di dieci volte inferiore, quando io mi sarei aspettato per lui un rischio nella media, se non superiore. D’altra parte, come ha ricordato Keith, la scelta degli SNP può essere determinante per il calcolo del rischio, e il fatto che questo cambi a seconda di chi vende il test è sicuramente un grosso limite, sia della scienza che non conosce tutte le varianti in gioco, sia delle aziende di personal genomics, che non sanno quali varianti, tra quelle note, sia meglio integrare nei calcoli.

 

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