Il BGI dà i numeri: 5000 dollari a genoma e 1000 genomi al giorno!

Qualcosa mi dice che ne sentiremo parlare sempre più spesso. Il BGI (precedentemente noto come Beijing Genomics Institute) è il più grande centro di genomica della Cina e si appresta a diventare, sempre che non lo sia già, il più grande del mondo. Con il suo arsenale di sequenziatori di ultima generazione, l’istituto cinese intende seriamente assumere la leadership mondiale nel settore del sequenziamento di genomi.

La scorsa settimana, un professore di fisica dell’Università dell’Oregon si è recato al BGI per una conferenza, e il direttore dell’istituto gli ha comunicato che presto saranno in grado di sequenziare 1000 genomi al giorno, per un costo che si avvicinerebbe ai 5000 dollari per ciascun genoma. Sono numeri che fanno impressione, considerato che finora il prezzo più basso per questo tipo di analisi erano i 19500 dollari richiesti dall’Illumina.

In realtà, si è poi capito che quei dati si riferivano a un sequenziamento con copertura 10X, il che significa che i genomi verrebbero “letti” solo 10 volte. Con coperture troppo basse si rischia di non riuscire a far emergere eventuali errori di lettura, e si hanno inoltre assemblaggi e mappaggi meno affidabili. Modificando questi numeri in modo da considerare genomi di alta qualità, si otterrebbero circa 300 genomi al giorno per un costo di 15mila dollari a genoma: cifre molto più realistiche e vicine agli standard di questo periodo. Ad ogni modo, dovremo tenere d’occhio questi cinesi: sono pronto a scommettere che le grandi novità, in questo settore, arriveranno proprio da lì.

Fonte: Information Processing blog

Annunci

Rispondi

Inserisci i tuoi dati qui sotto o clicca su un'icona per effettuare l'accesso:

Logo WordPress.com

Stai commentando usando il tuo account WordPress.com. Chiudi sessione / Modifica )

Foto Twitter

Stai commentando usando il tuo account Twitter. Chiudi sessione / Modifica )

Foto di Facebook

Stai commentando usando il tuo account Facebook. Chiudi sessione / Modifica )

Google+ photo

Stai commentando usando il tuo account Google+. Chiudi sessione / Modifica )

Connessione a %s...