Enigmistica per genetisti: alla scoperta dei segreti di Synthia!

Se non siete vissuti sulla Luna in queste ultime settimane, avrete senz’altro sentito parlare del grande risultato scientifico conseguito dal gruppo di Craig Venter: la creazione della “vita artificiale”. Al momento di sintetizzare chimicamente il genoma da inserire nel Mycoplasma capricolum, i ricercatori inserirono tra una sequenza e l’altra alcuni “marchi di fabbrica” che avrebbero permesso in futuro di riconoscere se si aveva a che fare veramente con Synthia o con il batterio naturale. Ebbene, tra questi segni distintivi si trovano anche alcune aggiunte piuttosto divertenti, come citazioni di Joyce e indirizzi e-mail.

Mi sono imbattuto oggi in questo link che mi ha fatto tornare in mente la questione. Ok, Venter e soci hanno inserito nel genoma di mycoides delle frasi e degli indirizzi di posta elettronica. Ma come li hanno codificati? Come hanno fatto a scrivere queste cose utilizzando un alfabeto di sole quattro lettere come quello del nostro codice genetico? Beh, ho scoperto che il passaggio dalle nostre lettere alle quattro basi azotate è stato effettuato proprio come avviene in natura per tradurre i nucleotidi in amminoacidi: tre nucleotidi, una lettera dell’alfabeto.

La chiave per risolvere l’enigma però non c’è ancora, proviamo a trovarla noi. Qui sotto sono riportate le quattro sequenze nucleotidiche relative a: (1) la chiave del codice alfanumerico, (2) i nomi dei ricercatori autori del lavoro, (3) la citazione di Joyce tratta dal “Ritratto dell’artista da giovane” To live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life. e infine (4) un indirizzo internet. Prima di mettervi al lavoro, un ultimo suggerimento: la punteggiatura non necessariamente viene codificata con tre basi azotate. Buon lavoro!

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Un pensiero su “Enigmistica per genetisti: alla scoperta dei segreti di Synthia!

  1. […] La procedura seguita dalla squadra di Venter per realizzare il genoma artificiale è stata a dir poco laboriosa. Sono partiti dalla sequenza nucleotidica di Mycoplasma mycoides (stretto parente del capricolum) e hanno ordinato all’azienda Blue Heron la sintesi chimica di 1078 frammenti di DNA lunghi ciascuno 1080 bp. Avuti i mattoncini di partenza, i ricercatori li hanno rimontati nell’ordine corretto sfruttando il lievito Saccharomyces cerevisiae, che ha permesso di ottenere prima 109 pezzi da 10mila basi, quindi 11 pezzi da 100000. Infine, gli 11 blocchi di DNA sono stati ricuciti insieme per riformare il genoma intero. La cosa interessante è che questo genoma non è identico a quello che si trova naturalmente in M. mycoides: infatti, la sequenza di DNA di partenza era stata modificata in una ventina di posizioni, proprio al fine di ottenere un cromosoma artificiale che in natura non esiste. Vi farà sorridere, ma tra le variazioni appositamente inserite ci sono alcune sequenze che decodificate si traducono in un indirizzo email, nei nomi degli autori e addirittura in alcune citazioni di Joyce. […]

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