C’è una regione del cromosoma 9 che è nota per essere associata in modo significativo alle malattie cardiovascolari e all’infarto del miocardio: i principali indiziati sono quattro SNP, tutti quanti legati a disturbi del nostro sistema cardiocircolatorio. L’associazione è stata confermata in diverse popolazioni, perciò non ci sono più dubbi ormai sul fatto che in questo punto del genoma ci sia qualcosa di importante per il benessere del nostro cuore. Quello che ancora non si sapeva, però, era come questa regione genomica interagisse con la nostra alimentazione e il nostro stile di vita: è possibile annullare l’effetto negativo di una variante genetica sfortunata, o si è destinati a convivere con un rischio più elevato di infarti e altre malattie cardiovascolari?
A questa domanda prova a rispondere uno studio condotto da un gruppo di ricerca internazionale, pubblicato sulla rivista PLoS Medicine. I ricercatori hanno analizzato dati raccolti a cavallo del 2000 nell’ambito dello studio INTERHEART, i cui partecipanti erano pazienti ricoverati per episodi non fatali di infarto del miocardio, insieme a un gruppo di individui controllo. Tutti i partecipanti sono stati sottoposti a un’analisi genetica, e hanno risposto a un questionario volto a determinare le loro abitudini alimentari e comportamentali.
I ricercatori si sono concentrati su circa 8000 partecipanti di quello studio, scelti tra le etnie più rappresentate: europea, araba, cinese, latino-americana e dell’Asia meridionale. La prima cosa fatta dai ricercatori è stata valutare nelle varie popolazioni l’effetto dei quattro SNP più fortemente legati a infarti e malattie cardiovascolari: rs10757274, rs2383206, rs10757278 e rs1333049. Ad eccezione della popolazione araba, l’effetto degli SNP era quasi sempre significativo, e in ogni caso un effetto meno evidente si riscontrava anche negli arabi.
Una volta appurato che queste varianti genetiche sono davvero rischiose per la salute del cuore, si è voluto vedere quanto questo rischio poteva essere modulato attraverso l’alimentazione e lo stile di vita. Fumo e attività fisica non hanno mostrato nessuna interazione significativa, mentre si è visto che al contrario tutti e quattro gli SNP interagivano con l’alimentazione, e in particolar modo con una dieta ricca in frutta e verdure crude. Molto forte era l’interazione di rs2383206, il cui effetto negativo poteva essere notevolmente ridotto passando da una dieta povera a una ricca di questi alimenti. Questa riduzione era evidente soprattutto nella popolazione latino-americana e in quella dell’Asia meridionale.
Il punto cruciale di tutto l’articolo è rappresentato da questo grafico, in cui si mettono a confronto i fattori genetici e quelli alimentari nel determinare il rischio di avere infarti. La situazione ottimale è rappresentata da quelle persone che hanno la fortuna di avere il genotipo migliore (AA) per lo SNP rs2383206, e al contempo hanno saggiamente scelto di seguire una dieta ricca in frutta e verdura cruda. Tutte le altre combinazioni presentano un rischio aumentato (odds ratio) che è calcolato rispetto a questa situazione ottimale: come potete vedere, i numeri sono molto diversi da caso a caso.
Nel gruppo di individui che seguono la dieta meno “prudente”, cioè meno ricca in frutta e verdura, l’effetto genetico è molto marcato. Combinando la dieta peggiore con il genotipo peggiore si ottiene infatti un rischio di 2 volte rispetto alla situazione ottimale. Se però il consumo di frutta e verdura aumenta (passando da “low” a “high”), ecco che anche il genotipo più sfortunato non produce praticamente più nessun effetto!
Questi risultati significano molte cose. Innanzitutto, che l’effetto negativo di queste varianti genetiche può essere neutralizzato, fino a venire praticamente annullato, mangiando molta frutta e verdura cruda. Secondo, che non tutte le persone sono uguali e non tutte hanno quindi le stesse esigenze alimentari. Terzo, che un test genetico che pretende di calcolare il tuo rischio di ammalarti di qualche malattia, senza considerare le tue abitudini alimentari e il tuo stile di vita, è sostanzialmente un test inutile.
Do, R., Xie, C., Zhang, X., Männistö, S., Harald, K., Islam, S., Bailey, S., Rangarajan, S., McQueen, M., Diaz, R., Lisheng, L., Wang, X., Silander, K., Peltonen, L., Yusuf, S., Salomaa, V., Engert, J., Anand, S., & , . (2011). The Effect of Chromosome 9p21 Variants on Cardiovascular Disease May Be Modified by Dietary Intake: Evidence from a Case/Control and a Prospective Study PLoS Medicine, 9 (10) DOI: 10.1371/journal.pmed.1001106
my GenomiX 
Scusa ma degli altri SNP quali sono le varianti fortunate e quali le varianti sfortunate?
cmq di rs2383206 ho AG…
Le varianti “rischiose” sono rs10757274 (C), rs2383206 (G), rs10757278 (C) e rs1333049 (C).
Nei 4 snip citati nell’ordine, ho rispettivamente:
– AG (niente C = rischio zero?)
– AG (una G, rischio medio?)
– AG (niente C = rischio zero?)
– CG (una C = rischio medio?)
direi che con la mia dieta normale-abbondante di frutta e verdura sono al sicuro 🙂
Finalmente una dimostrazione scientifica della complessità dell’influenza genetica se si considerano le interazioni con l’ambiente (di cui l’alimentazione è solo un aspetto): chissà quando si sapranno cose certe sull’assetto (packed) del DNA dovuto al cibo (nutrigenetica).
… e l’epigenetica?
Alberto devo deluderti, purtroppo pare che 23andMe consideri l’altro filamento di DNA per il primo e per il terzo SNP: la tua G corrisponde alla loro C! Quindi hai in entrambi i casi una copia dell’allele rischioso.
Se guardi la tabella 2 dell’articolo vedi infatti che gli autori prevedono due possibilità per questi due SNP: C oppure T. Mentre 23andMe ti dà A o G, cioè le basi complementari! Purtroppo questa è una delle difficoltà che si incontrano quando si cerca di confrontare il proprio DNA con i dati degli articoli scientifici: l’assenza di uniformità nella terminologia è un grosso problema ahimé abbastanza diffuso!
A proposito di epigenetica, devo dirti che una delle ipotesi che si fanno per spiegare queste interazioni tra geni e ambiente ha proprio a che fare con le alterazioni epigenetiche, che verrebbero indotte da alimentazione e stile di vita. Per avere un quadro completo però temo dovremo aspettare ancora qualche anno!
Se dovremo aspettare solo qualche anno per sapere, la cosa mi pare alquanto messa bene (io avrei detto decenni …).
Beh, la mia condizione resta comunque “media”, mi sta benissimo, soprattutto notando i codini della varianza in senso positivo (= verso il basso): arrivano al di sotto del rischio medio di un bel po’ !
Riguardo a quale catena di DNA si documenta, non riesco a capire con sicurezza cosa stia succedendo: alcuni potrebbero avere una inversione di basi fra le due catene, allora non basterebbe vedere la documentazione se riporta le alternative T e C o A e G per esserne certi ma bisognerebbe vedere le basi vicine nella catena o l’intero gene.
… o non è possibile che accada?
Scusa il leggero OT, ma mi pare doveroso chiarire una volte per tutte ‘sta storia:
Non capisco perché quando il DNA si dipana ed ENTRAMBE restano necessariamente esposte alla nascita di mRNA com’è che non viene prodotto anche l’antisenso? In ogni caso mica è detto che sia sempre il “lato A” che codifichi, magari a volte è il “lato B”, o no? Ma se un lato solo codifica mi sembrerebbe logico documentare QUELLO, com’è che alcuni documentano l’uno e altri l’altro?!?!?
Diciamo che sono ottimista perché credo nell’accelerazione esponenziale della scienza! 😀 Sì, considera sempre che potrebbero esserci altri fattori di rischio diversi da questi 4 SNP, ma direi che sei nella media.. Soprattutto perché dici di mangiare frutta e verdura!
Per quanto riguarda i filamenti di DNA, la cosa è un po’ complicata, nel senso che la trascrizione di DNA dipende da molte cose, tra cui la presenza di sequenze riconosciute da fattori di trascrizione localizzate a monte della regione da trascrivere. Se questi siti sono presenti su entrambi i filamenti, allora la trascrizione avviene su entrambi i filamenti, se invece sono presenti solo su un filamento allora avviene solo su quel filamento. Possono accadere tutte le combinazioni: DNA trascritto su entrambi i filamenti, trascritto su uno soltanto o su nessuno dei due.
Una cosa da ricordare è che gli SNP “importanti” possono anche trovarsi in punti che non sono trascritti, né su un filamento né su un altro. Vengono fuori come significativi perché, pur non essendo trascritti essi stessi, magari influenzano in qualche modo la trascrizione di geni più o meno vicini.
Occorre quindi un criterio che stabilisca il filamento indipendentemente dal fatto che uno SNP sia in un punto codificante oppure no. 23andMe ha scelto come riferimento il filamento denominato come “positivo” (plus strand) nel database dbSNP. Purtroppo, a quanto pare i singoli gruppi di ricerca non si uniformano sempre allo stesso standard e questo crea confusione. Non so quale sia il motivo, forse per uniformarsi alla letteratura scientifica precedente, nonostante questa sia in contrasto con dbSNP..
io ho gli stessi risultati di Alberto…. nella media pure io quindi… mangiò già frutta e verdura, avrò un motivo in più per farlo 🙂 ma la verdura va mangiata “Cruda” per avere un effetto positivo?
Sì, sembra che la verdura cruda interagisca di più con le varianti rischiose rispetto alla verdura cotta.