Anche Craig Venter sbaglia

Ricordate la grande scoperta di Craig Venter dell’anno scorso? Lo scienziato americano era riuscito a creare un organismo dotato di un genoma completamente sintetico, soprannominandolo Synthia. E’ stata la notizia del 2010 per quanto riguarda la genomica, ma a quanto pare anche Venter può commettere errori.

Per riconoscere la sua creatura, lo scienziato aveva inserito nel genoma sintetico tre citazioni, rispettivamente di Joyce, Oppenheimer e Feyman. Le citazioni erano codificate secondo il codice genetico classico: a tre lettere del DNA corrisponde un aminoacido, a sua volta rappresentato con una lettera. E’ in questo modo che Venter è riuscito a scrivere le tre frasi seguenti:

“To live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life.” — James Joyce
“See things not as they are, but as they might be.” — J. Robert Oppenheimer
“What I cannot build, I cannot understand.” — Richard Feynman

Ahimé, si è poi scoperto che la citazione di Feyman era sbagliata. Come si vede da questa foto, Feyman poco prima di morire aveva scritto su una lavagna la frase: “What I can not create, I do not understand.” E’ stato lo stesso Venter a riconoscere pubblicamente l’errore in una recente conferenza, dopo che questo gli era stato segnalato dalla scuola di Caltech, dove il fisico quantistico insegnò per molti anni. “Nessun problema – ha dichiarato Venter – Abbiamo sbagliato? Correggeremo l’errore.”

Molti hanno accusato Venter di giocare a fare Dio: ora sappiamo che anche Dio può sbagliare.

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“Il DNA è il software della vita”: intervista a Craig Venter

Craig Venter è una specie di rock star nel mondo della genomica, e come tutte le rock star è tanto geniale quanto ambizioso, così convinto delle proprie idee e delle proprie capacità da risultare perfino arrogante. E’ un dato di fatto, però, che lui è sempre stato il primo: prima persona ad avere un genoma sequenziato, prima bozza e versione completa del genoma umano, e ora le prime cellule sintetiche. Tutte le grandi scoperte fatte dalla genomica negli ultimi anni hanno sempre portato la firma di Craig Venter. Quella che segue è una recentissima intervista allo scienziato americano, realizzata dalla CBS News e della quale trovate un testo scritto a questo indirizzo, nel caso vi sfuggisse qualcosa (l’intervista è in inglese).

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Enigmistica per genetisti: alla scoperta dei segreti di Synthia!

Se non siete vissuti sulla Luna in queste ultime settimane, avrete senz’altro sentito parlare del grande risultato scientifico conseguito dal gruppo di Craig Venter: la creazione della “vita artificiale”. Al momento di sintetizzare chimicamente il genoma da inserire nel Mycoplasma capricolum, i ricercatori inserirono tra una sequenza e l’altra alcuni “marchi di fabbrica” che avrebbero permesso in futuro di riconoscere se si aveva a che fare veramente con Synthia o con il batterio naturale. Ebbene, tra questi segni distintivi si trovano anche alcune aggiunte piuttosto divertenti, come citazioni di Joyce e indirizzi e-mail.

Mi sono imbattuto oggi in questo link che mi ha fatto tornare in mente la questione. Ok, Venter e soci hanno inserito nel genoma di mycoides delle frasi e degli indirizzi di posta elettronica. Ma come li hanno codificati? Come hanno fatto a scrivere queste cose utilizzando un alfabeto di sole quattro lettere come quello del nostro codice genetico? Beh, ho scoperto che il passaggio dalle nostre lettere alle quattro basi azotate è stato effettuato proprio come avviene in natura per tradurre i nucleotidi in amminoacidi: tre nucleotidi, una lettera dell’alfabeto.

La chiave per risolvere l’enigma però non c’è ancora, proviamo a trovarla noi. Qui sotto sono riportate le quattro sequenze nucleotidiche relative a: (1) la chiave del codice alfanumerico, (2) i nomi dei ricercatori autori del lavoro, (3) la citazione di Joyce tratta dal “Ritratto dell’artista da giovane” To live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life. e infine (4) un indirizzo internet. Prima di mettervi al lavoro, un ultimo suggerimento: la punteggiatura non necessariamente viene codificata con tre basi azotate. Buon lavoro!

GenoMIX #1 – Maggio 2010

I post che ho pubblicato finora rendono bene l’idea di come la genomica, di questi tempi, rappresenti un settore complesso e ricco di sfumature. Sembrano passati millenni da quando erano solo i ricercatori, chini sui propri banconi di laboratorio, a conoscere e maneggiare il DNA: oggi la genomica è entrata nell’industria, nei giornali, nella vita quotidiana di milioni di persone. Tutti, chi più chi meno, hanno sentito parlare di geni e cromosomi, ed è lecito attendersi un’ulteriore crescita nei prossimi anni, quando forse assisteremo a un exploit come quello dell’informatica negli anni 90. Benché in questo primo mese di myGenomiX io ce l’abbia messa davvero tutta, devo ammettere che riuscire a tenere traccia di quello che avviene in questo mondo in continua evoluzione non è per niente semplice. Così ho pensato che potesse essere utile fare un piccolo report mensile, dove ricordare le notizie principali del mese trascorso.

Nel primo genoMIX (l’accento cade sulla “i”) la parte del leone la fa sicuramente Synthia, la cellula con genoma sintetico realizzata dal gruppo di Craig Venter. L’annuncio che l’uomo era in grado di “creare la vita” sintetizzando chimicamente un genoma artificiale, ha avuto l’effetto devastante di una bomba atomica sull’opinione pubblica. La notizia è stata commentata, amplificata, esagerata, distorta, e mentre i creazionisti si strappavano i capelli scandalizzati, buona parte del mondo scientifico già battezzava quella di Venter come la scoperta del secolo. Che Synthia sia la dominatrice incontrastata di questo mese lo dimostra anche il fatto che, anche su myGenomix, il post ad essa relativo sia stato il più letto, così come la chiave di ricerca “synthia” è stata la più utilizzata dai miei lettori. Non dobbiamo però dimenticare un’altra scoperta molto importante, quella del genoma dell’uomo di Neanderthal: il sequenziamento del DNA neanderthaliano ha permesso di evidenziare alcune sequenze nucleotidiche che Homo Sapiens avrebbe saputo sviluppare meglio dei “cugini”. Non solo: gli autori della ricerca, dopo aver analizzato le similarità tra i genomi, hanno ipotizzato che le due specie si siano accoppiate per un certo periodo di tempo nell’area del Medio Oriente. Infine, è certamente degna di nota la vicenda relativa alla Pathway Genomics, che ha cercato di vendere i propri kit nei supermercati della catena Walgreens, attirando in questo modo l’attenzione della Food and Drug Administration americana. L’accordo, attualmente non ancora concretizzato, ha riacceso il dibattito sull’efficacia e l’utilità dei test genetici offerti liberamente ai consumatori dalle aziende di personal genomics.