Non fidatevi di quel messaggero!

Ogni biologo molecolare sa che le istruzioni contenute nei geni, per essere convertite in proteine, devono prima passare attraverso una molecola intermedia chiamata RNA messaggero. In teoria, la sequenza del messaggero dovrebbe essere identica a quella del gene corrispondente, in modo tale che il messaggio arrivi inalterato a destinazione. Si tratta di un fatto ormai consolidato nella comunità scientifica, perciò potete immaginarvi come venne accolta l’estate scorsa la pubblicazione su Science di un articolo che sosteneva l’esistenza di frequenti eventi di RNA editing nelle nostre cellule. In pratica, in oltre 10mila punti del genoma umano la sequenza di RNA messaggero risultava diversa rispetto al gene di partenza. Quello studio però era affetto da una serie di errori metodologici o quanto meno leggerezze, come sottolineato da alcuni commentatori: il fenomeno dell’RNA editing esiste in natura, ma non poteva essere così frequente come quei ricercatori volevano far credere. Ebbene, un gruppo di scienziati ha deciso di riaffrontare la questione e di chiarire la faccenda senza incappare negli errori di metodo che avevano macchiato l’articolo di Science. Gli autori di questo nuovo studio, pubblicato su Nature Biotechnology, sono i bioinformatici del BGI, l’istituto di genomica cinese leader mondiale nel campo del sequenziamento. Quello che hanno fatto è stato confrontare la sequenza genomica di un individuo cinese con quelle dei suoi trascritti di RNA: sia classici RNA messaggeri codificanti per proteine, sia altre tipologie di RNA. A differenza dell’articolo del 2011, però, questa volta sono stati applicati tutta una serie di filtri molto stringenti che avevano lo scopo di rimuovere i falsi positivi e di garantire quindi risultati più affidabili.

ResearchBlogging.orgL’analisi ha rivelato l’esistenza di oltre 22mila siti di editing, 22mila punti del genoma in cui la sequenza di DNA differiva da quella poi riscontrata nell’RNA trascritto. Gli eventi erano molto abbondanti per i trascritti delle regioni intergeniche, per gli introni e per la parte terminale degli RNA messaggeri (il 3’UTR): le sequenze codificanti per proteine, insomma, sembrano essere risparmiate da questo editing di massa. In queste ultime sequenze, infatti, si riscontrano solo 5 differenze ogni milione di nucleotidi, mentre per quelle non codificanti il numero oscilla tra 100 e 140. Gli autori hanno notato anche un altro fatto interessante: generalmente i punti di editing hanno dei nucleotidi particolari vicino, il che fa pensare che non si tratti di cambiamenti casuali, ma che ci siano degli enzimi in azione. Infine, si è visto che molte delle differenze trovate potrebbero avere un significato funzionale: le code terminali dei messaggeri, caratterizzate da numerosi eventi di editing, possono essere infatti attaccate dai microRNA, molecole che riconoscono particolari sequenze e “spengono” i messaggeri che le possiedono. In effetti, l’analisi ha rivelato che il 43% degli eventi a carico dei 3’UTR sono potenzialmente in grado di rimuovere queste sequenze, o viceversa di creare segnali per i microRNA dove normalmente non esisterebbero.

Dunque avevano ragione gli autori dell’articolo di Science, che tanto sono stati criticati? Sì e no. Questa volta, con dei risultati più sicuri, abbiamo un quadro più chiaro della situazione, e possiamo constatare che sì, è effettivamente un fenomeno molto frequente. Ma gli errori metodologici di cui parlavo all’inizio restano: lo dimostra il fatto che gli scienziati cinesi hanno provato a verificare con il loro rigorosissimo sistema i siti di editing presentati su Science, e la maggior parte di essi non hanno passato i filtri di affidabilità. Ad ogni modo, è acqua passata. E ora che sappiamo che il fenomeno è rilevante, vale la pena studiarlo meglio.


Peng, Z., Cheng, Y., Tan, B., Kang, L., Tian, Z., Zhu, Y., Zhang, W., Liang, Y., Hu, X., Tan, X., Guo, J., Dong, Z., Liang, Y., Bao, L., & Wang, J. (2012). Comprehensive analysis of RNA-Seq data reveals extensive RNA editing in a human transcriptome Nature Biotechnology DOI: 10.1038/nbt.2122

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7 pensieri su “Non fidatevi di quel messaggero!

  1. Non mi piace dire “l’avevo detto” ma … ho riguardato il link qui alla discussione emersa all’annuncio precedente … 🙂
    la mia analisi sulla probabilità di questo evento dal punto di vista complesso mi suggeriva un epilogo di questo tipo, FORTEMENTE contrastato da molti esperti del settore.
    Non me la sono sentita di insistere più di tanto … anche se EVIDENTEMENTE ora sembra che la mia analisi probabilistica fosse corretta.

    Purtroppo anche la mia intuizione positiva sulla fusione fredda con l’IDENTICA architettura di Rossi per l’E-cat che ho sperimentato nei primi anni 90 è stata FORTEMENTE criticata e io ho accettato il parere degli esperti perché non mi piace combattere contro i mulini a vento, ma adesso Rossi e la Defkalion sembra che la spuntino …

    Forse quando esprimo i miei pareri controcorrente dovrei insistere di più … ma pare che la scienza ufficiale non apprezzerebbe, ora mi chiedo quale atteggiamento sia corretto tenere.

    • Sulla fusione fredda non mi pronuncio.. Per la storia dell’RNA editing, in questo lavoro è stato dimostrato che lo studio precedente era macchiato da errori metodologici, esattamente quello che dicevano i critici. In quella circostanza non si voleva dire che il fenomeno era impossibile, semplicemente che non era quello il modo per rispondere sì o no alla domanda.

      Se poi vogliamo fare previsioni probabilistiche sulle cose che possono o non possono esistere, va bene. Anche a me piace farlo! Però in un articolo scientifico non puoi dire che esiste un fenomeno perché è molto probabile.. La scienza funziona diversamente! Comunque non voglio ritornare su questo discorso! 🙂

  2. Molto interessante, mi piacerebbe sapere se c’è altro materiale scientifico su questo argomento, e eventual risvolti pratici di questo fenomeno, tenendo conto del fatto che non pare casuale il fenomeno, amo la genetica ma ancora spigolo qua e la, studio tutto quel che posso e che trovo, in attesa di iscrivermi per prendere la seconda laurea in genetica e biologia molecolare da coniugare alla mia prima finalmente avere gli strumenti per rispondere a molti miei perchè, ma adesso tutto quello che non so lo chiedo, sperando di trovare persone disposte a darmi dei validi spunti o spiegazioni. grazie è già il secondo articolo che leggo e mi sono piaciuti tutti e due molto….Barbara

    • Ciao Barbara, il fenomeno dell’RNA editing si conosce già da tempo perciò troverai sicuramente del materiale cercando su internet. Quello che sta emergendo adesso è che si tratta di un fenomeno piuttosto diffuso, che potrebbe avere una notevole rilevanza nei fenomeni biologici.

      • Grazie, e infatti la cosa interessante sono appunto le ripercussioni o meglio come dici tu la notevole rilevanza nei fenomeni biologici, ma anche per es nello sviluppo o meno di patologie genetiche e loro trasmissione ??? in realtà anche se la mia curiosità non ha fine, la mia domanda aveva un fine, per cui cerco e vado a capire meglio il fenomeno! Grazie ancora

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