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Test genetici: il vero pericolo è l’interpretazione fai da te

In una recente intervista pubblicata su Newsweek, Alberto Gutierrez ed Elizabeth Mansfield hanno espresso chiaramente quale sia il maggiore motivo di preoccupazione della FDA riguardo ai test genetici. Non ha niente a che vedere con la strumentazione utilizzata dalle aziende di personal genomics per eseguire i test, né con le metodiche di laboratorio: per assicurare la qualità del servizio di genotyping, infatti, esistono già le linee guida CLIA (Clinical Laboratory Improvement Amendments). Il vero problema riguarda l’interpretazione dei dati grezzi: queste società si muovono sulla sottile linea di confine tra ciò che ha rilevanza medica e ciò che non ce l’ha, restituendo ai clienti dei risultati che potrebbero essere interpretati come una diagnosi medica. Potremmo discutere per delle ore su cosa sia “medico” e cosa non lo sia, ma credo sia una pura disquisizione semantica che non ci porterebbe da nessuna parte. Proviamo invece a immaginare cosa accadrebbe se la FDA decidesse di bandire i test genetici direct-to-consumer per le ragioni sopra esposte. Elizabeth Mansfield ha esplicitamente dichiarato che la FDA non avrà nulla da ridire se un’azienda vende semplicemente dei dati grezzi, senza fornire interpretazioni di carattere medico. Quindi, nel caso estremo in cui la 23andMe chiudesse bottega, possiamo stare tranquilli che potremo comunque farci genotipizzare da un laboratorio certificato: non otterremo le bellissime grafiche interattive dell’azienda californiana, ma avremo comunque la nostra lista personale di SNPs. E una volta ottenuti i dati grezzi, che ne faremo? Ovviamente, non serve a nulla sapere che in una certa posizione del nostro genoma c’è una C al posto di una A, se nessuno mi dice che cosa significa quella variante.

A tal proposito, è importante ricordare che società come 23andMe, Navigenics e deCODEme non si sono inventate di sana pianta le associazioni SNP/malattia sulle quali basano i loro cosiddetti medical claims. Esse derivano da studi di associazione genome-wide (GWAS) condotti negli anni, studi che sono poi diventati articoli scientifici pubblicati su importanti riviste, riconosciute a livello internazionale. Le informazioni mediche che tanto irritano la FDA, quindi, resteranno per sempre a disposizione di chiunque nella rete in ogni caso, anche se alle aziende di personal genomics verrà impedito di comunicarle. Ad esempio, sul sito dell’NCBI c’è una risorsa, il dbGaP, che riorganizza tutti i GWAS man mano che vengono pubblicati: basta andare a spulciare quelle tabelle e quegli articoli per dare noi stessi un’interpretazione ai dati grezzi che abbiamo ottenuto. Ancora meglio, è possibile utilizzare il software Promethease di SNPedia, il database wiki di tutti i polimorfismi noti. E’ sufficiente dare al programma un file contenente i nostri dati di genotyping per ottenere in uscita un report come questo. Insomma, se la FDA impedirà alla 23andMe di dare un’interpretazione ai dati, non potrà però impedire agli utenti di interpretare da sè il proprio genotipo.

Da un certo punto di vista, dà sollievo pensare che in ogni caso l’accesso a certe informazioni non verrà negato. Viene però spontaneo un dubbio: non sarà pericoloso? Voglio dire, le interpretazioni fornite dalla 23andMe sono elaborate da persone esperte nel campo, che sanno giudicare il grado di affidabilità di un GWAS e quindi delle associazioni che da esso emergono. Inoltre, queste stesse informazioni vengono presentate al cliente in una forma chiara e con una grafica user-friendly. Senza nulla togliere a SNPedia, i report di Promethease sono al contrario piuttosto ostici per una persona comune. Mi chiedo poi come potrebbe fare una persona priva di un adeguato background genetico a comprendere un articolo scientifico relativo a uno studio di associazione. Se non si è dentro certe questioni, poi, saper riconoscere uno studio serio in mezzo al mare di informazioni rintracciabili in internet sarebbe pressoché impossibile. E’ questo ciò che vuole la FDA? Io spero di no. Quando dico che le aziende di personal genomics fanno un gran lavoro e dovrebbero essere aiutate, mi riferisco anche a questo: queste società sono impegnate da anni nell’analisi della letteratura scientifica, sono capaci di dare il giusto peso a ogni nuovo risultato e soprattutto sanno trasmetterlo al pubblico in modo comprensibile. Penso che dovremmo dare loro una mano a continuare a farlo, piuttosto che imbavagliarle e lasciare che la gente si arrangi da sola: internet è un posto pericoloso, per chi non si sa orientare.

Per un’analisi più approfondita vi suggerisco i post di Keith Grimaldi e di Daniel MacArthur su Eurogene e Genetic Future.

 
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Pubblicato da su 16 agosto 2010 in Business, Genetica personale, Medicina, Salute

 

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GenoMIX #3 – Luglio 2010

Il mese di luglio è iniziato con la pubblicazione su Science del contestatissimo articolo sul DNA dei centenari. Lo studio di associazione genome-wide che ha permesso di identificare delle varianti genetiche coinvolte nel raggiungimento di una eccezionale longevità è stato letteralmente sommerso di critiche. Autorevoli genetisti in tutto il mondo si sono scagliati contro il GWAS condotto dal gruppo dell’italiana Paola Sebastiani, puntando il dito contro alcuni errori metodologici che sarebbero i responsabili dei risultati incredibili ottenuti, talmente incredibili da apparire irragionevoli. Allo stato attuale delle cose, solamente quando altri lavori riusciranno a confermare questi dati la professoressa Sebastiani potrà cantare vittoria.

Un’altra grande notizia di questo mese è la nascita di un blog, Genomes Unzipped. E’ soltanto un blog, potrebbe dire qualcuno. In realtà, non si tratta di un blog come tutti gli altri: per chi è appassionato di genomica e in modo particolare di personal genomics, Genomes Unzipped è una vera manna dal cielo. Su queste pagine scriveranno le firme più prestigiose del settore, come Dan Vorhaus e Daniel MacArthur, e avere tutto ciò su un unico sito internet ha un valore grandissimo.

Infine, arriviamo alla settimana di passione per le aziende di personal genomics direct-to-customer (DTC). Dopo aver minacciato nuove regole per il settore, la Food and Drug Administration ha invitato a un incontro i principali protagonisti dell’industria della genomica personale, facendo capire che una regolamentazione arriverà senz’altro. Non è dato però sapere né modi né tempi di questo giro di vite: la FDA non ha ancora le idee ben chiare sul da farsi, e ha esplicitamente chiesto la collaborazione degli stessi soggetti che saranno interessati dalle nuove leggi. Ben più preoccupante per le aziende che operano in modalità DTC è stata la seduta parlamentare svoltasi il giorno dopo, quando il Government Accountability Office ha reso noti i risultati di un’inchiesta relativa al commercio dei test genetici. Il report del GAO ha evidenziato comportamenti scorretti di alcune società, ma ha anche esteso questi singoli episodi a tutto il mondo della personal genomics: è un errore, perchè qui come in tutti i settori industriali ci sono le aziende serie e gli imbroglioni. L’effetto finale è stato quindi di gettare discredito su tutti gli operatori, anche quelli che da anni si battono per offrire un servizio di qualità, pur consapevoli di tutti i limiti di questo business.

 
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Pubblicato da su 31 luglio 2010 in GenoMIX

 

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Genomica DTC: myGenomiX propone la regola del semaforo

In questi giorni si è parlato molto di se e come debba essere regolamentato il settore della genomica personale, e in particolare della genomica direct-to-consumer. Benché alcuni vorrebbero la personal genomics libera da ogni regola, molte delle aziende interessate sembrano invece favorevoli a una forma di regolamentazione, e il motivo è semplice: queste società sanno di avere la coscienza pulita, e sono consapevoli che delle regole più severe eliminerebbero dal mercato i tantissimi servizi di scarso valore scientifico che fanno loro concorrenza. Purtroppo, l’impressione è che dall’altra parte non ci sia altrettanta disponibilità al dialogo. Certo, la Food and Drug Administration si è mostrata aperta a consigli e suggerimenti su come riscrivere le regole del gioco, ma quanto si è visto al Congresso settimana scorsa non lascia presagire nulla di buono.

Ad ogni modo, la mia opinione è che una regolamentazione sia necessaria per aiutare le aziende serie che fanno bene il proprio lavoro. Le regole però devono essere differenziate a seconda della tipologia del test genetico offerto, e in questo post farò una mia proposta di regolamentazione che ho battezzato regola del semaforo. Ovviamente, poiché è assai improbabile che la FDA legga il mio blog e decida di adottare questa strategia, il mio obiettivo sarà semplicemente quello di dare degli spunti di riflessione.

Innanzitutto, è necessario che un team di ricercatori esperti nel campo, sotto il controllo del National Institute of Health, stabilisca una soglia minima di validità scientifica affinché un test possa essere messo sul mercato. Una volta fissata questa soglia, tutti i test che l’avranno superata saranno etichettati con un bollino colorato che distingua le varie tipologie: i test verdi potranno essere acquistati in modalità direct-to-customer e il cliente potrà leggere i risultati senza necessariamente avere l’intermediazione di un consulente genetico; i test gialli richiedono maggiore attenzione, e perciò la consulenza sarà in questo caso obbligatoria; i test rossi, invece, potranno essere acquistati, ma il risultato non dovrà essere rivelato al cliente finché non si saranno verificate certe condizioni.

L’assegnazione del colore dovrebbe dipendere da due parametri: la gravità della condizione testata e la disponibilità di misure preventive che possano abbassare il rischio dell’insorgenza della malattia. I due parametri potranno assumere tre valori che verrebbero assegnati dalla comunità dei medici: alto, medio e basso. Avranno il bollino verde i test genetici per le malattie a bassa gravità e per i tratti non patologici, oltre alle malattie di media gravità per cui però c’è una disponibilità medio-alta di misure preventive. Le malattie di media gravità su cui si può fare poca prevenzione finiranno nei test con il bollino giallo, così come le malattie gravi per cui sono note misure preventive. Nel caso estremo in cui un test si riferisca a una malattia grave per la quale non si conoscono né cure né nessuna efficace strategia di prevenzione, il bollino dovrà essere rosso: solo quando la ricerca scientifica avrà individuato validi strumenti per prevenire l’insorgenza di questa malattia il risultato del test potrà essere svelato al paziente. Ci si potrebbe chiedere il senso di acquistare un test del quale non è consentito conoscere il risultato, ma non dobbiamo dimenticare che generalmente i test sono venduti a pacchetti, e un test a bollino rosso potrebbe essere già incluso di default insieme ad altri con bollino verde o giallo. Un’ultima parola sulla consulenza genetica: essa sarà obbligatoria per i test di media rilevanza, ma dovrà essere garantita in ogni caso per tutti coloro che la richiedessero al momento dell’acquisto del test. Benché nutra grande stima per la classe medica, credo che in questo caso il ruolo del consulente genetico debba essere affidato a una nuova figura professionale ad hoc, che conosca molto bene la genetica e altrettanto bene la medicina.

Cosa pensate della mia idea? Quale criterio utilizzereste voi per regolamentare il settore della personal genomics? Attendo i vostri commenti.

 
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Pubblicato da su 28 luglio 2010 in Business, Genetica personale

 

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Personal genomics, il sogno americano sta per finire

E’ stata una settimana di fuoco per le aziende americane che vendono test genetici direttamente ai consumatori: nei giorni scorsi c’è stato l’incontro con i vertici della Food and Drug Administration, mentre ieri al Congresso si è tenuta una seduta parlamentare dedicata alla genomica personale e alle società che stanno facendo di essa il proprio business. All’incontro hanno partecipato rappresentanti di 23andMe, Navigenics e Pathway Genomics, che in verità hanno dovuto affrontare domande e contestazioni a volte così brutali e generaliste da far sembrare l’incontro un processo medievale alla stregoneria.

Il cuore della seduta è stato il report realizzato dal Government Accountability Office (GAO), il quale nell’ultimo anno ha svolto un’inchiesta nel tentativo di valutare il livello di affidabilità delle aziende di settore. A questo scopo, il GAO ha fatto testare i DNA di cinque volontari a quattro aziende (le prime già citate più la deCODEme), confrontando poi i risultati ottenuti e scoprendo che nel 58% dei casi i partecipanti ricevevano predizioni diverse per la stessa patologia. Inoltre, alcuni risultati cozzavano con la realtà dei fatti: ad esempio, uno dei volontari era costretto per un’aritmia cardiaca a portare un pacemaker, eppure gli è stato detto che aveva un rischio basso di sviluppare quella patologia. Il momento clou dell’incontro, comunque, è stato l’ascolto delle telefonate fatte dal GAO ai call center di 15 aziende di personal genomics, telefonate da cui è emerso come certe società adottino pratiche estremamente scorrette. Nel video, che potete trovare qui sotto, si sente un rappresentante della Navigenics dire a una cliente fittizia che “presumibilmente si ammalerà di cancro al seno”, sebbene questi test genetici non abbiano al momento valore diagnostico. Sempre in queste intercettazioni, qualcuno della Pathway Genomics accetta di testare il DNA del fidanzato di una cliente per “fargli una sorpresa”, questo benché sia necessario dare il proprio consenso informato prima di sottoporsi al test. Infine, la meno nota GeneWize Life Sciences pubblicizza alcuni integratori come alternativa ai farmaci per la pressione.

Naturalmente, sentire queste cose provoca un certo disgusto in chi come me scommette sulla genomica personale come una grande opportunità per il futuro. Le aziende che usano queste pratiche al limite della truffa devono essere fermate, soprattutto perché questo danneggia l’intero settore commericale dei test genetici: è facile infatti fare di tutta l’erba un fascio e dire che queste società sono tutte inaffidabili. Non è tutto marcio, io ne sono convinto. Purtroppo, però, si sta formando un clima di sfiducia verso questa industria e se come temo questa caccia alle streghe continuerà, nei prossimi mesi molte aziende rischieranno di chiudere. Permettetemi però alcune considerazioni.

1) Quando si scoprono dentisti che operano senza avere la laurea, non ne risente tutta la categoria dei dentisti: chi truffa viene scoperto e punito. La stessa cosa deve accadere qui: bisogna punire i soggetti che hanno fornito informazioni sbagliate ai clienti e che si sono comportati in modo scorretto. Cancellare tutta l’industria della genomica personale sarebbe sbagliato, non tutti sono uguali e ci sono aziende che fanno bene il loro lavoro.

2) Per quanto riguarda il caso dell’uomo con il pacemaker: se un test predittivo sbaglia non significa che il test è una bufala, significa che non ha valore diagnostico: dà un’indicazione di rischio, una probabilità, non dà certezze. Quindi, o si dice che questi test sono dispositivi medici diagnostici, oppure, se non è così, allora bisogna accettare la possibilità che la predizione possa rivelarsi errata. Non si può cambiare opinione ogni volta, a seconda di quello che più fa comodo per dimostrare la propria tesi.

3) Il fatto che i risultati dei test cambino da azienda ad azienda non è una colpa da ascrivere all’intero panorama dei test genetici: quello che va fatto in questi casi è adottare degli standard condivisi da tutti coloro che vendono questo tipo di servizi.

4) Se siamo arrivati a questo punto è perché la FDA e il governo americano hanno deciso di regolare questi test soltanto ora. Negli anni scorsi si è voluto concedere troppa libertà a chi opera in questo campo, senza porre regole chiare, e una fetta di mercato dove vige la legge del far west è un’attrazione irresistibile per gli imprenditori privi di scrupoli. Inevitabilmente questo ha portato alla nascita di società che, invece di offrire la possibilità di vivere e curarsi meglio, sono lì semplicemente per truffare la gente. E sono proprio quegli stessi truffatori che oggi stanno facendo crollare il sogno americano della personal genomics, il sogno di poter conoscere liberamente i segreti nascosti nel nostro DNA.

Per maggior info sulla seduta di ieri, vi consiglio il post di Dan Vorhaus su Genomics Law Report e quello di Daniel MacArthur su Genomes Unzipped.

 
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Pubblicato da su 23 luglio 2010 in Business, Genetica personale

 

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La FDA intende regolamentare i test genetici, ma ancora non si sa né quando né come lo farà

L’inizio di questa storia risale al maggio scorso, quando la società di genomica personale americana Pathway Genomics annunciò di voler vendere il proprio test genetico direttamente nei supermercati della catena Walgreens. La notizia suscitò immediatamente una forte reazione da parte della Food and Drug Administration, la quale comunicò di voler porre un freno al proliferare dei test venduti direttamente ai consumatori senza una prescrizione medica. A più di due mesi di distanza da quegli eventi, la FDA ha convocato i principali attori del settore medico diagnostico per parlare delle nuove regole da imporre all’utilizzo e alla vendita dei test. Dall’incontro, svoltosi in due sessioni a Hyattsville (Maryland), non sono però emerse sorprese, dal momento che l’ente governativo americano non sembra avere ancora le idee chiare su come sia più opportuno regolamentare i test.

L’industria della genomica personale è ancora molto giovane, e delle norme troppo restrittive potrebbero stroncarla sul nascere. Tuttavia, in rete si trovano siti internet che dichiarano di poter scoprire le cose più impensabili grazie a un test del DNA: in molti di questi casi le predizioni che queste aziende fanno sono totalmente prive di fondamento scientifico e servono solo a ingannare l’acquirente poco smaliziato. Quindi, porre dei paletti a mio avviso è necessario, se non altro per tutelare i consumatori stessi e aiutarli nel distinguere le aziende serie dai truffatori. Quello che non deve succedere è che la FDA si faccia “prendere la mano” e sia eccessivamente severa: ne risentirebbero società come la 23andMe, ma anche l’intero scenario della medicina personalizzata.

Ad ogni modo, se c’è un messaggio che gli incontri di questi due giorni hanno fatto passare, è sicuramente che la Food and Drug Administration non ha ancora preso una decisione su come stilare le nuove regole del gioco e che è aperta ai suggerimenti degli stessi soggetti che saranno interessati dalla futura regolamentazione. Sia chiara una cosa comunque: per fare delle regole giuste occorre basarsi sui dati e non sugli aneddoti. Qualcuno dice che vendere un test genetico direttamente al consumatore senza il parere di un medico possa essere pericoloso, perché si pensa che la persona potrebbe non essere in grado di reggere psicologicamente davanti alla scoperta di avere un rischio elevato di sviluppare una malattia grave. Questa affermazione potrebbe anche essere vera, ma non è possibile utilizzarla come base per una futura regolamentazione che rischia di ledere, oltre agli interessi delle aziende che vendono i test, anche il diritto stesso dei cittadini a conoscere cosa c’è scritto nel proprio DNA. Le nuove regole dovranno essere basate su indagini serie e approfondite, che permettano di stabilire inequivocabilmente se e come questo genere di test possa essere pericoloso. Ad esempio, a giudicare dalla ricerca pubblicata sugli Annals of Behavioral Medicine l’8 giugno scorso, sembrerebbe che le persone reputino lo stile di vita più importante dei geni nel provocare patologie, quindi l’idea che la gente possa essere in qualche modo sopraffatta dalle informazioni genetiche ricevute, forse, non è poi così valida.

 
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Pubblicato da su 22 luglio 2010 in Business, Genetica personale, Medicina, Salute

 

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La 23andMe chiede aiuto per ridisegnare la personal genomics

L’azienda di personal genomics 23andMe, messa alle strette dal giro di vite della FDA che il mese scorso aveva annunciato di voler regolamentare le società del settore, ha scritto una comunicazione ufficiale alla stessa Food and Drug Administration e al National Institute of Health americano in cui chiede esplicitamente di essere supportata nella riorganizzazione del proprio business. Nella lettera, pubblicata sul blog ufficiale The Spittoon, la 23andMe ricorda di essere una semplice azienda privata, e di non poter prendere decisioni da sola in merito al modo più corretto di vendere ed eseguire i test genetici.

In particolare, i vertici societari riconoscono che il settore in cui operano non è esente da problemi, primo fra tutti il fatto che ci sono stati casi in cui il test per una medesima condizione dava risultati diversi quando eseguito da aziende differenti. I motivi di queste incoerenze possono essere vari, spiegano nella lettera: si va dai modelli statistici utilizzati per calcolare le stime di rischio alle scelte aziendali riguardanti le specificihe associazioni considerate, fino a banali questioni tecnologiche che renderebbero più semplice testare una variante piuttosto che un’altra. La 23andMe chiede a FDA e NIH di collaborare al fine di individuare degli standard che possano ridurre al minimo queste incongruenze tra tutti gli attori che operano nel giovane settore della personal genomics.

Inoltre, viene anche richiesto di tracciare delle linee guida uniformemente applicabili per quanto riguarda un altro argomento scottante, quello della trasparenza: metodi statistici utilizzati, varianti testate e riferimenti bibliografici dovrebbero essere chiaramente indicati da tutte le aziende. La questione della trasparenza è a mio avviso fondamentale in un settore dove ognuno era libero di comportarsi come credeva, senza dover rendere conto a nessuno. Certo una regolamentazione eccessiva sarebbe sbagliata, in quanto potrebbe bruciare la personal genomics sul nascere, ma sono dell’idea che quantomeno delle norme volte alla tutela del consumatore siano necessarie. Ora la patata bollente torna nelle mani dei due enti interpellati dalla 23andMe; se decideranno di collaborare (come è auspicabile) sarà interessante conoscere i criteri che utilizzeranno per fare le loro scelte e proporre le loro linee guida, visto che ad oggi ben pochi hanno le idee chiare su come sia meglio gestire una tematica delicata come la genomica personalizzata.

 
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Pubblicato da su 7 luglio 2010 in Business, Genetica personale

 

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GenoMIX #2 – Giugno 2010

Quando si parla di scienza, esistono due tipi di notizie importanti: quelle che sono importanti per la scienza in sè e quelle che lo sono soltanto perchè in qualche modo attirano l’attenzione del grande pubblico. Alla prima categoria appartiene la scoperta fatta dal gruppo di ricerca di Harvard guidato dal genetista Pandolfi e pubblicata sull’ultimo numero di Nature. Il fatto che gli pseudogeni possano intervenire nella regolazione genica agendo come esche per i microRNA aggiunge un nuovo livello di complessità al già elaborato meccanismo che governa l’espressione dei geni.

Alla seconda categoria di notizie importanti appartiene invece quella che riguarda il sequenziamento completo del genoma del cantante Ozzy Osbourne, che verrà effettuato dall’azienda Knome per scoprire le basi genetiche del suo fisico straordinario. Poco prima che uscisse questa notizia, Wired Italia studiava il DNA del calciatore Samuel Eto’o alla ricerca del “gene del campione”. E’ l’alba della celebritomica?

Ma veniamo a cose più serie: dieci anni fa veniva completata la sequenza draft del genoma umano, e precisamente lo scorso 26 giugno si festeggiava l’annuncio ufficiale fatto da Bill Clinton e Tony Blair nel 2000. Vista l’importanza di quello storico giorno, anche un banale anniversario può essere a mio avviso riportato nel GenoMIX di questo mese. Per gli appassionati di personal genomics, invece, giugno è stato il mese di Alberto Gutierrez e della sua famosa lettera alle aziende del settore: i servizi offerti da 23andMe e altre società saranno d’ora in poi considerati dispositivi medici a tutti gli effetti, di conseguenza la FDA avrà il potere di decidere se e con che modalità i test genetici potranno restare sul mercato. Infine, una menzione va fatta anche per la GnuBio, la quale alla Consumer Genetics Conference di Boston ha annunciato che presto produrrà sequenziatori in grado di effettuare il sequenziamento di un genoma umano per soli cento dollari.

 
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Pubblicato da su 30 giugno 2010 in GenoMIX

 

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