Analisi di espressione, applicazioni medico-sanitarie della genomica, microbioma (videolezioni dagli USA)

Si conclude con queste quattro lezioni il corso di genomica organizzato dal NHGRI. Di seguito trovate i video delle lezioni tenute da Paul Metzer, Bruce Korf, Colleen McBride e Julie Segre, i quali ci parlano rispettivamente di analisi di espressione (microarray e RNA-seq), medicina genomica, genomica applicata alla cura della salute e microbioma. Spero che le lezioni del corso siano state di vostro interesse. Se vi siete persi quelle precedenti le trovate tutte all’indirizzo ufficiale del corso.

Per scaricare le slides clicca qui [40 Mb]

Per scaricare le slides clicca qui [20 Mb]

Per scaricare le slides clicca qui [20 Mb]

Per scaricare le slides clicca qui [9 Mb]

Annunci

Genetica di popolazioni, GWAS e farmacogenomica (videolezioni dagli USA)

Ecco, in attesa di ritrovare il tempo per scrivere, pubblico questi video direttamente dal corso di genomica organizzato dal NHGRI. Potete scaricare le slides a colori delle tre lezioni cliccando qui, qui e qui.



Epigenetica e regolazione dei genomi dei mammiferi (videolezioni dagli USA)

C’è un po’ di tutto nell’ultima videolezione del corso di genomica organizzato dal NHGRI: epigenetica, filogenesi, microRNA, fattori di trascrizione, territori cromosomici, splicing. E’ una lunga carrellata che dimostra quanto siano complessi i genomi dei mammiferi (e non solo quelli).

Per scaricare le slides clicca qui [18 MB]

Analisi di sequenze biologiche I (videolezioni dagli USA)

Come promesso, vi tengo aggiornati sul corso di genomica organizzato dal NHGRI americano. Nella seconda lezione, Andy Baxevanis spiega tutti i segreti del BLAST, il programma che tutti i biologi usano ma che pochi capiscono veramente. Utile per ripassare qualche concetto basilare come la differenza tra similarità e omologia di sequenza.

Per scaricare le slides clicca qui (17 Mb).

Il panorama della genomica nel 2012 (videolezioni dagli USA)

Da un paio di settimane è iniziato negli USA un corso organizzato dal National Human Genome Research Institute, dal titolo “Current Topics in Genome Analysis” (CGTA, come le basi del DNA). La prima lezione è stata tenuta dal direttore Eric Green, che ha fatto una panoramica dello stato attuale della genomica umana, ricordando le scoperte degli ultimi anni e le sfide che attendono questo settore. I seminari si terranno quasi ogni settimana da Gennaio ad Aprile, e tutte le slides e i video del corso saranno pubblicati sul sito internet. A giudicare dai titoli saranno lezioni molto interessanti, perciò pubblicherò i video anche qui sul mio blog.

Per scaricare le slides clicca qui (47 MB).

In caduta libera!

L’ho scritto molte volte su questo blog: i costi per il sequenziamento del DNA stanno diminuendo rapidamente. Anzi, stanno letteralmente precipitando! Tuttavia, trovare in rete un bel grafico che esprima bene questo concetto non è facile. Eccone finalmente uno: lo ha realizzato l’NHGRI (National Human Genome Research Institute), registrando tutte le variazioni di prezzo avvenute negli ultimi anni. Nella cifra calcolata rientrano molti fattori, tra cui i costi delle macchine, dei reagenti e della forza lavoro necessaria (trovate maggiori dettagli sul sito dell’NHGRI).

Qui è rappresentato il costo del sequenziamento di un genoma umano nel periodo che va dal luglio del 2001 al gennaio 2011. Sul grafico è riportato anche l’andamento della legge di Moore, in pratica la velocità secondo la quale aumentano le prestazioni dei processori: fa abbastanza impressione notare come la nostra capacità di produrre sequenze di DNA stia diventando molto ma molto superiore alla capacità di analizzarle. Ok, ora che avete visto il grafico non dovrete più credermi sulla parola quando dico che i costi stanno diminuendo: parlano i numeri!